写在前面年前，推了两个插件，主要针对基因克隆实验中常见需求，即引物设计以及Sanger测序结果解读…（主要还是为了情怀，都是我接触生信之前一直想要的功能…），对应了三个推文：《实用 | PCR 引物特异性？用Primer Check检测一下》《眼见为实！Sanger测序峰图比对到参考序列 - 直观！》《有点意思！Sanger 测序峰值图自动解析单倍型》其中最后一个推文事实上，是在「TBtools」
De novo（拉丁文）：从头开始的意思，de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序，然后将测得的序列进行拼接、组装，从而绘制该物种的全基因组序列图谱。重测序概念：重测序是全基因组重新测序的简称，是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。（没有组装的短的Reads序列）.Reads：即我们通常说的读长的意思，它是
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2024-08-29 20:45:54
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在生物信息学的研究中，经常需要下载测序文件以进行后续分析。然而，对于许多研究者来说，如何在R语言中执行这一操作可能并不直观。本文将详细探讨如何命令R语言下载测序文件的过程，包括错误现象、根因分析以及解决方案的实施。
### 问题背景
在解析生物数据时，科学家们通常需要从数据库中下载大量的测序文件。比如，在某个研究项目中，研究者需要从国家生物技术信息中心（NCBI）获取特定样本的基因组测序数据。这
目录1 前言2 什么是外显子测序3 外显子测序的原理4 外显子测序的优势4.1 外显子测序在肿瘤测序中有优势4.2 外显子测序主要得到SNP信息5 外显子测序的劣势6 参考文献 1 前言2 什么是外显子测序3 外显子测序的原理4 外显子测序的优势4.1 外显子测序在肿瘤测序中有优势 外显子测序，可以测Germline突变（胚胎形成时就带有的突变），也可以测体细胞突变（Somatic Mutat
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2024-09-13 20:19:38
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# Biopython 处理全外显子测序文件
全外显子测序（Whole Exome Sequencing, WES）是一种集中在基因组中编码区域（外显子）的测序技术。随着测序技术的发展，生物信息学的工具也在不断完善。Biopython 是一个广泛使用的生物信息学库，提供了处理测序数据的强大功能。本文将介绍如何使用 Biopython 处理全外显子测序文件。
## 工作流程
首先，我们需要明确
原创
2024-10-13 05:06:33
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在我们发表高通量测序文章之前通常要上传测序数据到GEO数据库，现总结流程如下。注册账户、填写MetaSheet在NCBI GEO官网注册一个账号，然后登陆。点击Submission Guidelines 。 从中查找，并下载， 通常是Download metadata spreadsheet （template and examples） UPDATED！，官方推荐下载最新版，这儿就提供链接了。G
JNDI（Java 命名和目录接口） JNDI（Java 命名和目录接口） 分布式计算环境通常使用命名和目录服务来获取共享的组件和资源。命名和目录服务将名称与位置、服务、信息和资源关联起来。 命名服务提供名称—对象的映射。目录服务提供有关对象的信息，并提供定位这些对象所需的搜索工具。有许多命名和目录服务实现，并且到它们的接口是不同的。 Java 命名和目录接口或 JNDI 提供了一个用于访问不同的
科研工作者的信仰就是将真相大白于天下NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分...
原创
2023-07-19 10:00:43
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文章目录Sentinel 介绍Sentinel 基本概念资源规则Sentinel 功能和设计理念流量控制熔断降级什么是熔断降级熔断与降级的区别熔断降级设计理念系统负载保护 Sentinel 介绍Sentinel 是面向分布式服务架构的流量控制组件，主要以流量为切入点，从流量控制、熔断降级、系统自适应保护等多个维度来帮助您保障微服务的稳定性。官方文档：https://sentinelguard.i
5、重复键的索引到目前为止，我们都假定作为建立索引基础的查找键是关系的键，所以对任何一个键值，关系中最多有一个记录存在。然而，索引经常用于非键属性，因此有可能一个给定的键对应于多个记录。假如按查找键对记录进行排序，而不管相同键值记录之间的次序，那么，我们可以采用前面介绍的方法来处理不是关系的键的查找键。对前面方法最简单的扩充是为数据文件建立稠密索引：每一个具有键值K的记录设一索引项。也就是说，我们
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2024-04-17 16:21:19
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目录1.Annotation的定义2.Annotation作用分类3.Annotation的语法形式4.Annotation的分类4.1：6个基本注解4.2：4个元注解4.2.1:@Target4.2.2:@Retention4.2.3:@Documented（了解）4.2.4:@Inherited（了解） 5.Annotation的属性 5.1简单演示1.Ann
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2023-08-13 23:50:16
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Python程序文件是用于编写和执行Python代码的文件。随着Python语言的演进，特别是从Python 2到Python 3的迁移，许多开发者在处理程序文件时面临着兼容性问题。本文将深入探讨如何解决Python程序文件相关问题，涵盖不同版本的对比、迁移指南、兼容性处理、实战案例、排错指南以及生态扩展。
### 版本对比与兼容性分析
首先，我们需要对Python的主要版本进行对比。这些版本
Python逆序输出数组：方法和示例Python是一种高级编程语言，它在各种应用中都非常流行。在Python中，我们可以使用简单的代码来完成各种任务，包括逆序输出数组。 这篇文章将介绍如何使用Python逆序输出数组，包括方法和示例。方法1：使用reverse()方法Python中的列表（list）提供了reverse()方法来逆序数组。 该方法将修改原始数组，而不是创建一个新的逆序数组。 在该方
12.2 顺序文件古代的剑客们与对手相逢时，无论对手多么强大，明知不敌，也要亮出自己的剑！01顺序文件1、顺序文件（Sequential File）是记录按其在文件中的逻辑顺序依次进入存储介质而建立的，即顺序文件中物理记录的顺序和逻辑记录的顺序是一致的。2、若次序相继的两个物理记录在存储介质上的存储位置是相邻的，则又称连续文件；若物理记录之间的次序由指针相链表示，则称串联文件。3、顺序文件是根据记
原创
2020-12-17 10:34:03
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索引的出现其实就是为了提高数据查询的效率，就像书的目录一样。对于数据库的表而言，索引其实就是它的“目录”。索引的常见模型哈希表有序数组搜索树哈希表适用于只有等值查询的场景。有序数组在等值查询和范围查询场景中的性能非常优秀，单看查询确实爽，但是需要更新的时候就麻烦了，动态数组你懂的，插入删除都是大问题。所以，有序数组索引只适用于静态存储引擎，比如你要保存的是2017年某个城市的所有人口信息，这类不会
目录前言一、Dubbo二、spring Cloud1.简介2.优点及特性2.1优点2.2特性3.总体框架4.总体了解springcloud4.1Eureka4.2Hystrix(熔断器)4.3Hystrix Dashboard(仪表盘)和Turbine4.4Spring Cloud Config(配置中心) 4.5Spring Cloud Bus(消息总线)4.6服务网关4.7链路跟踪4
文件和文件系统文件管理：把所管理的程序和数据组织成一系列的文件，并能进行合理的存储、使用等操作。文件系统模型文件读/写操作 = 检索 + 读/写。文件的逻辑结构有结构文件（记录式）①定长记录②变长记录无结构文件（字符流式）字节为单位，利用读写指针依次访问。系统对该类文件不需格式处理。顺序文件两种记录排列方式串结构：按记录形成的时间顺序串行排序。记录顺序与关键字无关；顺序结构：按关键字排序。顺序文件
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2024-03-04 16:30:24
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bin目录用来存放编译的结果，bin是二进制binrary的英文缩写，因为最初C编译的程序文件都是二进制文件，它有Debug和Release两个版本，分别对应的文件夹为bin/Debug和bin/Release，这个文件夹是默认的输出路径，我们可以通过：项目属性—>配置属性—>输出路径来修改。 obj是object的缩写，用于存放编译过程中...
原创
2022-04-02 10:35:41
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# Python 加密程序文件
在信息安全的时代，加密是保护我们数据的一种重要手段。Python 作为一种灵活且功能强大的编程语言，提供了很多库和工具来实现数据加密。在这篇文章中，我们将一起探讨如何用 Python 编写一个简单的加密程序，并详细介绍相关的概念和实践。
## 加密的基本概念
加密是将信息数据（明文）转化为一种不可读的格式（密文），从而保护信息的安全性。只有拥有对称密钥或非对称
原创
2024-08-10 04:54:38
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# 实现Java程序文件资源的流程
## 1. 简介
在Java开发中，我们经常需要访问和操作文件资源，例如读取和写入文件、创建和删除目录等。本文将以一个简单的例子来介绍如何实现Java程序文件资源的操作，帮助刚入行的开发者快速掌握这个知识点。
## 2. 实现步骤
下面是实现Java程序文件资源的大致流程，我们将按照这个流程逐步展开讲解。
```flow
st=>start: 开始
op
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2023-08-11 07:57:59
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