Python实现KMPKMP非改进算法解释KMP算法考虑(P为匹配串，就是要找到它存不存在，T为模式串，就是要在它里面找): (1)当匹配失败时，应该将P右移多少个字符； (2)P右移后，应该从P中的哪个字符开始比较回答如下：当T串中j位字符与P串i位字符匹配失配时，下一步用next[j]处的字符继续跟文本串i处字符匹配，相当于T串移动j-next[j]位原始版比较方法：找到当前位置之前（不包含当
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2023-11-19 08:48:43
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字符串匹配算法之 kmp算法 （python版）1.什么是KMP算法 KMP是三位大牛：D.E.Knuth、J.H.MorriT和V.R.Pratt同时发现的。其中第一位就是《计算机程序设计艺术》的作者！！字符串（也叫主串）中的模式（pattern）定位问题。说简单点就是我们平时常说的关键字搜索。 KMP算法是用来求一个较长字符串是否包含另一个较短字符串的算法。模式串就是关键字（接下来
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2023-11-24 17:58:18
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# K-mer 特征提取在 Python 中的应用
K-mer 特征提取是一种常见的生物信息学技术，通常用于分析 DNA 或 RNA 序列。K-mer 指的是序列中的所有子串，其长度为 k。通过从基因组中提取 K-mers，我们可以获取丰富的序列信息，有助于后续的序列比对、分类和特征分析等任务。
## K-mer 的概念
K-mer 是指在给定序列中连续的 k 个碱基。例如，对于序列 `AC
原创
2024-09-04 04:55:40
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聚类分析介绍关键词：没有先验知识、亲密程度、相似性个体、自动分类；K-Means聚类 K均值聚类是一种动态聚类法，为了改进之前的算法在样品个数很大时内存和时间都消耗极大的缺点；即一种动态聚类法，先粗略分一下类，然后按照某种最优原则进行修正，直到分类比较合理为止；思想： 先假定样本可分为C类，选定C个初始聚类中心，然后根据最小距离原则将每个样本分配到某一类中，之后不断迭代计算各类的聚类中心，并
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2024-01-03 08:38:42
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使用ogr库实现 wkt 格式的几何数据转换为 kml 格式的简单实现。#!/usr/bin/env python
import argparse
import os
from osgeo import ogr # pip install osgeo
# 读取 wkt 文件，这里只返回了第一行
def readWktFile(filename):
f = open(filename)
d
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2023-07-03 00:06:52
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# Python实现基于Kmer片段的筛选方法
在生物信息学中，Kmer分析是基因组序列分析的重要工具。Kmer是连续的K个碱基（或字符）。本教程将向您介绍如何使用Python实现基于Kmer片段的筛选方法，适合刚入行的小白。
## 流程概述
我们将按照以下步骤来实现Kmer筛选方法，具体流程如表格所示：
| 步骤 | 描述 | 代码片段
欢迎关注"生信修炼手册"！jellyfish可以统计DNA序列中Kmer的分布，它运行速度快，内存消耗低，支
原创
2022-06-21 09:04:08
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机器学习实战一书 kMeans 代码 伪代码：创建k个点作为起始聚类中心
当任意一个点的簇分配结果发生改变时
对数据集中的每个数据点
对每个聚类中心
计算当前聚类中心与数据点之间的距离
将数据点分配到最近距离的中心点簇
对每一个簇，计算簇中所有点的均值作为中心点数据import matplotlib.pyplot as plt
impor
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2023-09-29 21:41:03
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1.分两组(1)kmer长度为：5 to 21(2)kmer长度为：5 to 55 by 102.代码：package org.gcdss.cliimpction
原创
2023-01-04 10:50:49
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欢迎关注"生信修炼手册"！对于基因组组装而言，kmer count是最基础的分析内容之一，传统的kmer c
原创
2022-06-21 08:48:00
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背景 Kmer是基因组组装算法中经常接触到的概念，简单来说， Kmer就是长度为k的核苷酸序列 。一般长短为m的reads可以分成 m k+1 个Kmer。Kmer的长度和阈值直接影响到组装的效果。 Denovo组装流程： 。 组装测序策略：根据基因组大小和具体情况选择个大概的k值，构建contig
原创
2022-05-31 21:36:59
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欢迎关注"生信修炼手册"！在使用基因组组装相关软件时，我们经常会听到kmer这个名词。kmer究竟是什么东西
原创
2022-06-21 05:45:16
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Adam学习之6源码解读kmer.scala代码：package testAdamimport org.apache.spark._import
原创
2023-01-04 11:00:08
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Adam学习之7代码kmer.scala完
原创
2023-01-04 10:57:46
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今天一个Python学习的干货。几个印度小哥，在GitHub上建了一个各种Python算法的新手入门大全，现在标星已经超过2.6万。这个项目主要包括两部分内容：一是各种算法的基本原理讲解，二是各种算法的代码实现。传送门在此：https://github/TheAlgorithms/Python简单介绍下。算法的基本原理讲解部分，包括排序算法、搜索算法、插值算法、跳跃搜索算法、快速选择算
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2023-07-04 20:26:32
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一、算法简介1、定义算法是一组完成任务的指令；有限步骤内解决数学问题的程序；为解决某项工作或某个问题，所需要有限数量的机械性或重复性指令与计算步骤。2、算法的条件（5）输入性，输出性，明确性，有限性，有效性。3、时间复杂度O(1) < O(logn) < O(n) < O(nlogn) < O(n^2) < O(n!)4、常见的大O运行时间（n一般为元素的个数）：O(
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2023-08-10 15:24:31
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1.算法定义 算法（Algorithm）是指解题方案的准确而完整的描述，是一系列解决问题的清晰指令，算法代表着用系统的方法描述解决问题的策略机制。也就是说，能够对一定规范的输入，在有限时间内获得所要求的输出。如果一个算法有缺陷，或不适合于某个问题，执行这个算法将不会解决这个问题。不同的算法可能用不同的时间、空间或效率来完成同样的任务。一个算法的优劣可以用空间复杂度与时间复杂度来衡量。一个
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2023-06-30 11:55:06
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A*算法python简单可视化实现A*算法详解：A*算法详解python实现:使用堆优化加快查找最小代价点 详细流程都写在注释里了使用方法：# 参数为地图高、宽、方格尺寸、起点坐标（0开始）、终点坐标（0开始）、延迟时间
demo = MiniMap(20, 30, 30, (0, 0), (29, 19), 0.05)鼠标左键单击方格添加/删除障碍物，中键重置路径（不改变障碍物），右键开始寻路。
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2023-09-03 11:53:14
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算法的五大特性：1、输入：有0个或多个输入2、输出：有0个或多个输出3、确定性：算法每一步都有一定的含义，不会出现二义性4、有穷性：算法在执行有限的步骤之后会结束，而不是无线循环执行。5、可行性：算法的每一步都是可行的 如果 a+b+c=1000，且 a^2+b^2=c^2（a,b,c 为自然数），如何求出所有a、b、c可能的组合? &nbs
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2024-05-17 01:30:40
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python数据结构及算法一. 数据结构与算法1. 算法的概念：算法是独立存在的一种解决问题的方法和思想2. 算法的特征：输入，输出，有穷性，确定性，可行性3. 时间复杂度是实现算法程序所需要的时间，即算法的优劣4. 数据结构是指数据对象中数据元素之间的关系5. 程序 = 数据结构 + 算法6. 算法是为了解决实际问题而设计的，数据结构是算法需要处理的问题载体二. 顺序表1. 顺序表：将元素顺序地
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2023-06-21 00:46:07
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