R语言——limma包进行多组差异表达分析

目录

• 1. 加载表达矩阵
• 2. 创建样本分类表
• 3. 加载limma包，构建如下矩阵
• 4. 规定哪一组数据与哪一组数据比较
• 5. 获取差异表达数据
• 6. 导出差异表达数据

1. 加载表达矩阵

data<-read.table("GSE98793.txt")

2. 创建样本分类表

获得类似的group列表

group

3. 加载limma包，构建如下矩阵

library(limma)
design <- model.matrix(~0+factor(group))
colnames(design)=levels(factor(group))
rownames(design)=colnames(data)

4. 规定哪一组数据与哪一组数据比较

contrast.matrix<-makeContrasts("HC-MDD",levels=design)  #比较design矩阵中HC与MDD组

5. 获取差异表达数据

##step1
fit <- lmFit(data,design)
##step2
fit2 <- contrasts.fit(fit, contrast.matrix)
fit2 <- eBayes(fit2)  
##step3
tempOutput = topTable(fit2, coef=1, n=Inf)
nrDEG = na.omit(tempOutput)

6. 导出差异表达数据

write.table(nrDEG,"limma_nrDEG.txt")