DNA甲基化检测服务 DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一，真核生物中的甲基化仅发生于胞嘧啶，即在DNA甲基化转移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'-端的胞嘧啶转变为5'-甲基胞嘧啶。DNA甲基化通常抑制基因表达，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。这种DNA修饰方在不改变基因序列前提下实现对基因表达的调控。脊椎动物DNA的甲基化状态与生长发育调控密切相关，比如在肿瘤发生
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2024-08-24 18:22:32
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导语DNA甲基化是当前研究最多的表观遗传修饰，对于促进胚胎发育，基因组印记和X染色体失活等重要生物过程至关重要。在甲基化研究的技术手段中，Illumina In finium HumanMethylation450（HM450K）芯片，在癌症甲基化组数据集中占主导地位。TCGA数据库中收录的也是450K芯片的数据，今天要介绍的MethSurv就是基于TCGA、 GDAC Firehose数据集中的
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2023-08-21 11:12:32
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# TCGA甲基化数据分析
## 一、引言
癌症的研究一直是生物医学领域的热点，而肿瘤的发生与发展往往与基因表达的改变密切相关。近年来，甲基化作为一种重要的表观遗传学修饰，在调控基因表达方面发挥着关键作用。癌症的发生与特定基因的甲基化状态密切相关，因此对TCGA（癌症基因组图谱）中的甲基化数据进行分析，有助于揭示癌症的发生机制。
## 二、TCGA数据简介
TCGA项目收集了不同类型癌症的
# 如何在R语言中进行甲基化分析
## 一、流程概览
下面是进行甲基化分析的整个流程：
```mermaid
sequenceDiagram
小白 ->> 开发者: 请求帮助实现“r语言 甲基化”
开发者 -->> 小白: 解释甲基化分析流程
小白 ->> 开发者: 按照流程逐步操作
```
## 二、详细步骤及代码示例
### 步骤一：安装并加载相应的R包
首
原创
2024-04-27 06:35:42
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度（CpG density）与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为：CpG岛（CpG island，CGI）、CpG岛上下游2kb以内的区域（CpG shore ，CpG岛岸）、CpG岛岸上下游2kb以内的区域（CpG shelve，CpG大陆架），一共5个区域，分别统计各区域的甲基化水平。 
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2023-10-17 11:16:41
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年09月30日，《Clin Transl Med 》杂志发表了题为“Comprehensive methylome sequencing reveals prognostic epigenetic biomarkers for prostate cancer mortality”的研究文章，通过全基因组DNA甲基化测序技术（WG
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2023-10-30 20:18:29
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背景：可能由于技术上的限制，还没有研究揭示早期胚胎发育过程中的全基因组DNA再甲基化。方法：在这项研究中，研究人员首先优化了基于转座酶的全基因组重亚硫酸盐测序（transposase-based tagmentation bisulfite sequencing）技术，实现了微量细胞（100个细胞）的全基因DNA甲基化测序（Micro DNA-BS）。基于这一技术，研究团队详细的研究了
# R语言在DNA甲基化分析中的应用
DNA甲基化是一种重要的表观遗传调控机制，对基因表达和细胞功能具有深远的影响。在进行DNA甲基化分析时，R语言是一个强大的工具，能够帮助我们处理和可视化数据。本文将引导初学者了解如何使用R语言进行DNA甲基化分析，涵盖整个流程和需要的代码。
## 流程概述
整个DNA甲基化分析的流程可以总结如下表格：
| 步骤 | 描述
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。与常规RRBS不同，高通量单细胞甲基化测序sc-RBS由于从单个细胞输入的DNA量很少，常规方法不能保证目标DNA在最后的扩增过程中保持不变，因此sc-RBS在降损方面进行细化。易基因建立的高通量单细胞甲基化测序sc-RBS技术无需纯化，通过限制性内切酶消化、接头连接过程和在单管中转化重亚硫酸盐，是一种专注于将纯化过程中发生的损失降至最低
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2024-06-28 18:32:30
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# R语言甲基化数据分析
## 引言
甲基化是一种重要的表观遗传修饰，通过化学修饰DNA分子中的胞嘧啶（C）残基来调节基因的表达。随着技术的发展，研究者可以通过甲基化芯片或测序等方法获取大量的甲基化数据。R语言是一种强大的数据分析工具，提供了丰富的包用于甲基化数据的处理和分析。本文将介绍如何使用R语言进行甲基化数据分析，并提供一些示例代码。
## 数据导入
首先，我们需要将甲基化数据导入R
原创
2024-02-04 03:49:46
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文章目录甲基化驱动基因一、数据预处理二、LASSO回归+Cox回归粉丝福利 甲基化驱动基因DNA的甲基化往往与基因的转录活性成反比，所以DNA的甲基化程度势必会影响基因的表达水平，进而影响基因的功能。今天我们就来看看如何将甲基化数据和基因表达水平数据进行整合分析。在次之前呢，需要先给大家说一下甲基化驱动基因(methylation-driven genes)的概念，如一个基因在癌症样本中相比正常
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2024-01-27 16:24:33
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最近在学习对甲基化数据的分析，大部分甲基化数据都有已经处理好的beta值矩阵，少部分需要用原始的.idat文件去分析，本篇主要讲如何用champ包中的champ.load函数导入.idat文件。myLoad<-champ.load('./idat',arraytype='450k')这个函数主要有两个参数，第一个是包含所有样本的.idat文件和一个Sample Sheet.csv文件的文件夹
# 新版TCGA的甲基化数据分析
## 引言
癌症基因组图谱（TCGA）项目自启动以来，为我们提供了大量关于癌症的基因组数据，帮助科研人员深入理解癌症的发生机制。本文将探讨新版TCGA的甲基化数据，分析其对癌症研究的重要性，并通过Python代码示例展示数据处理和可视化方法。
## 什么是甲基化？
DNA甲基化是一种表观遗传学修饰过程，通常在基因启动子区域发生，能够调控基因的表达。例如，特
原创
2024-09-29 04:00:17
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甲基化分析pipeline开发步骤详解已完成的甲基化Gitee项目地址甲基化背景知识开发准备工作功能模块拆解项目详细解决方案展示部分分析结果Manhattan图heatmap图十等分切割基因位置统计图问题反馈与协助 已完成的甲基化Gitee项目地址如果你只想获得一个现成的pipeline工具加到你的linux服务器上，可以直接到我的Gitee项目地址clone下去，并跳过下面的具体代码问题解决过
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2024-09-02 14:40:42
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DNA甲基化是最早被发现的表观修饰之一，引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。DNA甲基化修饰参与了多个生物学过程，包括细胞分化、胚胎发育、X染色体失活、组织特异性等，与癌症、衰老、老年痴呆、糖尿病等多种复杂疾病密切相关。DNA甲基化的检测方法包括WGBS、MeRip、RRBS、芯片技术等等。基于芯片的甲基化图谱分析，目前包括Agilent平
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2024-09-27 20:08:00
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N7-甲基鸟苷（N7-methylguanosine，m7G）是真核生物tRNA、rRNA和mRNA 5'cap中最丰富的修饰之一。作为一种重要的表观遗传修饰，m7G RNA甲基化在基因表达、加工代谢、蛋白质合成、转录稳定等方面发挥着重要的作用，参与疾病发生发展等多种生命过程。对于m7G RNA甲基化修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的m7G-MeRIP-seq，利用m7G特异性抗体富集发生m7G
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2024-05-20 17:25:08
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易基因｜干货：m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期，我们讲讲甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理表观转录组指RNA序列不发生改变的情况
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2023-12-06 20:38:35
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# 首先要有Bioconductor ，然后用代码：
If(!requireNamwspace(“BiocManager”,quietly=TRUE))
Install.packages(“BiocManager”)
BiocManager::install(“ChAMP”)
# 安装后就可以加载ChAMP包
library("ChAMP")这个包里含有测试数据集，450k 肺肿
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2024-08-02 22:55:23
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。简化甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS)是利用限制性内切酶对基因组进行酶切，富集启动子及CpG岛等重要的表观调控区域并进行重亚硫酸盐测序该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的D
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2024-01-18 15:33:19
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。植物DNA甲基化模式的改变不仅可以影响植物的花期、育性、花以及叶的形态等生命活动，而且在植物印记、逆境胁迫和杂种优势等方面也发挥着一定的作用。易基因小编选取3篇关于DNA甲基化在水稻植物生长中的作用研究论文，为深入研究DNA甲基化在水稻乃至植物生长发育中的分子调控机制提供一些参考。01 水稻生殖细胞中的DNA甲基化
