我根据我们项目遇到过的问题猜测下，我觉得项目资源导入某个地方有问题的可能性更大些，有没可能以下情况：

  1. 有没有使用代码混淆呢，在 prefab 上挂的脚本忘记添加到排除混淆的列表，导致序列化的字段被混淆，打完bundle后的 prefab 资源加载时候，挂接的脚本出现引用错误；
  2. 资源导入都重载过 OnPostPrecess 处理了资源设置，这一步是否修改了什么不合理的地方，比如破坏了引用关系；
  3. 打包 assetbundle 的时候，在构建 bundle 之前，有没有首先使用文件操作API（不是 Unity 的 AssetDatabase 的 API）来直接修改了某个文件夹或者其他会破坏引用关系的行为，然后构建 bundle，完成后恢复文件夹名字（或者恢复资源原始状态），这样丢失引用关系的几率很大；
  4. 有没有可能发布机器上，看着正常，但是 perforce 已经一堆已修改的 meta 文件；这种问题常出现于美术本地有两个 A1,A2个相同资源在不同文件夹，A1受版本控制，但是由于某种操作，本地临时资源A2使用了原本A1的guid，原本正确的 A1 被迫使用了不正确的新生成guid（相当于两人交换），然后上传了A1的meta，结果发布机器的下来的A1 meta就会跟别人丢失引用，或者得下来本地重新分配了新的guid；美术策划最容易犯这个错误
  5. 我们5.3.8p2，上周遇到一个疑似bug，美术多上传了一组相同的资源，我们得下来都会重新生成guid，很多挂起的 meta，但是，在unity里重新导入后，这些修改的meta，在版本控制里，神奇的消失了，但修改还在。
  6. 如果都不是，只能尝试最小排除法了，删除项目绝大部分资源，一点点增加，然后打包，重现，排除原因；不行的话然后删除代码，一点点添加，打包，重现。。。有时候只能用笨办法。。。