这里写目录标题一、Autodock vina安装与配置下载vina安装包下载AutodockTools安装下vina提升版本（选看）二、分子对接流程受体预处理配体预处理设置对接盒子进行对接对接结果分析 一、Autodock vina安装与配置首先，简单提下Autodock vina 和 Autodock4的区别，可以这么理解，Autodock vina 是Autodock4的提升改进版本，vin
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2024-03-13 12:31:27
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流程控制-for序列，字典1、for循环简介(1)for用于python中的循环，在条件循环中，如果条件变为假则循环结束(2)在序列里，使用for循环遍历（列表，元组，字符串）In[1]:a={1:'a',2:'b',3:'c'}In[2]:fork,vina.ita.itemsa.iteritemsa.iterkeysa.itervaluesIn[2]:fork,vina.items():...
原创
2017-12-26 18:00:32
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一.程序下载 官网 http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/https://vina.scripps.edu/分别下载好 UCSF Chimera和autodock vina 二.引入蛋白 安装好后打开Chimera1.16 open打开本地文件（从PDB下载的pdb格式文件） fetch ID by 在线下载所需蛋白，这里下载的是1MOH 操作：ctrl 选中左键
新建一个文件夹把转换为pdbqt格式的所有受体和配体都放到这个文件夹内。 安装后的vina.exe、vina_split.exe和vina_license.rtf也放进同一个文件夹中。新建第一个txt文本将此文本命名为conf.txt，其他任何名字均可。填入对接相关信息。主要是对接口袋的参数。笔者使用的是pymol中一个较get-box的插件得到的对接口袋参数。如下所示receptor = 5vb
AutoDock Vina 1.2.0 对接计算（大批量）AutoDockVina 1.2.0 的示例应用：A) 对接多个配体 (PDB 5x72)；B) 使用 AutoDock4 (PDB 4ykq) 的水合对接方案与水分子对接；C)在锌存在的情况下使用 AutoDock4Zn 力场 (PDB 1s63)； D) 柔性大环化合物。1. AutoDock Vina 1.2.0 简介AutoDock
今天的内容主要介绍小分子数据库与auto dock vina做单个蛋白-小分子对接的方法：小分子数据库ZINC小
原创
2023-05-18 09:47:09
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一、使用yum -y install samba安装samba服务 二、修改配置文件 vi /etc/samba/smb.conf三、让samba通过防火墙： 1.firewall-add --permanent ==add-service=samba 2.firewall-amd --reload 3.关闭安全访问SElinux: setenforce 0四、创建用户vina，其他也可以，跟随主
原创
2022-09-22 09:49:37
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AutoDock, AutoDock-vina等对接工具安装AutoDock-GPU安装下载地址： https://autodock.scripps.edu/downloads/将压缩包传送至安装目录中，并解压到当前路径unzip AutoDock-GPU-develop.zip找到服务器的cuda的路径，cuda的路径一般默认为“/usr/local/cuda/”，然后将以下调用语句写入环境变量
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2024-02-23 22:33:56
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AutoDock Vina是用于分子对接和虚拟筛选的开源程序，由Scripps研究所分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实现，是目前使用最为广泛的分子对接软件之一。分子对接技术，作为计算机辅助药物设计（Computer Aided Drug Design，CADD）的重要方法，已广泛应用于药物发现阶段的早期虚拟筛选、药物分子设计、先导化合物优化、药物潜在作用靶点发现、药物-靶点相互作用
autodock-vina分子对接1.蛋白质的处理 从蛋白库里获取蛋白质的初始结构文件http://www.rcsb.org/ 这里我们选用3HTB蛋白复合物文件，用可视化软件打开pdb文件，这里选用pymol软件查看 我们去除掉水分子以及配体，在右侧3htb中点A，选择remove waters ，再点中右下角S，拖动序列栏，在序列栏中选中其他小分子配体，在右侧sele中点A，选择remove
AutoDock Vina是用于分子对接和虚拟筛选的开源程序，由Scripps研究所分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实现，是目前使用最为广泛的分子对接软件之一。分子对接技术，作为计算机辅助药物设计（Computer Aided Drug Design，CADD）的重要方法，已广泛应用于药物发现阶段的早期虚拟筛选、药物分子设计、先导化合物优化、药物潜在作用靶点发现、药物-靶点相互作用机
AutoDock Vina是用于分子对接和虚拟筛选的开源程序，由Scripps研究所分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实现，是目前使用最为广泛的分子对接软件之一。分子对接技术，作为计算机辅助药物设计（Computer Aided Drug Design，CADD）的重要方法，已广泛应用于药物发现阶段的早期虚拟筛选、药物分子设计、先导化合物优化、药物潜在作用靶点发现、药物-靶点相互作用机
Docking非原生配体在前面的例子中，AutoDock Vina能把配体构象调整到几乎原生的构象，验证了这一预测方法的准确度。下面，我们尝试docking另外一个配体药物nelfinavir奈非那韦，来展示如何寻找小分子在蛋白内的结合位点。这个过程可以进一步地凝练和扩展作为“虚拟筛选(virtual screening)”的步骤。重复上述步骤执行docking获取nelfinavir.pdb：为
目录1.准备需要的对接文件靶蛋白的pdbqt文件小分子库(.pdbqt)格式对接盒子及信息文件config.txt2.需要用到的工具linux系统(服务器，虚拟机或windows上的WLS均可)autodocktoolsopenbabelautodock vina3.对接环境配置4.对接过程1.准备需要的对接文件这部分参照我前面的博客，详细展开，会很冗长：对接文件准备 注：蛋白质的处理方法与博客中
他们的IT技能升级打怪之旅一般分为三个阶段：第一阶段：单机单CPU核，单任务第二阶段：单机多CPU核，多任务第三阶段：多机多CPU核，多任务据我们观察，很多用户都已经处在第二阶段。但是，依然有部分用户尚处在第一阶段，比如我们今天的实证主角。我们之前的六篇实证都直接一步到位——上云后。HSPICE │ Bladed │ Vina │ OPC │ Fluent │ Amber今天我们看看上
1923年11月8日，在美国密苏里州杰斐逊城的一个普通家庭里，诞生了一个男婴。男婴的父亲名叫赫伯特·基尔比（Hubert Kilby），是一个电气工程师，毕业于伊利诺伊大学香槟分校。男婴的母亲薇娜·基尔比（Vina Kilby），同样也毕业于这所学校。小两口也许并没有想到，他们迎来的这个小生命，将来会成为一个伟大的工程师、发明家，甚至是诺贝尔奖获得者。他的发明贡献，将开创一个庞大的产业，改变整个世
原创
2023-04-01 22:27:23
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