01 背景HMMER用于搜索序列数据库以查找序列同源物，并进行序列比对。它实现了使用概率模型称为Profile Hidden Markov Models（profile HMMs）的方法。HMMER通常与profile数据库一起使用，例如Pfam或许多参与Interpro的数据库。但是，HMMER也可以使用查询序列，而不仅仅是profiles，就像BLAST一样。例如，您可以使用phmmer对蛋白
HMMer在Windows环境下的安装遇到的困难官网www.hmmer.org上没有Windows版的下载链接下载链接404解决方案1方案2 遇到的困难刚刚入门生信，想要学着用HMMer工作。尽管在下在移动硬盘里装好了Ubuntu系统，但是日常用的系统还是Windows（移动硬盘带Ubuntu还是有点二的），因此想在Windows下安装HMMer。然而：官网www.hmmer.org上没有Win
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2024-03-18 12:48:27
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hmmer，和blast类似，也是一款用于寻找同源序列的软件，其出现晚于blast，与blast所使用的算法不同，hmmer使用的是隐马尔科夫模型，隐马尔科夫模型的简介以及在序列比对中的应用我之前有写过一篇短文，有兴趣可以参读一下：隐马尔可夫模型在序列比对和基因预测中的应用。使用hmmer和blast各有长短，在某些情况下两者的效果差不多，有时候会有稍大差距。hmmer也有在线版以及本地版，在线版
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2023-12-13 13:53:01
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关键词 blastp，Hmmer，hmmsearch，hmmscan，Pfam，NCBI CDD本文对 4 种兰花（Apostasia shenzhenica、Phalaenopsis equestris、Dendrobium catenatum、Gastrodia elata）的基因组使用 Blastp 和 Hmmer 两个基于不同算法的软件，筛选出包含 NB-ARC 结构域的蛋白。简要步骤Ap
文章目录COG简介eggNOG简介eggNOG mapper在线版eggNOG mapper本地版安装说明软件安装数据库下载基本使用HMMER方法diamond方法结果解读高级使用服务器共用内存模式宏基因组大数据模式同源检索功能注释附1. emapper.py参数详解Reference猜你喜欢写在后面 COG简介COG（Clusters of Orthologous Groups of prot
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2024-08-22 13:42:22
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文章首发于简书b站，自己百度标题就能找到。这个教程我做得非常好，不仅安装好了R，Rtools，Rstudio，还设置了镜像，示范安装R包，把许多散乱的教程都统一起来了，R语言初学者值得一看。前面的文章请看：TBtools进行序列提取；基因家族的鉴定blast和hmmer；基于Windows系统的iqtree系统进化树；关于Windows系统上的java安装R与Rstudio的安装。R语言是一种专门
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2023-10-03 13:12:38
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