关于单细胞转录组转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的,参考:跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析,但是R语言分析起来速度非常慢,如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周,这显然不现实。pySCENIC则很好的解决了这个问题,分析速度很快。官方教程参考:https://pyscenic.readthedocs.io/en/latest/一、软件安装老样子,还是先说一下安
转载 2023-11-21 17:25:16
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我们继续完成pySCENIC的分析!本来想这一节可视化也讲了,但是不着急,我发现有些伙伴没搞明白原由,或者太会“衣来伸手饭来张口”,所以这里着重整理了需要下载的文件!!!上一节说了pySCENIC的分析环境配置及安装,除了这些,还有一些必要条件,例如相关文件的下载,一些数据转化等等。为了减轻大家的负担,文件我已经下载好了,包括人的、鼠的,以及转化文件的py脚本,已上传QQ群文件,群成员可在群里免费