方差分解分析(Variance Partitioning Analysis)可用于确定指定环境因子对微生物(原生生物/植物/动物等等)群落结构变化的解释比例。要计算指定环境因子与群落结构的相关性，就需要约束非指定环境因子的同时，对指定环境因子做排序分析。其实就是相当于做partial排序分析。本文记录一下使用vegan包进行VPA分析的两种方法。一、 数据准备# 1. 设置工作路径，老生
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2023-08-16 13:45:01
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R语言是一种广泛应用于数据分析和统计建模的编程语言。它拥有丰富的数据处理和可视化功能，可以帮助研究人员更好地理解和呈现数据。在R语言中，有许多扩展包可以帮助我们进行数据分析，其中VEGAN（Vegetation Analysis）版本是专门用于生态学和环境科学领域的一个重要扩展包。
VEGAN版本是R语言中一个功能强大的生态学分析工具包，它提供了一系列函数和算法，用于分析和可视化生态学数据。这个
原创
2024-01-25 12:31:29
201阅读
# 在Mac上安装R语言及Vegan包的指南
在数据分析与统计建模的领域，R语言因其强大的数据处理能力而备受青睐。Vegan包特别适合生态学和环境科学的研究，提供了丰富的功能来进行多样性和丰度分析。本文将为你提供一个详细的指南，教你如何在Mac上安装R语言及Vegan包。
## 安装流程
以下是整个过程的简要流程：
| 步骤 | 描述 |
|------|------|
| 1 |
原创
2024-10-03 03:22:10
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# 用R语言进行cPCoA分析：探索生态数据中的模式
在生态学研究中，理解和解释多维数据是一项挑战。为了帮助研究人员深入挖掘生态数据中的模式，统计学家们发展了多种数据分析技术，其中之一就是主坐标分析（PCoA，Principal Coordinates Analysis）。在R语言中，vegan包为我们提供了实现PCoA的强大工具，同时也支持使用条件约束的主坐标分析（cPCoA，constrai
原创
2024-09-10 06:58:54
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# 如何在R语言中使用vegan包计算香农指数
计算生物多样性是生态学中的重要任务之一，其中香农指数（Shannon Index）是衡量物种多样性的有效指标。R语言的vegan包是为生态学数据分析而设计的强大工具，能够方便地计算香农指数。本文将为刚入行的小白开发者提供一个详细的指导，教你如何使用vegan包计算香农指数。
## 流程概述
在开始之前，我们来看一下整个流程。以下是实现香农指数计
### R语言vegan包安装
#### 引言
在生态学和环境科学领域，我们通常需要对复杂的生物群落数据进行分析和解释。R语言是一种功能强大的统计分析工具，而vegan包则是R语言中专门用于生态学和环境科学研究的一个重要工具包。本文将向您介绍vegan包的安装过程并提供使用示例。
#### 什么是vegan包？
vegan是一个免费的开源R软件包，为生态学家和环境科学家提供了一系列用于分析生物
原创
2024-02-02 10:00:05
1954阅读
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1.目的 本文是基于Kaggle|Give Me Some Credit项目(数据地址:https://www.kaggle.com/c/GiveMeSomeCredit),通过对消费者的人口特征、信用历史记录、交易记录等大量数据进行系统的分析、挖掘数据蕴含的行为模式、信用特征，发展出预测行的模式，结合信用卡评分的构建原理，采用R语言完成数据的清洗，主要包括缺失数据的填充、异常的删除和数
# R语言 vegan包解释
## 概述
本文将介绍如何使用R语言中的vegan包进行数据分析和解释。vegan是一个用于计算生态学和环境科学中常见统计方法的R软件包。它提供了一套用于多元统计分析和生态学数据的函数和工具。
## 流程
下面是使用vegan包进行数据分析和解释的一般流程。
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 1 | 安装和加载vegan包 |
| 2 |
原创
2023-10-22 04:47:40
761阅读
5 差异和环境（Dissimilarities and environment） adonis ，它对距离矩阵做多元方差分析，连续或者因子变量（自变量）都能处理。vegan里的其他方法包括多重响应排列程序（ mrpp ），相似性分析程序（ anosim ），这些方法只处理分类变量（变量），稳健性低于 adonis 5.1 adonis: Multivariate
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2023-07-05 19:50:15
128阅读
R语言构建蛋白质网络并实现GN算法目录R语言构建蛋白质网络并实现GN算法1.蛋白质网络的构建2.生物网络的模块发现方法3.模块发现方法实现和图形展示1) 基于点连接的模块发现：cluster_fast_greedy该方法通过直接优化模块度来发现模块。2) GN算法：edge.betweenness.community3) 随机游走：walktrap.community4）Newman快速算法：le
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2024-04-26 17:37:47
130阅读
选用的文章：陈浩然, 薛昊, 刘文静, et al. 血小板淋巴细胞比值作为非小细胞肺癌预后因素的meta分析[J]. 中国肺癌杂志, 022(005):289-298.一、数据提取及前处理详见R语言meta包的预后meta分析复现二、meta分析效应值计算使用metafor包rma()函数。yi：效应量的对数值sei：效应量对数值的标准误slab：研究标签method：固定效应模型用‘FE’；随
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2024-02-07 15:10:07
108阅读
**《R语言实战》第1章学习笔记**R的获取和安装CRAN（Comprehensive R Archive Network）http://cran.r-project.org 或者直接百度R，可以进入官网点击点击download R，然后找到自己国家的镜像，随便点哪个都可以，就可以下载安装包了比如我下载的是中国的，随便哪个都可以。R的使用创建一个名为x的向量对象，rnorm（5）表示5个来自标准正
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2023-08-10 10:19:42
349阅读
1 R程序包来源目前R程序包共有20200+个(2020.08.01，https://www.rdocumentation.org统计)，主要来自三个网站： 1.CRAN (https://cran.r-project.org)2.github (https://github.com)3.Bioconductor (http://bioconductor.org)其中最常用的是CRAN包，CR
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2023-10-04 13:47:07
303阅读
# 如何使用R语言vegan包计算beta距离
## 简介
在生态学中，beta多样性是指物种组成在空间尺度上的差异性。而beta距离则是用来衡量不同样地点之间的差异性。在R语言中，我们可以使用vegan包来计算beta距离。本文将向您展示如何使用R语言中的vegan包计算beta距离。
### 流程图：
```mermaid
flowchart TD;
A(导入数据)-->B(数据预
原创
2024-05-01 03:38:54
83阅读
# 科普文章：探索R语言中的vegan包
## 简介
在生态学和环境科学领域，物种多样性分析和生态学统计是非常重要的研究内容。R语言作为一种强大的统计分析工具，提供了许多用于生态学数据分析的包。其中，vegan包是R语言中最受欢迎的生态学分析包之一，提供了各种多样性指数的计算、物种组成分析、群落相似性分析等功能。
## 安装vegan包
要使用vegan包，首先需要安装它。在R中，可以使用
原创
2024-06-02 05:49:03
549阅读
11.正态分布之后专开一篇写正态分布的各种知识点。这里仅说下R里面用正态分布函数的一个注意点，一般书面写正态分布为
，如
，其中
，而R语言中写为
，即后面的参数写标准差，而非方差。
[1]基本密度函数期望方差特征函数[2]重要性质12.均匀分布[1]基本密度函数 k1 = seq(-1,3,by=0.01)
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2023-10-11 19:30:16
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R包vegan的Mantel testsMantel tests是确定两组距离测度矩阵（而非两组变量矩阵）之间相关性的相关性测试方法，用于判断一个矩阵中的样本距离与另一矩阵中的样本距离是否相关。Mantel tests零假设为响应变量矩阵中对象之间的距离与解释变量矩阵不存在相关，如果结果中p值显著，则拒绝零假设，即存在相关性，随着一个矩阵中样本之间距离的增加（或减少），另一矩阵中对应样本之间的距离
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2023-08-31 09:26:53
366阅读
不以规矩 不能成方圆###part one 管理R工作空间的命令
getwd() #returns an absolute filepath representing the current working directory of the R process
setwd() #set the working directory
Sys.info() #Reports system
# 实现“R语言 vegan pcoa 物种贡献度”的步骤
作为一名经验丰富的开发者，我将会指导你如何实现“R语言 vegan pcoa 物种贡献度”。下面是整个流程的步骤表格：
| 步骤 | 操作 |
| --- | --- |
| 1 | 安装和加载 vegan 包 |
| 2 | 读取数据 |
| 3 | 运行 pcoa |
| 4 | 计算物种贡献度 |
接下来，我将详细说明每个步骤
原创
2024-05-27 06:17:26
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最近我们被客户要求撰写关于向量误差修正模型的研究报告，包括一些图形和统计输出。向量自回归模型估计的先决条件之一是被分析的时间序列是平稳的。但是，经济理论认为，经济变量之间在水平上存在着均衡关系，可以使这些变量差分而平稳。这就是所谓的协整关系。由于知道这种关系可以改善分析的结果，所以希望有一个计量经济学模型，能够捕捉到这种关系。所谓的向量误差修正模型（VECMs）就属于这一类模型。下文介绍了VECM
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2023-08-24 14:17:55
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