#建库
#全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"
#Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查的序列（称为query）在database中搜索，每一条query与database中的每一条subject都要进行双序列比对，从而得出全部比对结果。
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2023-07-06 10:58:41
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# Python BLAST算法
## 引言
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）算法是一种非常常用的生物信息学工具，用于在大规模数据库中搜索与查询序列相似的序列。它是基于局部比对的算法，可以高效地找到相似性较高的序列。
本文将介绍BLAST算法的原理及其在Python中的实现。我们将使用NCBI提供的BLAST+软件，并使用Biopython库来
原创
2024-02-02 04:09:41
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# Python库BLAST：生物信息学中的序列比对工具
在生物信息学领域，序列比对是分析生物序列（如DNA、RNA或蛋白质）之间相似性的基本方法。BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是最常用的序列比对工具之一，它可以通过高效的算法在大规模数据集中寻找相似序列。为了简化使用BLAST的过程，Python社区开发了一些接口库，使用户能够通过简单的Pyth
原创
2024-08-18 04:11:45
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# 如何利用Python实现BLAST结果分析
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种生物信息学工具，用于比较生物序列以发现相似性。当你获得BLAST的结果后，如何在Python中解析这些结果并从中提取有用的信息是生物信息学中的一个重要任务。本文将为你详细介绍如何使用Python分析BLAST结果。
## 整体流程概览
在开始之前，我们先来梳理
原创
2024-10-20 06:54:17
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# Python中的blast比对
## 什么是blast比对？
blast比对（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于在数据库中查找生物序列相似性的工具。blast比对适用于DNA、RNA和蛋白质序列的比对，可用于识别两个序列之间的相似性和同源性。它是生物信息学中非常重要的一种方法，被广泛应用于基因组学、进化学、蛋白质结构预测等领域。
## 如何使用
原创
2023-12-12 07:57:01
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# Python BLAST距离
## 引言
在生物信息学中，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对算法，用于比较两个生物序列的相似性。在BLAST算法中，距离是一个重要的概念。距离可以量化两个序列之间的相似程度，从而确定它们在演化上的关系。
本文将介绍如何使用Python计算序列之间的BLAST距离，并提供相应的代码示例。我们将首
原创
2023-08-21 06:06:01
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# Python Blast 比对实现教程
## 1. 整体流程
下表展示了使用Python进行Blast比对的步骤和对应的代码：
| 步骤 | 描述 | 代码 |
| --- | --- | --- |
| 1 | 安装Biopython库 | `pip install biopython` |
| 2 | 准备比对序列和数据库 | - |
| 3 | 执行Blast比对 | `resul
原创
2023-12-10 11:39:28
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文章目录下载检查blast是否添加至环境路径使用blast合并fasta文件检查重名blast建库blast检索目标序列输出结果提取序列 下载通过NCBI FTP下载本地blast软件：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 对于Windows用户，直接下载exe可执行文件即可： 然后按照正常软件安装程序安装即可，
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2023-10-24 09:05:35
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一、在NCBI 中搜索BLAST点击这个，然后 来到这个页面，再点 来到了这个下载页面，选择合适的，开始下载二、开始安装建议不要安装在C盘。 安装结束后，然后设置环境变量，在path后，添加一句：D:\blast-2.12.0+\bin 然后打开cmd，输入blastn,出现下图所示，就证明安装成功。 然后在D:\blast-2.12.0+目录下，新建db文件，添加环境变量BLASTDB三、使用B
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2024-01-12 12:54:15
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1 兼职费用足够学费+生活费恰巧上学期间接过一些外包，恩，足够我的学费以及生活费，以及xx各种费用。主要干过以下几种：游戏外挂： 主要开发工具 为按键精灵，赚的不多，但是属于持续性收入，基本上可以覆盖整个游戏的生命周期，但随着监管力度增大，风险越来越高，本人已经退出这个行业。开发网站： 大学期间主要是WordPress还有Django撸了几个小站，搞搞前端基本就能过关，大概每个站能赚3-5千，投入
代码如下:
class Account(object):
account_type="Basic"
def __init__(self,name,balance):
"初始化一个新的Account实例"
self.name=name
self.balance=balance
def deposit(self,amt):
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2023-10-07 17:10:14
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Blast结果的详细解析 Posted on
2009 年 7 月 9 日
要使用程序对blast结果进行解析、分析，就必须对BLAST的结果形式有深入的了解，本篇文章将向你详细说明Blast结果的数据结构，供参考。这里的指的是blast默认的结果，也是我们应用最多的结果。 3.14.1. 结果文件的结构 一个BLAST的结果文件，大致结构如下： 每个blast结果文件都以
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2023-09-05 10:45:46
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一、列表1、idle使用（Mac）（1）代码自动补全 tab（2）回退代码语句 control+p 上一个代码 control+n 下一个代码2、列表就像是数组 列表是完备的python集合对象 且python的变量标识符没有类型。1 >>> movies = ["The Holy Grail","The life of brian"]
2 &g
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2024-03-11 16:16:43
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1. Blast （1）格式化数据库 主要参数： i 输入需要格式化的源数据库名称 p 文件类型，是核苷酸序列数据库（F nucleo
原创
2022-06-01 10:43:36
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# 使用Python实现BLAST序列比对的指南
在生物信息学领域，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种广泛使用的算法，用于比较生物序列。本文将为刚入行的小白开发者提供一个全面的指南，教会你如何使用Python实现BLAST序列比对的功能。我们将从整个流程开始，以及每一步所需的相关代码和解释。
## 流程概述
以下是实现BLAST序列比对的基
原创
2024-09-07 04:19:22
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IDLE是一个python的shell，“shell”是指文本交互。缩进使用tabtab也可以提示要输入的信息python变量不需要声明python是没有大括号的 用tab缩进来表示大括号运行中输入IDLE小程序：new file新建窗口中文符号是不能用的，系统也会给出提示，不用担心打错符号的问题单引号和双引号是一样用的bif是指python的内置函数，如打印，输入等等dir(__builtins
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2023-11-24 10:30:47
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1 什么是编辑距离在计算文本的相似性时，经常会用到编辑距离（Levenshtein距离），其指两个字符串之间，由一个字符串转成另一个所需的最少编辑操作次数。在字符串形式上来说，编辑距离越小，那么两个文本的相似性越大，暂时不考虑语义上的问题。其中，编辑操作包括以下三种：插入：将一个字符插入某个字符串删除：将字符串中的某个字符删除替换：将字符串中的某个字符串替换为另一个字符为了更好地说明编辑距离的概念
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2023-06-26 14:43:34
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blast所使用的query一般为基因等序列较长的对象，但有时候我们也需要使用短的query序列，比如使用引物作为query序列。这种时候使用一般的比对参数，比对不出结果的。这时候在比对时，加入以下参数就行：#参考#参考别人的文章一句话概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了。
针对这种短序列query，这三个选项是比较
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2023-11-29 10:46:42
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结果12列Query id,Subject id,% identity,alignment length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit scoreBlast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"，由Altschul等人于199
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2023-12-08 17:09:05
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一、说明 Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"，由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。 Blast简单来说，是一个完整的程序包，调用该程序包的命令来判断两个字符串的相似程
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2024-04-30 19:22:58
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