环境微生物研究中基于高通量测序技术产生了海量的微生物组数据，在文章发表时一般要求将测序数据存储到国际生物信息数据库，如：SRA、EBI和MG-RAST，但也有很多数据埋藏在文献中，不容易找到，同时缺少与测序数据对应的环境因子数据，使得发表的数据难于与我们自己的数据进行比较研究。扩增子数据与宏基因组数据相比，分析虽然相对容易，但无尽的代码和命令行也增加了数据分析的难度。中国科学院成都生物研究所李香真
微生物基因组重测序流程产品概述基本概念产品优势研究内容分析流程图数据产出及处理测序质量报告标准信息分析初级组装及评价比较基因组分析SNPCalling计算统计SNV的等位基因频率在全基因组上的分布分析对象包括全新预测的SNP，indel，large deletion, 以及外显子SNP在每个等位基因频率类别下的数目比率（fraction）。计算SNP，Deletion，以及Insertion 大
新技术推动微生物研究新技术一直是推动科研发展的利器。微生物作为生物学家研究热点，对其基因组进行高分辨率、精准解析，一直是科研人员的共同需求。当前，解析微生物群落的物种构成主要依赖于扩增子测序和宏基因组测序。然而，扩增子测序存在扩增偏好、脱靶、分辨率低等问题，宏基因组测序对样本DNA质量要求高，且通常无法解析菌株水平的基因组。MobiMicrobe微生物高通单细胞基因组技术和2bRAD-M简化宏基因
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2023-10-17 22:53:10
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微生物代谢组学联合分析简介在肠道中，微生物与宿主之间进行密切的信息交流，在代谢、免疫、神经系统调控中起重要作用。不同组成的微生物能影响机体体重、消化功能、抵御感染和自身免疫疾病的患病风险，此外，还能影响机体对药物的反应。这些肠道微生物主要通过小分子的代谢物与宿主进行密切的相互作用。微生物的代谢组学可发现肠道微生物随宿主病理生理变化的关键代谢物，为微生物组-宿主互作机制研究提供线索。通过微生物组+代
243.图形界面微生物组分析软件STAMP：使用说明与实例展示本节作者：赵丹阳 STAMP图形界面的微生物组分析软件：使用说明与实例展示关键字：微生物组 统计分析 可视化 STAMP背景介绍STAMP简介STAMP是一款分析微生物物种与功能组成的可视化软件，STAMP 1.0于2010年发表在Bioinformatics杂志，后期2014年的2.0版本同样在Bio
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2024-01-12 16:34:58
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# 利用机器学习研究微生物互作
在微生物生态学中，理解微生物之间的相互作用对于揭示生态系统的运作机制至关重要。随着机器学习技术的发展，科学家们开始应用这些方法来深入探讨微生物互作的复杂性。这篇文章将介绍微生物互作的基本概念，以及如何使用机器学习模型进行分析，并提供相应的代码示例。
## 微生物互作的基本概念
微生物互作泛指微生物之间的多种关系，包括共生、竞争、寄生等。在自然环境中，微生物共同
原创
2024-09-17 06:00:11
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注：此PPT来自上海交通大学附属第六人民医院陈璐老师的讲座，侵权删。\ 陈老师主要做代谢疾病的，讲座中提到的两个
原创
2022-09-01 11:35:32
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Biotechnology 期刊是一本涵盖生物技术科学和
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2023-07-19 09:19:50
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期刊简介Genome Research 创刊于1995年，由国际出版商Cold Spring Harbor Laboratory Press出版。期刊文章发表关于所有生物体基因组的结构、功能、生物学和进化研究，长期强调基因组规模分析、染色质结构和功能、表观基因组学、系统遗传学和蛋白质组学；并涉及高通量实验和计算方法的新见解和报告基因。涉及其他核心领域：1. 基因组序列变异综合表征2. 表
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2024-03-22 11:40:12
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本文为您介绍通过微生物组建模工程化天然微生物组，且发现不同接种物、处理方式、初始微生物组对...
目录微生物来源分析写在前面准备微生物来源分析就正常样品而言，我们都会测定重复，这里基于多个样品的sourceracker分析出图，简单出一张饼图供大家参考基于多个重复，我们合并饼图展示欢迎加入微生信生物讨论群，扫描下方二维码添加小编微信，小编带你入伙啦，大牛如云，让交流变得简单。历史目录R语言分析技术扩增子专题基于phyloseq的微生物群落分析代谢组专题当科研遇见python科学知识图谱杂谈微生
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2024-03-08 19:25:28
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Review Article，2022-10-06，ISME Communications,DOI：https://doi.org/10.1038/s43705
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2023-07-18 16:48:24
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机器学习（二）之回归模型回归模型线性回归模型步骤step1：模型假设——线性模型step2：模型评估——损失函数step3：最佳模型——梯度下降选择其他更复杂的1元N次线性模型步骤优化合并法引入更多参数正则化 回归模型回归模型(Regression Model):是一种有监督学习算法，用来建立自变量X和观测变量Y之间的映射关系。若观测变量Y是连续的则属于回归模型，若Y是离散的是属于分类模型。回归
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2024-03-01 16:04:37
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假设有两种微生物 X 和 YX出生后每隔3分钟分裂一次（数目加倍），Y出生后
原创
2023-02-17 15:20:48
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这个问题，作为理论计算机科学的核心问题，其声名早已经超越了这个领域。它是Clay研究所的七个百万美元大奖问题之一，在2006国际数学家大会上，它是某个1小时讲座的主题。
要说起P和NP是什么东西，得先从算法的多项式时间复杂度谈起，注意，这里面的两个P都是指Polynomial(多项式)。
一个问题的规模指的是输入的总位数，比如一个n个数的排序问题，输入规模就是n。注意，
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2024-10-09 13:23:15
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微生物增殖假设有两种微生物 X 和 YX出生...
原创
2021-07-14 11:10:18
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