Lua在运行程序之前，首先将它们编译成虚拟机指令（opcodes），然后再去执行这些指令。Lua编译每个函数，为每个函数都创建了一个原型（prototype），原型中的内容有：函数的指令（opcodes）数组，和另一个记录函数中所用到的值（值（TObjects）以及所有常量（字符串、数字））的数组。
在最初的十年中（自1993年Lua第一次发布），各个版本的Lua使用了基于栈的虚拟机。直到2003年，发布了Lua 5.0,。Lua 5.0使用了基于寄存器的虚拟机。基于寄存器的虚拟机分配活动记录时，也使用栈，寄存器也存在在这个栈上。当Lua进入一个函数，它从栈上预分配一个活动记录。这活动记录要足够大，可以包括函数的全部寄存器。所有局部变量都分配在寄存器中。因此，访问局部变量的效率非常高。
这几个指令操作栈中的数据。在Lua中这几个指令对性能的消耗很高，因为它们涉及到了拷贝带标记的值，见第三章的讨论。因此，寄存器架构有两大优势：避免了大量拷贝，减少了每个函数中指令的数量。Davis等人反对基于寄存器的虚拟机，并提供利用java字节码的方式实现数据。一些作者也反对基于寄存器的虚拟机，因为他们更习惯于一种更快速的编译方式。（例如[24]）
基于寄存器的虚拟机要解决两个问题：代码的大小和解码的速度。在基于寄存器的机器中，指令需要指定它们的操作数，这指令通常比基于栈的指令要大。（例如，Lua虚拟机中的一条指令大小为4b，常见的基于栈的虚拟机（包括以前版本的Lua）的一条指令的大小为1b或者2b）换句话说，基于寄存器的虚拟机减少了指令的数量，增加了指令的大小，所以总体上说代码大小不会增加很大。
很多指令在栈虚拟机上有隐式的操作数。相应的指令在寄存器虚拟机上，必须将操作数从指令中解码出来。这样的解码增加了解析器的负担。有几个因素可以缓解这样的负担：第一，栈虚拟机也花很多时间在操作隐式的操作数上面（例如增加或减少栈顶）。第二，因为寄存器虚拟机所有的操作数都在指令中，并且指令是一个机器字，解码过程只涉及到一些开销很低的操作，比如逻辑操作。此外，栈虚拟机中的指令经常需要多自己的操作数。例如java的VM，goto和branch指令，要用两字节的指令来替代。由于对齐的原因，解析器不能马上获得这些操作数（至少在可移植的代码中不行，在可移植的代码中都有严格的按照最坏的情况对齐）。在寄存器虚拟机上，因为所有的操作数都在指令中，解析器不需要单独的去获取它们。
Lua虚拟器一共有35条指令。大部分指令和语言结构相对应：算术运算、table创建和索引，函数和方法的调用，赋值和获取变量的值。还有一个跳转指令的集合，方便的实现了控制结构。图5显示了一个完整的指令集合，以及一些对指令的简介，使用下面的符合表示：R(x)表示第x个寄存器。K(X)表示第x个常量。RK(X)表示R(x)或者K(x-k)，这取决于X的值——如果x小于k，就选择R(X)（k是一个内置参数，通常是250）。G[x]表示全局table中的X域。U[x]表示第x个upvalue。查看[14,22]关于Lua虚拟机指令的详细讨论情况。
寄存器保存在运行时的栈中，它（栈）的本质就是就是一个数组。因此访问寄存器非常快。常量和upvalue都存储在数组中，访问它们也很快。全局table是一张普通的Lua表。通过哈希访问它，但是速度也很快，因为它的索引只有字符串（相应的变量名），并且字符串的哈希值都是预计算的，参考第二章。
Move | A B | R(A) := R(B) |
LOADK | A Bx | R(A) := K(Bx) |
LOADBOOL | A B C | R(A) := (Bool)B; if(C)PC ++ |
LOADNIL | A B | R(A) := ... := R(B) := nil |
GETUPVAL | A B | R(A) := U[B] |
GETGLOBAL | A Bx | R(A) := G[K(Bx)] |
GETTABLE | A B C | R(A) := R(B)[RK(C)] |
SETGLOBAL | A Bx | G[K(Bx)] := R(A) |
SETUPVAL | A B | U[B] := R(A) |
SETTABLE | A B C | R(A)[RK(B)] := RK(C) |
NEWTABLE | A B C | R(A) := {} (size = B, C) |
SELF | A B C | R(A+1) := R(B); R(A) := R(B)[RK(C)] |
ADD | A B C | R(A) := RK(B) + RK(C) |
SUB | A B C | R(A) := RK(B) - RK(C) |
MUL | A B C | R(A) := RK(B) * RK(C) |
DIV | A B C | R(A) := RK(B) / RK(C) |
POW | A B C | R(A) := RK(B) ^ RK(C) |
UNM | A B | R(A) := -R(B) |
NOT | A B | R(A) := not R(B) |
CONCAT | A B C | R(A) := R(B) .. ... .. R(C) |
JMP | sBx | PC += sBX --指令寄存器PC |
EQ | A B C | if((RK(B) == RK(C)) ~= A) then PC++ |
LT | A B C | if((RK(B) < RK(C)) ~= A) then PC++ |
LE | A B C | if((RK(B) <= RK(C)) ~= A) then PC++ |
TEST | A B C | if(R(B) <=> C) then R(A) := R(B) else PC ++ |
CALL | A B C | R(A), ..., R(A+C-2) := R(A)(R(A+1), ..., R(A+B-1)) |
TAILCALL | A B C | return R(A)(R(A+!), ..., R(A+B-1)) |
RETURN | A B | return R(A)(R(A+1), ..., R(A+B-1)) |
PORLOOP | A sBx | R(A) += R(A+2); if R(A) <?= R(A+1) then PC += sBx |
TFORLOOP | A C | R(A+2), ..., R(A+2+C) := R(A)(R(A+1), R(A+2)); |
TFORPREP | A sBx | if type(R(A)) == table then R(A+1) := R(A), R(A) := next; |
SETLISTO | A Bx | R(A)[Bx-Bx%FPF+i] := R(A+i), 1 <= i <= Bx%FPF+1 |
SETLISTO | A Bx | |
CLOSE | A | Close stack variables up to R(A) |
CLOSURE | A Bx | R(A) := closure(KPROTO[Bx], R(A), ..., R(A+n)) |
图5 Lua虚拟机中的指令实现
Lua虚拟机中的指令将32位分成三或四个域，如图6所示。OP域表示指令占用了6位。其他的域表示操作数。A域总是占用了8位。B和C域分别占9位，它们可以组成18位的域：Bx(unsigned)和sBx(signed)。
大部分指令使用了三地址的格式：A指向存储结果的寄存器，B和C指向操作数，操作数存储在寄存器或常量中（使用上面提到的RK(X)来表示）。使用这种格式，Lua的几种常用操作都可以编码成单个指令。例如，增加一个局部变量，如a = a + 1，编码成为: ADD x, x, y，x表示寄存器中保存的局部变量，y表示常量1。对于一个赋值表达：a = b.f，a和b都是局部变量，指令也会编码成GETTABLE x y z，x表示寄存器a，y表示寄存器b，z是字符串常量"f"的索引。（在Lua中b.f是b["f"]的一种表达方式，字符串"f"是b的索引）
分支指令的实现有点困难，因为它需要指定两个操作数和一个跳转偏移量。如果把这些数据都放到一个指令中，会限制跳转偏移最多只能到256（假设用9位的是跳转偏移）。Lua提供了一个解决方案是这样定义的：一条测试指令当测试失败的时候，简单的跳过下一条指令，下一条指令是一条jump指令，它使用最后的18位存储跳转偏移。实际上，测试指令的下一条指令总是jump指令，解释器同时执行这两条指令。当测试指令返回成功时，解析器立即抓取下一条指令并实施跳转操作，而不会等到下一个分派周期去执行jump指令。图7所示一个lua的例子，有代码和相应的字节码。
图8所示，Lua编译器实施编译优化的一个小例子。图9所示，在使用栈虚拟机的Lua 4.0中编译同样的代码，生成49条指令。要注意的是，寄存器虚拟机能够产生更短的代码。例子中每条可执行的语句，在Lua 5.0中只用一条指令表示，但是在Lua 4.0中要三四条指令表示。
Lua使用了寄存器窗口（register window）来调用函数。Lua计算出调用实参的值，找到第一个未使用的寄存器开始，依此将实参值放入寄存器中。当它执行call时，这些寄存器就变成被调用函数活动记录的一部分了，因此函数可以像通常的局部变量一样访问参数。当函数返回的时候，这些寄存器被放回到调用者的活动记录中去。
Lua使用两个并行的栈来调用函数。（实际上，每个协程都有属于它们的一对栈，我们在第六章讨论过。）对每个活动的函数而言，一个栈有一个入口。这个入口存放着：被调用的函数、返回地址，和一个指向函数活动记录的基地址。另一个栈是一个简单的大数组，保存这活动记录的Lua值。每个活动记录保存函数所有的临时变量（参数，局部变量，等等）。实际上，在第二个栈中每个项，在第一个栈中都有一个相对应的可变大小的项。（译者注：不知道在说什么）
