dechinphy的博客_C++编程,Julia编程,python编程

Python定位错误：段错误 (核心已转储)

解决Python编程中可能出现的“段错误（核心已转储）”，并没有其他任何提示信息的问题。

python

段错误

Python

原创 8月前 524 阅读

Python追踪内存占用

本文介绍了一个工具tracemalloc，可以在Python代码的执行过程中对每一步的内存占用进行记录。

数组

python

单步操作

原创 8月前 153 阅读

Python代码中的偏函数

本文介绍了在Python中使用偏函数partial的方法，并且介绍了两个使用partial函数的案例，分别是concurrent并行场景和基于jax的自动微分场景。在这些相关的场

偏函数

标量

代码实现

原创 8月前 63 阅读

双二面角耦合力场项的计算

插值

样条

数据

原创精选 8月前 189 阅读

使用Amber计算单点能三步走

本文主要介绍了如何使用Amber来计算一个给定分子构象的pdb文件的单点势能值。基本流程可以分为三个步骤：首先从力

参数文件

加载

文本文件

原创 8月前 77 阅读

Jupyter Notebook报错'500 : Internal Server Error'的解决方法

解决使用Jupyter Notebook打开ipynb文件时报错'500 : Internal Server Error'的问题，亲测可用。

bc

Server

html

原创 9月前 834 阅读

MindSponge分子动力学模拟——安装与使用（2023.08）

本文主要介绍MindSponge框架的免安装使用和编译构建使用这两种使用方法，MindSponge是一款可以在MindSpore上进行分子动力学模拟的，模块化、高通量、端到端可微的下一代智能分子模拟程序库。通过MindSponge，我们可以在GPU上更加便捷的开发分子动力学模拟算法和应用，并且原生的支持神经网络力场和增强采样，使得我们可以用一个框架就完成绝大部分的分

git

python

免安装

原创 9月前 130 阅读

MindSpore简要性能分析

当我们需要优化程序性能的时候，首先我们就需要了解程序的主要耗时模块在哪里，也就是通常所谓的决速步，或者瓶颈模块，这样就可

git

性能分析

性能优化

原创精选 10月前 234 阅读

MindSponge分子动力学模拟——使用迭代器进行系统演化（2023.09）

在经过前面几篇博客的介绍之后，我们可以定义一些目标的分子体系，并且计算其单点能。而分子模拟的精髓就在于快速的迭代和演化，也就是本文所要介绍的迭代器相关的内容。在具备了分子系统、单点能和迭代器这三者之后，就可以正式开始进行分子动力学模拟。常见的模拟过程有：能量极小化、NVT恒温恒容过程、NPT恒温恒压过程以及NVE微正则系综，本文所涉及的主要是能量极小化以及NVT恒温

h5

ci

迭代器

原创精选 10月前 252 阅读

MindSponge分子动力学模拟——Constraint约束（2023.09）

ci

约束条件

h5

原创精选 10月前 250 阅读

MindSponge分子动力学模拟——定义一个分子系统（2023.08）

本文通过解析MindSponge的源码实现，详细介绍了在MindSponge中Molecule基础分子类的内置属性和内置函数，以及三种相应的分子系统定义方法：我们既可以使用yaml模板文件来定义一个分子系统，也

List

bc

内置函数

原创 10月前 76 阅读

MindSponge分子动力学模拟——计算单点能（2023.08）

本文主要衔接前面的文章，继“MindSponge的安装与使用”、“MindSponge软件架构”以及“MindSponge中定义一个分子系统”系列文章之后，再讲解一下如何根据一个定义好的分子系统进行力场建模，使用力场来计算单点能，就是一个比较简单的案例。技术背景在前面的几篇文章中，我们分别介绍了MindSponge的软件架构、MindSponge的安装与使

软件架构

建模

List

原创 10月前 109 阅读

MindSponge分子动力学模拟——软件架构（2023.08）

分子模拟具有众多的应用场景，比如制药领域和材料领域，做好分子模拟的工作，可以极大程度上缩减新药物新材料的研发成本和研发周期。近几年随着GPT-4和Diffusion Model的大火，让大家意识到了AI已经具备了相当的解决问题的能力。因此基于AI的框架和模型，对比AI训练与分子模拟之间的共性，可以实现一个面向AI时代的分子模拟框架。本文主要介绍基于MindSpore

软件架构

迭代

回调函数

原创 10月前 79 阅读

SETTLE约束算法中的坐标变换问题

在已知两个三角形顶点坐标的情况下，我们要以其中的一个三角形平面去构造一个新的坐标系，并且需要找到新旧坐标系之间的变换关系。这是一个比较简单的立体几何的问题，寻找两个坐标系之间的变换矩阵。如果是常规思路，可以先根据两个三角形之间的相对位置去计算一下在新坐标系下两个三角形的新的顶点坐标，从而可以取三个点来构造

旋转矩阵

坐标变换

代码实现

原创 11月前 189 阅读

在Python中使用LooseVersion进行软件版本号比对

在软件版本快速迭代的过程中，经常会遇到一些接口变化问题。而如果

版本号

python

Python

原创 2023-08-14 00:16:16 212 阅读

在Python中使用LooseVersion进行软件版本号比对

在软件版本快速迭代的过程中，经常会遇到一些接口变化问题。而如果需要兼容旧版本的话，就需要使用到版本判断的方法。判断清

版本号

python

Python

原创 2023-08-14 00:07:18 148 阅读

在Linux上安装和使用免费版本的PyMol

这篇文章主要介绍在Linux平台下安装开源版PyMol的简单方法。由于官方主要提供商业版的安装方法，而提供whl安装包的平台也只有Windows系统下的编译包。其实在Anaconda的库中是有提供pymol的开源版本的，这里借这篇文章顺便推广一下。

linux

bc

h5

原创 2023-07-02 08:18:01 450 阅读

Python3程序捕获Ctrl+C终止信号

当我们准备去杀死一个进程时，从程序设计的本身来考虑，我们应当要设计一定的保护方案来确保程序被非正常

python

Python

程序运行

原创 2023-06-11 11:27:39 250 阅读

使用numpy计算分子内坐标

本文主要介绍了在numpy的框架下实现的分子内坐标的计算，类似的方法可以应用于MindSpore和Pytorch、Jax等深度学

相对坐标

深度学习

代码实现

原创 2023-06-11 01:02:15 86 阅读

Python3中的“加和”函数

如果我们遇到[[1],[2,3],[4,5,6]]这样的一个python列表，想把他展平while循环？其实python的内置函数sum中简单的支持了一下这样的功能，使得我们可以更加简便的把一个高维且长度不固定的列表展平为一个规则的一维列表。

python

for循环

内置函数

原创 2023-05-21 02:00:41 97 阅读

PyCharm解决Git冲突

使用Git工具进行异步开发的优点是非常显而易见的，在开发效率和版本管理上得到非常大的进步。当然异步开发过程中也难免会遇到一些开发冲突，比如两个人同时修改了同一个文件，那最终仓库上的版本肯定只能保留一个版本，因此在pull下来的过程中就会提示合并冲突。

开发过程

ci

远程仓库

原创 2023-04-18 18:17:48 655 阅读

Git链接上游仓库

通常来说，一个Git仓库由内部组织者和外部协作者共同维护。对于内部开发者而言，他们可以通过master-develop-feature模型进行代码开发，在仓库中创建相应的特性分支和开发分支，最后再合入到主分支供大家使用。而对于外部开发者而言，最好的方式是Fork一个仓库到自己本地，然后使用本文介

git

开发者

远程仓库

原创 2023-04-18 18:07:35 145 阅读

PyCharm解决Git冲突

使用Git工具进行异步开发的优点是非常显而易见的，在开发效率和版本管理上得到非常大的进步。当然

开发过程

ci

远程仓库

原创 2023-04-18 17:37:14 516 阅读

获得New Bing资格后，在Ubuntu环境下使用New Bing

本文主要介绍的是在Ubuntu环境下安装Microsoft-Edge-dev浏览器，并且安装相关浏览器扩展用于修改请求头，最

Ubuntu

microsoft

Skype

原创 2023-04-02 22:33:57 729 阅读

AlphaFold2中的残基刚体表示

本文主要通过MindSpore复现了一个AlphaFold2文章中的算法21，该算法可以用于将蛋白质构象中的每一个氨基酸转化

归一化

深度学习

生成模型

原创 2023-04-02 22:33:35 233 阅读

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