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HLA 全称human leukocyte antigen, 表示人类白细胞抗原,是编码主要组织相容性复合体(MHC)的基因,位于6p21.31的区域,包含了一系列紧密连锁的基因座,与人类的免疫系统功能密切相关,本文整理了HLA数据分析相关的资料。
首先是一些基本概念和公共数据库
- 人类白细胞抗原-HLA简介
- IMGT/HLA数据库简介
- HLA Dictionary-Allel和抗原之间的对应关系
- ANFD-HLA在不同人群中的频率数据库
- HLA Epitope Registry-HLA抗原表位数据库
接下来是各种HLA分型软件
- HLAreporter : HLA分型软件简介
- HLAminer:根据NGS数据确定HLA分型结果
- opitype:对HLA I型基因进行4位分型
- seq2HLA:利用RNA_seq数据进行HLA分型
- HLA-VBSeq:对全基因组数据进行HLA分型
- 使用HLAscan进行HLA分型
- HLAforest:使用RNA-seq数据进行HLA分型
HLA数据分析的首要目标就是对HLA基因进行精确分型,由于HLA在免疫过程中参与抗原分子的提呈,所以在免疫相关机制研究中占有重要地位,比如骨髓移植,抗肿瘤免疫,肿瘤新抗原等方向的研究。
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