简介 建立模型进行分子动力学模拟后，对得到的轨迹进行主成分分析（PCA），绘制相关性矩阵（Correlation Matrix）和自由能井图（Free Energy Landscape）和dssp图（Definition of Secondary Structure of Proteins）绘制相关性矩阵图：使用cpptraj计算轨迹的相关性矩阵#进入amber的cpptraj程序：
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2024-07-11 14:16:16
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理论计算与实验结合的研究已经成为TOP期刊中的主流方式。近日，上海交通大学种丽娜副教授一项关于质子交换膜水解槽阳极催化剂的研究成果在Science发表。该工作报道了一种由沸石甲基咪唑酯骨架（Co-ZIF）衍生并通过静电纺丝处理的镧和锰共掺杂的纳米纤维钴尖晶石催化剂, 该催化剂表现出优异的析氧反应（OER）活性，实现了非贵金属阳极催化剂在质子交换膜水解槽（PEMWE）中的高效稳定运行。通
结构式检索是一种通过化学物质的分子结构来查找相关信息的方法。这种检索方式在化学信息学中非常重要，尤其是在化合物的鉴定、相似性搜索、以及新化合物的设计中。本文将介绍几种支持化学结构式检索的平台，旨在帮助化学领域研究人员更高效地进行化合物的识别和信息查询。1、CAS SciFindern数据库【网址】： https://scifinder-n.cas.orgCAS SciFindern由美国化学会（A
化学方程式，也称为化学反应方程式，是用化学式表示化学反应的式子。化学方程式反映的是客观事实。因此书写化学方程式要遵守两个原则：一是必须以客观事实为基础；二是要遵守质量守恒定律。那么说到书写方程式，之前老师都是在黑板上写的，现在可以借助专业的化学公式编辑器来完成，下面小编就给大家传授化学反应方程式的书写技巧。
比如要书写如下图所示的化学反应方程式：
化学反应方程式示例 具体步骤如下
众所周知，有机小分子拥有很多内禀属性，如logP, logD，溶解度，和pKa等。可以帮助我们在实验过程中快速评估和预测小分子行为。如化合物的亲脂性常常由logP和logD表示。所谓logP是对P(分配系数Partition coefficient)取10为底的对数形式，它定义了化合物在两种互不相容的溶剂中（正辛醇/水）的分配比率。logP所计算的分配比率并未考虑小分子的电离，只考虑了未电离形式的
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2024-05-14 12:25:47
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TeeChart Pro VCL/FMX是一款主流的图表制作工具。提供了数百种用于可视化的2D、3D图形样式、56种数学、统计和金融函数，以及不限数量的坐标轴和30种调色板组件。TeeChart Pro VCL/FMX教程将会以连载的形式持续为大家带来TeeChart Pro VCL/FMX的使用方法。 &n
word按空格键出现点去不掉怎么解决word按空格键出现点去不掉怎么解决 Word里打空格键会显示成点,是因为设置了空格显示标记为"...",那是格式标志,不会影响正常工作,也不会影响打印.设置取消的方式如下: 打开文件菜单栏,点击[选项]. 切换到"显示"页面,取消"空格"和"显示所有格式标记"前的对勾,点击确定即可. 然后返回到word中,打空格键就不会出现点了....其他2017/05/08
结构确证的方法多用多样，但在当今有机合成人的眼里，NMR依然是最重要、不可或缺的工具，小至有机合成的结构表征，大至复杂天然产物的结构鉴定，可以说NMR就是有机合成人员的眼睛。然而，不同技术员NMR解谱水平参差不齐，不少人还停留在通过Chemdraw或Mestrenova的NMR预测功能来研判化合物结构的水平，结果可能会得出错误的结论。2017年，加拿大魁北克大学Steven R. La
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2024-08-21 08:54:17
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简介这个教程的主要目的是讲解如何使用amber软件完成对带非标准残基的蛋白的模拟。这个教程分5个步骤：1.准备适合amber软件操作的pdb文件；2.对非标准残基计算其部分电荷和赋予原子类型；3.对非标准残基建立lib文件和力场文件，为leap模块做准备；4.用leap模块生成蛋白的坐标和拓扑文件；5.进行标准的最小化、升温、平衡态模拟。一、准备pdb文件使用的练习蛋白文件：1EMA.pdb蛋白中
GitHub - biolearning-stadius/chemgrapher-self-rich-labeling一、问题提出化合物图结构的知识是必不可少的。成千上万的化学和制药科学的科学文章和专利研究了化合物，但在许多情况下，这些化合物的结构细节只以图像的形式发表。自动分析这些图像并将其转换为化学图形结构的工具将对许多应用非常有用，例如药物发现。通过开发一种基于机器学习的复合识别方法来解决这
ChemDraw的“键”工具在化学研究中能够发挥重大作用，如果你也是一名化学相关工作者就千万不要错过这篇教程，下文详细盘点“键”工具究竟能干些什么。ChemDraw化学软件免费获取地址：http://www.mairuan.com/product/chemdraw1、ChemDraw有哪些“键”工具1）ChemDraw最新版提供多种化学键工具，比如实键、双键、虚键、楔键、黑体键等基础键类型，如下图
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2024-07-02 21:51:34
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研究背景电催化促进水裂解被认为是一种获得氢的有效方法，但由于目前可用的有效催化剂价格昂贵和稀缺，这种方法受到了限制。过渡金属磷化材料由于其稳定、高效、高活性等特点，在电催化领域引起了广泛的关注。青岛科技大学高洪涛和Junwei Ma等人采用基于密度泛函理论的第一性原理计算方法，研究了VIII族元素掺杂对CoP(011)析氢反应(HER)活性的影响。理论研究表
实验要求鉴于LoG算法在历史中的地位，进行较深入的实验研究。探讨不同σ对LoG 算法的影响。图像Chapter3_1.pgm计算公式（*表卷积）见(1) (1) 1)取σ =1.2然后求零交叉的结果2)取σ =2.8的然后求零交叉的结果3)讨论和结论：零交叉对σ的依赖性注意：卷积模板大小取正方形NxN，N不小于3σ，卷积模板由(2)式确定 （2）
由于一次意外操作，把QC数据库中的BUG表数据给删掉了。崩溃～
上网找了下恢复方法，找到一款
Log
Explorer。下载安装使用后，发现这款软件的确不错，收藏ing
。 本次的使用的Log Explorer4.2; 数据库:SQL2005;
目的：恢复QC数据库中被删除的BUG表中的数据。
一、
自然界中往往存在一些对PH值敏感的蛋白，当我们想要探究这些蛋白在不同PH条件下构象变化时自然离不开MD的辅助。遗憾的是Gromacs暂不支持恒定PH条件下的模拟，因为这涉及到了蛋白表面残基质子化状态需要时刻改变。一种折衷的方法是：用propka等预测工具预测蛋白极性/可质子化残基的pka值（因为实际蛋白表面的pka值可能受到邻近残基的影响而发生偏移），然后根据想要模拟的PH环境，自主确定各个可质子
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2024-07-25 08:03:26
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化学反应常常对于温度是有一定要求的，所以用ChemDraw化学绘图工具在绘制化学反应的时候常常会用到℃温度符号。但是一些才接触ChemDraw的用户朋友不知道怎么输入℃。针对这种情况本教程来给大家分享一下如何在ChemDraw中输入℃温度符号。第一步：打开ChemDraw 15.1 Pro，在View菜单下选择Show Character Map Window（显示字符映射表窗口），在字符映射表窗
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2024-05-11 15:09:23
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CorelDRAW作为图形设计软件的代表，以其杰出和革新的特性赢得了长期的声誉和用户的赞赏，是一套屡获殊荣的图像编辑软件。即便CorelDRAW 2019版本得到了诸多用户的肯定与喜爱，我们仍未停止进步的脚步，希望把更好的体验带给大家。现在，CorelDRAW 2020版即将上线，相信它会带给用户更多全新的、高质量的创意。 图1：CorelDRAW2020新品发布会新功能/增强功能：1
亿图图示Edraw Max Pro Linux下载。亿图图示Edraw Max Pro Linux是一个超棒的专业综合图示绘制软件，它的应用领域十分之广。你可以使用它制作，工作流程图、商业图表、网络拓扑图等等。亿图图示Edraw Max Pro Linux特色：1、人性化设计，提供完善的绘制、修改方法，各种显示模式，随意切换。2、与常见的绘图、文档编辑软件的操作方式相似，使用户可以在短时间内掌握软
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2024-03-05 13:35:51
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ChemDraw一直是全球领先的科学绘图软件，致力于为科学家、教师以及学生提供最新的智能应用程序。ChemDraw 16版本相较于15版本做出了较大的改进，大大缩短科研时间，提高科研效率。扩展Name-to-Structure库， 完美兼容win10和Office 365、3D建模等。ChemDraw 16最新版体验地址：http://www.chemdraw.com.cn/xiazai.html
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2024-04-23 15:51:30
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为了尽量提高工作效率，chemdraw软件提供许多快捷键，今天我为大家推荐五组chemdraw快捷键，这五组快捷键不一定是chemdraw软件最常用的，但都是最重要的，掌握了它们你就离chemdraw软件高手不远了！ 1，缩放工作区。如图-1所示，红框中四个数字——100%、150%、75%、37%。它们分别自上而下对应键盘的“F5”、“F7”
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2024-07-04 20:47:14
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