KeepLearningAI的博客_docker,AI数据管理,数据库(8)

基因数据处理102之SparkBWA本地运行100万条paired-reads实例

脚本：spark-submit --class SparkBWA \--master local \--archives bwa.zip \SparkBWA.jar \-algorithm mem -reads paired \-index /h6522.fasta \-partitions

Java

hadoop

sed

原创 2023-01-04 10:59:53 32 阅读

apktools反汇编安卓apk工具

apktools反汇编安卓apk工具，很好使，操作简单

apk

android

反汇编

原创 2023-01-04 10:59:53 85 阅读

基因数据处理4之BWA索引内存不够

基因数据处理4之BWA索引内存不够hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/data_H

内存不够

bwa

sed

hadoop

HDFS

原创 2023-01-04 10:59:49 159 阅读

基因数据处理101之SparkBWA本地运行配置和实例

1.修改Makefile.common：将LIBBWA_LIBS = -lrt 改为LIBBWA_LIBS = -lrt -lz不然会报错误【5】2.make之后修改ja

Java

hadoop

spark

原创 2023-01-04 10:59:48 95 阅读

基因数据处理5之GRCH38数据源和查看信息

数据源：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines.ucsc_ids/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz可以用ftp或者wget解压：gzip -d GCA_000001405.1

GRCH38

数据源

BWA

信息查看

3d

原创 2023-01-04 10:59:45 112 阅读

neo4j的安装

环境： ubuntu14.04 neo4j-enterprise-1.9.4-unix.tar.gz neo4j-enterprise-2.3.0-M02同样可

neo4j

安装

下载安装

重启

ubuntu

原创 2023-01-04 10:59:45 104 阅读

基因数据处理100之bwamem算法处理100万条paired-reads数据GRCH38chr1L3556522N1000000L100paired12

运行记录：hadoop@Master:~/xubo/ref/GRCH38L1Index/pe$ bwa mem ../GRCH38chr1L3556522.fasta GRCH38chr1L355652

sed

hadoop

原创 2023-01-04 10:59:44 145 阅读

基因数据处理6之BWA_MEM无法分配内存

基因数据处理之BWA_MEM无法分配内存：建立BWA索引的时候内存不足，现在用

内存

bwa

内存不足

hadoop

HDFS

原创 2023-01-04 10:59:41 217 阅读

JAVA问题总结之21--private使用实例和手动设置报错

JAVA问题总结之21--private使用实例和手动设置报错package java831;public class testprivate { public static void main(String[] args) { person p= new person(); p.setAge(1120); System.out.println(p.getAge()); }}

java

System

JAVA

原创 2023-01-04 10:59:40 37 阅读

java连接neo4j

java连接neo4j,笔记：环境eclipse marsneo4j 2.3.01.环境配置好，neo4j安装在ubuntu14.04下eclipse

neo4j

java

连接

数据库

eclipse

原创 2023-01-04 10:59:39 192 阅读

基因数据处理7之BWA_MEM运行太长

基因数据处理6之BWA_MEM运行太长hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/te

BWA_MEM

数据集

基因数据处理

hadoop

原创 2023-01-04 10:59:37 78 阅读

discuz上传大小的限制

discuz上传大小的限制：1.discuz设置：discuz源码会对上传的附件进行大小限制，一般为1000k，大约快到1M，可以进入管理中心=》用户=》用户组或者管理组=》编辑=》论坛相关=》附件相关=》论坛最大附件尺寸(单位K 1M=1024K)进行修改，我修改成为2097152,单位为k，即2G；2.在管理中心首页，会看到有数据上传许可2M，需要将其修改，这需要管理员权限，我的是apach

discuz

上传大小限制

php.ini的位置

2M

上传

原创 2023-01-04 10:59:36 1475 阅读

neo4j的examples之EmbeddedNeo4j.java

neo4j的examples之EmbeddedNeo4j.javaneo2.3.0 代码下载：github/* * Licensed to Neo ributed with * this work for additi

neo4j

nosql

System

java

scala

原创 2023-01-04 10:59:35 69 阅读

基因数据处理9之BWA小数据集测试（成功）

基因数据处理9之BWA小数据集测试（成功）hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xu

bwa

hadoop

HDFS

sed

原创 2023-01-04 10:59:32 103 阅读

基因数据处理74之从HDFS读取vcf文件存为Adam的parquet文件（有问题）

1.small.vcf: 没记录2.读取：5load time:3287 ms{"variant": {"variantErrorProbability": 139, "contig": {"contigName": "1", "contigLength": null, "sp

spark

基因数据处理

adam

apache

scala

原创 2023-01-04 10:59:31 104 阅读

免邮件验证下载neo4j企业版

免邮件验证下载neo4j企业版wget http://dist.neo4j.org/neo4j-enterprise-2.3.0-M02-unix.tar.gzwgrprise-2.3.1-unix.tar.gz

neo4j

企业

unix

企业版

原创 2023-01-04 10:59:28 138 阅读

JAVA问题总结之20--可变长度形参

JAVA问题总结之20--可变长度形参package JAVA830;public class test1 { public static void main(String[] args) { // TODO Auto-generated method stub TestHello s1=new TestHello(); s1.SayHello(); String

java

System

i++

JAVA

原创 2023-01-04 10:59:28 52 阅读

基因数据处理10之BWA处理速度太慢

基因数据处理9之BWA处理速度太慢：hadoop@Mcnode1:~/clo

BWA

基因数据处理

sed

处理速度

原创 2023-01-04 10:59:27 99 阅读

基因数据处理77之从vcf文件中提取某条染色体的数据

1.代码：/** * @author xubo */package org.gcdss.cli.vcfimport org.apache.spark.{SparkConf, SparkContext}/** * Created bf main(args: Array

spark

基因数据处理

adam

hadoop

jar

原创 2023-01-04 10:59:24 339 阅读

neo4j的examples之EmbeddedNeo4jWithIndexing.java

neo4j的examples之EmbeddedNeo4jWithIndexing.java源码：/* * Licensed to Neo Tecth * this work for additional in

neo4j

ide

java

Apache

原创 2023-01-04 10:59:24 55 阅读

基因数据处理11之sam文件格式

基因数据处理11之sam文件格式SAM的全称是sequence alignment map format。而BAM

sam

二进制文件

ci

hadoop

原创 2023-01-04 10:59:19 106 阅读

基因数据处理78之从vcf使用不同的方法读取结果不一样

1.方法1和2：val path2 = "hdfs://219.219.220.149:9000/xubo/callVariant/vcf/smallAnno2Adam.vcf"val anno2adam = sc.loadh(println)val ann

基因数据处理

spark

adam

fish

Test

原创 2023-01-04 10:59:18 82 阅读

JAVA问题总结之19--方法的重载(overload)

型)。调用时，根据方法参数列表的不同来区别。重载示例：//返回两个整数的和 int add(int x,int y){return x+y;

java

参数类型

JAVA

值类型

原创 2023-01-04 10:59:18 48 阅读

基因数据处理13之bwa处理SRR003161

基因数据处理13之bwa处理SRR003161hadoop@Master:~/clou

BWA

hadoop

sed

Real

原创 2023-01-04 10:59:15 57 阅读

基因数据处理80之disease的DataProcessing

1.代码：/** * @author xubo * more code:https://github.com/xubo245/SparkLearning * more blog:http://ba.text.SimpleDate

spark

adam

基因数据处理

jar

hadoop

原创 2023-01-04 10:59:12 47 阅读

JAVA问题总结之18-成员变量与局部变量

JAVA问题总结之18-成员变量与局部变量成员变量：成员变量定义在类中，在整个类中都可以被访问。成员变量分为类成员变量和实例成员变量，实例变量存在于对象所在的堆内存中。成员变量有默认初始化值。成员变量的权限修饰符可以根据需要，选择任意一个局部变量：局部变量只定义在局部范围内，如：方法内，代码块内等。局部变量存在于栈内存中。作用的范围结束，变量空间会自动释放。局部变量没有默认初始化

java

成员变量

局部变量

初始化

原创 2023-01-04 10:59:11 67 阅读

JAVA问题总结之15-多个类之间的调用

JAVA问题总结之15-多个类之间的调用：代码：package java3;public class test1 { public static void main(String[] args){ Pretimive t = new Pretimive(); for (int i=0;i<t.b.length;i++){ System.out.println(t.b[

java

System

i++

JAVA

原创 2023-01-04 10:59:07 23 阅读

JAVA问题总结之16-一维数组案例

JAVA问题总结16-一维数组案例从键盘读入学生成绩，找出最高分，并输出学生成绩等级。成绩>=最高分-10 等级为’A’ 成绩>=最高分-20 等级为’B’ 成绩>=最高分-30 等级为’C’ 其余

java

System

i++

原创 2023-01-04 10:59:02 52 阅读

Adam学习11之Adam2.10-0.19搭建问题解决

Adam学习11之Adam2.10-0.19搭建问题解决From：https://github.com/bigdatagenomic

Adam学习11之Adam2.10-0.

git

maven

Memory

原创 2023-01-04 10:58:50 55 阅读

JAVA问题总结之14-程序运行时间的测量

JAVA问题总结之14-程序运行时间得测量代码：package java2;public class test6 { public static void main(String[] args){ long start=System.currentTimeMillis(); for (int i=1;i<=100000;i++){

java

System

JAVA

i++

原创 2023-01-04 10:58:50 41 阅读

官方博客	全部文章	热门标签	班级博客
了解我们	网站地图	意见反馈

鸿蒙开发者社区	51CTO学堂
51CTO	软考资讯

51CTO博客

wx5b15dc681e528的博客

基因数据处理102之SparkBWA本地运行100万条paired-reads实例

apktools反汇编安卓apk工具

基因数据处理4之BWA索引内存不够

基因数据处理101之SparkBWA本地运行配置和实例

基因数据处理5之GRCH38数据源和查看信息

neo4j的安装

基因数据处理100之bwamem算法处理100万条paired-reads数据GRCH38chr1L3556522N1000000L100paired12

基因数据处理6之BWA_MEM无法分配内存

JAVA问题总结之21--private使用实例和手动设置报错

java连接neo4j

基因数据处理7之BWA_MEM运行太长

discuz上传大小的限制

neo4j的examples之EmbeddedNeo4j.java

基因数据处理9之BWA小数据集测试（成功）

基因数据处理74之从HDFS读取vcf文件存为Adam的parquet文件（有问题）

免邮件验证下载neo4j企业版

JAVA问题总结之20--可变长度形参

基因数据处理10之BWA处理速度太慢

基因数据处理77之从vcf文件中提取某条染色体的数据

neo4j的examples之EmbeddedNeo4jWithIndexing.java

基因数据处理11之sam文件格式

基因数据处理78之从vcf使用不同的方法读取结果不一样

JAVA问题总结之19--方法的重载(overload)

基因数据处理13之bwa处理SRR003161

基因数据处理80之disease的DataProcessing

JAVA问题总结之18-成员变量与局部变量

JAVA问题总结之15-多个类之间的调用

JAVA问题总结之16-一维数组案例

Adam学习11之Adam2.10-0.19搭建问题解决

JAVA问题总结之14-程序运行时间的测量