上次已经介绍过了使用R绘制系统发育树的基本用法，也埋下一个小坑：复现文章里好看的树，现在过来填坑了，哈哈哈。我准备了一些文章里自己觉得很不错的树（当然尽可能风格不同），然后自己生成随机的树和一些随机的无科学意义的注释（仅供画图参考！！！），主要是用ggtree和ggtreeExtra进行代码复现，争取把树的主体都用代码完成，当然一些小细节就还是不得不使用AI等pdf编辑软件进行添加了。Prepar
转载
2023-12-05 23:12:36
1872阅读
# 使用R语言的ggtree包
## 引言
在数据可视化领域，ggtree是一个非常强大的R语言包，用于生成生物学家常用的树形图。它提供了丰富的功能和灵活的可视化选项，使得用户可以轻松地创建高质量的树状图。本文将介绍如何使用ggtree包来创建树形图，并提供了详细的步骤和示例代码。
## 整体流程
首先，我们来看一下使用ggtree包创建树形图的整体流程。下表概述了这个过程的主要步骤：
|
原创
2023-07-16 12:22:16
1085阅读
# R语言 安装ggtree
## 引言
在生物信息学领域中，可视化是一项非常重要的任务。它帮助我们更好地理解和解释数据，并且有助于推动研究的进展。在R语言中，有许多强大的包可以用来创建生物信息学数据的可视化效果。其中一个非常受欢迎的包是ggtree，它提供了一种直观和灵活的方式来绘制进化树和其他类似的树状图。
本文将向您介绍如何在R语言中安装ggtree包，并提供一些示例代码来帮助您开始使
原创
2023-12-21 03:56:52
527阅读
# R语言ggtree安装教程
## 一、安装R语言
### 1. 下载R语言安装包
首先，你需要下载R语言的安装包。你可以在R官方网站（
### 2. 安装R语言
双击下载的安装包，按照安装向导的提示进行安装。默认情况下，R语言会被安装到C盘的Program Files文件夹下。你也可以选择其他路径进行安装。
## 二、安装RStudio（可选）
### 1. 下载RStudio安装包
原创
2023-11-25 06:29:57
1384阅读
## 教你实现"r语言ggtree包"
### 1. 简介
在开始教你怎么实现“r语言ggtree包”之前，首先让我们来了解一下ggtree包。ggtree是一款用于绘制进化树的R语言包，它提供了丰富的函数和工具，可以方便地进行树形数据的可视化和分析。ggtree包不仅能够绘制进化树本身，还可以在进化树上添加各种注释和标签，使得树形数据更加直观和易于理解。
### 2. 实现步骤
下面是实现“
原创
2023-12-04 14:15:45
198阅读
R语言是一种用于统计分析和数据可视化的开源编程语言。ggtree是R语言中一个非常强大的包，它提供了一种直观的方式来可视化进化树和生物序列数据。在这篇文章中，我将向你介绍如何安装R语言和ggtree包，并演示一些基本的用法。
## 安装R语言和RStudio
在开始使用R语言和ggtree之前，我们需要先安装R语言以及RStudio作为开发环境。下面是安装的步骤：
| 步骤 | 操作 |
|
原创
2024-01-07 10:27:16
461阅读
R语言基础之入门篇一、初识R语言及环境搭建R语言最初是由新西兰奥克兰大学统计系的教授Ross Ihaka和Robert Gentleman在S语言基础上开发完成的。是一门解释性语言。在我看来R语言是一门数学性极强的语言，或者说这是一门为数学而生的语言，因为其具有极其出色的计算与统计分析能力，但是在程序流转方面的速度却不如Java、C++等语言。这也是R语言可以用极少的代码量完成许多复杂的数据分析工
转载
2022-04-23 11:46:00
295阅读
R语言里的ggtree这个包可视化进化树有一个默认的顺序，如果想要改变枝的相对位置应该如何实现呢？通过查找ggtree作者写的帮助文档找到了对应...
原创
2022-03-09 11:00:49
1167阅读
# 项目方案：安装R语言ggtree
## 1. 项目背景
在R语言中，ggtree是一个用于绘制进化树、基于进化树可视化数据的强大包。但是，安装ggtree可能会遇到一些问题，特别是对于初学者来说。因此，我们需要一个详细的方案来指导用户如何安装ggtree。
## 2. 方案细节
### 2.1 安装R和RStudio
在开始安装ggtree之前，我们需要先安装R和RStudio。R是一种
原创
2023-11-12 08:09:28
990阅读
# 如何在R语言中使用ggtree调整树的大小
作为一名经验丰富的开发者，我很高兴能够帮助你学习如何在R语言中使用ggtree来调整树的大小。在这篇文章中，我将为你提供整个流程，并详细说明每一步需要做什么以及使用的代码。让我们开始吧！
## 整个流程
首先，让我们来看一下整个过程的步骤：
```mermaid
journey
title 使用ggtree调整树的大小
sec
原创
2024-06-26 04:13:56
352阅读
在C语言的学习中，对内存管理这部分的知识掌握尤其重要！之前对C中的malloc()和free()两个函数的了解甚少，只知道大概该怎么用—— 就是malloc然后free就一切OK了。当然现在对这两个函数的体会也不见得多，不过对于本文章第三部分的内容倒是有了转折性的认识，所以 写下这篇文章作为一个对知识的总结。这篇文章之所以命名中有个“浅谈”的字眼，也就是这个意思了！希望对大家有一点帮助！ &n
## R语言美化进化树的实现
作为一名经验丰富的开发者，我很高兴能够教会你如何使用R语言来美化进化树。下面是整个实现过程的流程图：
```mermaid
graph TD;
A[导入数据] --> B[构建进化树]
B --> C[美化进化树]
C --> D[保存美化后的进化树]
```
下面我们将逐步进行说明。
### 导入数据
在美化进化树之前，我们首先需要
原创
2023-08-25 16:25:03
297阅读
今天小编要给大家介绍的是如何在 R 语言中绘制漂亮的雷达图，说到这雷达图，大家可能并不陌生，咱们的 excel 中就有非常方便的雷达图画法。雷达图又叫戴布拉图、蜘蛛网图，通常在财务报表分析中使用较多。但在描述性统计分析中，雷达图正在被越来越多的人使用。在 R 语言中，我们可以通过 ggplot2 的一款扩展主题包——ggradar 来绘制出简单漂亮的雷达图。话不多说，小编直接上代码，争取让大伙
转载
2023-10-25 19:10:17
588阅读
如何安装R语言的ggtree包
作为一名经验丰富的开发者，我将指导你如何安装R语言的ggtree包。ggtree是一个用于绘制进化树的R语言包，非常适用于生物信息学领域。
下面是整个安装过程的步骤表格：
| 步骤 | 操作 |
| ---- | ---- |
| 1 | 打开R或RStudio |
| 2 | 安装devtools包 |
| 3 | 使用devtools安装ggtree包 |
原创
2024-02-05 03:35:16
1161阅读
在R语言中，`ggtree`包是一个非常有用的工具，特别是当处理与进化树（phylogenetic trees）相关的数据时。它能够可视化和分析进化树，极大地方便了生物信息学和相关研究的工作。本文将详细介绍如何安装`ggtree`包，提供必要的代码示例，以及一些与其使用相关的状态图和关系图说明。
### 一、安装`ggtree`包的前期准备
在安装`ggtree`包之前，请确保您的R语言环境已
原创
2024-08-12 04:13:22
1969阅读
## R语言ggtree聚类分析代码实现流程
### 1. 准备工作
在开始实现聚类分析之前，需要先完成一些准备工作。这些准备工作包括：
- 安装R语言和相关的包
- 导入数据
- 数据预处理
### 2. 数据导入
数据导入是聚类分析的第一步，需要将数据导入到R中进行进一步的处理和分析。可以使用以下代码将数据导入到R中：
```R
# 导入数据
data
原创
2023-10-02 03:53:42
218阅读
今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintained by beneficia...
原创
2022-03-09 11:39:32
1416阅读
论文 A highly conserved core bacterial microbiota with nitrogen-fixation c...
原创
2022-07-16 00:13:03
1694阅读
书籍：《R语言与数据挖掘》作者：张良均出版社：机械工业出版社ISBN：9787111540526本书由北京华章图文信息有限公司授权杭州云悦读网络有限公司电子版制作与发行版权所有·侵权必究lattice包lattice包的图形参数可通过trellis.par.get()函数来获取，并用trellis.par.set()函数来修改。show.settings()函数可展示当前的图形参数设置情况。 la
转载
2024-01-02 12:00:18
118阅读
## R语言散点图美化
散点图是数据可视化中常用的一种图表类型，通过展示两个变量之间的关系，帮助我们发现数据中的模式和趋势。在R语言中，我们可以使用ggplot2包来创建散点图，并通过一些美化技巧使图表更加吸引人。
### 1. 准备数据
首先，我们需要准备一些数据来创建散点图。假设我们有一组学生的数学成绩和语文成绩数据，我们想要了解这两个变量之间的关系。
```R
# 创建数据框
dat
原创
2023-12-08 13:05:12
249阅读
