新技术推动微生物研究新技术一直是推动科研发展的利器。微生物作为生物学家研究热点，对其基因组进行高分辨率、精准解析，一直是科研人员的共同需求。当前，解析微生物群落的物种构成主要依赖于扩增子测序和宏基因组测序。然而，扩增子测序存在扩增偏好、脱靶、分辨率低等问题，宏基因组测序对样本DNA质量要求高，且通常无法解析菌株水平的基因组。MobiMicrobe微生物高通单细胞基因组技术和2bRAD-M简化宏基因
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2023-10-17 22:53:10
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微生物代谢组学联合分析简介在肠道中，微生物与宿主之间进行密切的信息交流，在代谢、免疫、神经系统调控中起重要作用。不同组成的微生物能影响机体体重、消化功能、抵御感染和自身免疫疾病的患病风险，此外，还能影响机体对药物的反应。这些肠道微生物主要通过小分子的代谢物与宿主进行密切的相互作用。微生物的代谢组学可发现肠道微生物随宿主病理生理变化的关键代谢物，为微生物组-宿主互作机制研究提供线索。通过微生物组+代
微生物基因组重测序流程产品概述基本概念产品优势研究内容分析流程图数据产出及处理测序质量报告标准信息分析初级组装及评价比较基因组分析SNPCalling计算统计SNV的等位基因频率在全基因组上的分布分析对象包括全新预测的SNP，indel，large deletion, 以及外显子SNP在每个等位基因频率类别下的数目比率（fraction）。计算SNP，Deletion，以及Insertion 大
环境微生物研究中基于高通量测序技术产生了海量的微生物组数据，在文章发表时一般要求将测序数据存储到国际生物信息数据库，如：SRA、EBI和MG-RAST，但也有很多数据埋藏在文献中，不容易找到，同时缺少与测序数据对应的环境因子数据，使得发表的数据难于与我们自己的数据进行比较研究。扩增子数据与宏基因组数据相比，分析虽然相对容易，但无尽的代码和命令行也增加了数据分析的难度。中国科学院成都生物研究所李香真
# 利用机器学习研究微生物互作
在微生物生态学中，理解微生物之间的相互作用对于揭示生态系统的运作机制至关重要。随着机器学习技术的发展，科学家们开始应用这些方法来深入探讨微生物互作的复杂性。这篇文章将介绍微生物互作的基本概念，以及如何使用机器学习模型进行分析，并提供相应的代码示例。
## 微生物互作的基本概念
微生物互作泛指微生物之间的多种关系，包括共生、竞争、寄生等。在自然环境中，微生物共同
原创
2024-09-17 06:00:11
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目录微生物来源分析写在前面准备微生物来源分析就正常样品而言，我们都会测定重复，这里基于多个样品的sourceracker分析出图，简单出一张饼图供大家参考基于多个重复，我们合并饼图展示欢迎加入微生信生物讨论群，扫描下方二维码添加小编微信，小编带你入伙啦，大牛如云，让交流变得简单。历史目录R语言分析技术扩增子专题基于phyloseq的微生物群落分析代谢组专题当科研遇见python科学知识图谱杂谈微生
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2024-03-08 19:25:28
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假设有两种微生物 X 和 YX出生后每隔3分钟分裂一次（数目加倍），Y出生后
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2023-02-17 15:20:48
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这个问题，作为理论计算机科学的核心问题，其声名早已经超越了这个领域。它是Clay研究所的七个百万美元大奖问题之一，在2006国际数学家大会上，它是某个1小时讲座的主题。
要说起P和NP是什么东西，得先从算法的多项式时间复杂度谈起，注意，这里面的两个P都是指Polynomial(多项式)。
一个问题的规模指的是输入的总位数，比如一个n个数的排序问题，输入规模就是n。注意，
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2024-10-09 13:23:15
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243.图形界面微生物组分析软件STAMP：使用说明与实例展示本节作者：赵丹阳 STAMP图形界面的微生物组分析软件：使用说明与实例展示关键字：微生物组 统计分析 可视化 STAMP背景介绍STAMP简介STAMP是一款分析微生物物种与功能组成的可视化软件，STAMP 1.0于2010年发表在Bioinformatics杂志，后期2014年的2.0版本同样在Bio
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2024-01-12 16:34:58
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微生物增殖假设有两种微生物 X 和 YX出生...
原创
2021-07-14 11:10:18
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1. 微生物增殖假设有两种微生物 X 和 YX出生后每隔3分钟分裂一次（数目加倍），Y出生后每隔2分钟分裂一次（
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2013-04-22 20:24:00
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微生物增殖假设有两种微生物 X 和 YX出生...
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2021-07-14 11:10:19
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题目描述： 假设有两种微生物 X 和 Y X出生后每隔3分钟分裂一次（数目加倍），Y出生后每隔2分钟分裂一次（数目加倍）。 一个
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2023-09-04 14:10:39
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写在前面曼哈顿图 (Manhattan Plot) 是散点图的一种，在微生物组研究中通常用于表示微生物差异丰度的结果，是微生物组分析中常用的展示方式。本期我们挑选2022年6月23日刊登在iMeta上的Biochar stimulates tomato roots to recruit a bacterial assemblage contributing to disease resistanc
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2024-01-11 09:00:25
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注：此PPT来自上海交通大学附属第六人民医院陈璐老师的讲座，侵权删。\ 陈老师主要做代谢疾病的，讲座中提到的两个
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2022-09-01 11:35:32
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微生物组16sRNA 数据分析常规流程：划分OTU ， 构造距离矩阵，分析物种多样性指数，构建序列的进化树及物种注释信息。可以使用USEARCH、VSearch、Qiime来进行分析。1、划分OTUOTU为操作分类单元，基于序列相似度高于97%，将每个sample划分成不同OTU，每个OTU用一条序列read来代表，基于该代表序列进行物种注释和分析。划分完OTU后，可获得OTUtable，包括：每
