R语言是一种用于统计分析和数据可视化的编程语言。在生物信息学领域，R语言也常被用于处理和分析测序数据。本文将介绍如何使用R语言打开.bam文件，并进行简单的数据处理。
.bam文件是一种常用的测序数据文件格式，其中包含了DNA或RNA测序数据。在生物信息学的研究中，常常需要对.bam文件进行分析，比如读取测序结果、计算覆盖度等。R语言提供了丰富的生物信息学包，可以方便地处理.bam文件。
首先
原创
2023-11-20 14:22:57
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在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔（\t），从左到右分别是： 1 QNAME,序列的名字（Read的名字） 2
原创
2023-11-06 15:04:13
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Pysam可用来处理bam文件安装：用 pip 或者 conda即可 使用：Pysam的函数有很多，主要的读取函数有：AlignmentFile：读取BAM/CRAM/SAM文件VariantFile：读取变异数据（VCF或者BCF）TabixFile：读取由tabix索引的文件；FastaFile：读取fasta序列文件；FastqFile：读取fastq测序序列文件一般常用的是第一个
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2024-05-17 16:52:34
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第一次接触到三代测序数据，拿到手里的只有bam文件 查了一下有工具可以直接将bam文件转换为fastq https://github.com/P...
原创
2022-03-18 10:13:24
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## R语言 bam函数实现流程
### 流程图
```mermaid
flowchart TD;
A[开始] --> B[加载bam工具包];
B --> C[读取bam文件];
C --> D[对bam文件进行处理];
D --> E[分析结果];
E --> F[结束];
```
### 步骤及代码实现
| 步骤 | 代码 | 说明 |
|--
原创
2023-11-02 03:38:00
159阅读
MySQL为什么选择B+Tree?首先理解MySQL索引的几个原则是为了加速对表中数据行的检索而创建的一种分散存储的数据结构。工作机制如上图：以id创建索引，索引数据结构里存储了索引键(关键字)以及对应的值(地址值)，当搜寻id=101的数据时，直接找到对应的地址0x123456。时间复杂度为O(1)。时间复杂度二叉查找树二叉树测试地址：https://www.cs.usfca.edu/~gall
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2024-07-22 10:44:37
17阅读
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title: 不懂SQL优化？那你就OUT了(二)
-- 索引(一)
date: 2018-10-27
categories: 数据库优化
---要想让一个较慢的select ... where语句执行效率更快，我们应首先检查是否能增加一个索引。不同表之间的引用通常通过索引来完成。你可以使用explain语句（上一篇已介绍）来确定select语句是否使用索引，使用了哪些索引。索引索引
写索引文件： 索引文件在未合并前是有多个文件组成的，这些文件综合在一起，才为一个实质上的索引文件；这些文件拥有相同的名字，不同的是后缀名；下面，依次介绍这些文件，介绍方式为：从建立索引的类开始，一步步追踪，最后总结。 IndexWriter类写索引文件从IndexWriter类开始。Inde
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2024-10-20 13:13:25
52阅读
前面写博客一直没有添加目录，这样可能不能整体对文章内容一目了然，在参考博主"赵子清的技术文章"后，简单的修改了js代码，实现了博客的目录自动生成。参考博文地址在最后面。我的文章一般使用三级标题和四级标题，因此代码中修改成自动生成h3和h4目录，另外修改了li前面的图标为数字。使用步骤（1）确保博客园支持JS，没有就点击自动开通，一般需要等，着急可以给发送邮件。 （2）将JS脚本添加到页脚
pysam模块对samtools和tabix进行了封装，可以在python程序内部来操作和访问相关的文件，具体地，支持以下4种文件1. Fasta/Fastq2. VCF3. Tabix file4. BAM/CRAM/SAM对于samtools的封装，提现在操作bam文件上，既可以通过编程来读取bam文件中的内容，也可以实现samtools的调用；对tabix的封装，体现在利用索引来提取对应区域
原创
2022-06-21 14:09:16
883阅读
微软的SQL Server数据库是一个在中低端企业应用中占有广泛市场的关系型数据库系统，它以简单、方便、易用等特性深得众多软件开发人员和数据库管理人员的钟爱。但SQL Server 7.0以前的数据库系统由于没有全文检索功能，致使无法提供像文本内容查找此类的服务，成为一个小小的遗憾。从SQL Server 7.0起，到如今的SQL Server 2000终于具备了全文检索功能，使用户可以高效地检索
一 运行架构Spark Streaming相对其他流处理系统最大的优势在于流处理引擎和数据处理在同一软件栈，其中Spark Streaming功能主要包括流处理引擎的流数据接收与存储以及批处理作业的生成与管理，而Spark Core负责处理Spark Streaming发送过来的作业。Spark Streaming分为Driver端和Client端，运行在Driver端为StreamingCont
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2023-08-22 19:53:12
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bam文件说明
bam文件和sam文件内容其实是一样的，只是bam是二进制的压缩文件，需要通过特定的软件来进行查看，bam文件通常可以理解为12个字段组成
BAM格式分为header section（头部分，注释信息，以@开头，可有可无）和alignment section（比对结果）两个部分。alignment section由11个字段组成 1 序列的名字，也就是reads的名称 2`1.
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2024-04-08 20:56:10
136阅读
一整套 oracle 视频教程，看图：
27个视频
还想要啥，评论区说出来！
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2021-08-11 13:38:49
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这是具体点的，用谷歌打开可以翻译,里面详细介绍了oracle的所有细节https://docs.oracle.com/cd/E11882_01/server.112/e40540/toc.htm
原创
2021-07-06 15:38:23
117阅读
# 用R语言读取bam文件
BAM文件是一种二进制格式的对齐文件，通常用于存储测序数据。在生物信息学领域，我们经常需要对BAM文件进行处理和分析。本文将介绍如何使用R语言读取BAM文件，并展示一个简单的代码示例。
## 什么是BAM文件
BAM文件是对测序数据进行比对后生成的二进制文件，通常包含测序reads的信息以及其在参考基因组上的比对结果。BAM文件的特点是占用空间小，读取速度快，适合
原创
2024-03-10 06:42:19
577阅读
# R语言读取bam文件的步骤及代码示例
## 1. 背景介绍
bam文件是测序数据中的一种常见格式，包含了对DNA或RNA序列进行测序后的比对结果。在R语言中，我们可以使用一些专门的包来读取和处理bam文件，例如`Rsamtools`和`GenomicAlignments`等。
## 2. 流程概述
下面是使用R语言读取bam文件的整体流程：
| 步骤 | 描述 |
| --- | ---
原创
2023-12-12 05:13:38
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## 如何禁止Python查看BAM文件
### 1. 流程图
```mermaid
stateDiagram
[*] --> 开始
开始 --> 安装模块: 安装pysam模块
安装模块 --> 导入模块: 导入pysam模块
导入模块 --> 加载BAM文件: 载入BAM文件
加载BAM文件 --> 禁止查看: 禁止查看BAM文件
禁止查看
原创
2024-01-21 11:00:32
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Oracle还是比较常用的，于是我研究了一下Oracle
COMMIT，在这里拿出来和大家分享一下，希望对大家有用。只有当SQL语句影响的所有行所在的最后一个块被读入DB BUFFER并且重做信息被写入REDO LOG
BUFFER之后，用户才可以发出COMMIT，Oracle COMMIT触发LGRW，但并不强制立即DBWN来释放所有相应的DB
BUFFER块上的锁，但在随后的
原创
2013-02-22 10:22:36
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欢迎关注”生信修炼手册”!本文重点介绍下SAM文件中比对部分的含义，比对部分的信息是\t分隔的11列文件，每
原创
2022-06-21 09:05:13
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