通过基因相关注释，可以知道变异位点在基因组上的位置和对蛋白质编码的影响。在进行注释之前，首先需要下载物种对应
原创
2022-06-21 05:43:35
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欢迎关注"生信修炼手册"annnovar filter-based annotaton用于分析哪些变异位点是
原创
2022-06-21 05:42:16
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通过gene-based annotation 可以得到变异位点与基因之间的关系，除了与基因的关系之外，变异
原创
2022-06-21 05:43:19
397阅读
ANNOVAR 是一款变异位点注释软件，提供了多方位的注释功能，支持多个物种，是最受欢迎的注释软件之一。
原创
2022-06-21 05:43:05
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欢迎关注"生信修炼手册"！在UCSC网站上，对于不同的参考基因组，提供了许多数据，这些数据中只要是提供了基因
原创
2022-06-21 05:42:47
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第一步：下载Annovar上Annovar官网下载（http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/），现在要邮件注册后才能下载。邮件注册后会给你最新版软件下载地址，下载后文件为annovar.latest.tar.gz。第二步：安装Annovarlinux系统下用该命令解压tar zxvf annovar.l
欢迎关注"生信修炼手册"！之前的文章中介绍了annovar软件的使用，除了annovar以外，snpEff
原创
2022-06-21 05:42:05
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ANNOVAR的程序模块（本人目录）├── annotate_variation.pl //annovar主程序，功能包括下载数据库，三种不同的注释
├── annovar_index.pl //index构建的程序，对于染色体是第一列的文件有效，修改网上程序
├── coding_change.pl //用来推断蛋白质序列的程序
├── convert2annovar.pl //
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2024-03-18 21:16:38
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之前的文章中介绍了annovar软件的使用，除了annovar以外，snpEff 也是常用的一款突变位点注释工具。这款软件基于java语言进行开发，安装过程相对简单，下载之后解压缩即可。本篇对该软件的使用进行一个简介。1. 查询所有可用的数据库列表命令如下java -jar snpEff.jar databases > snpEff.databases.list.txt目前共有4
SnpEff是韦恩州立大学Douglas M. Ruden团队于2012年发表的一款变异注释工具。到现在已近10年历史，持续更新，已至5.0版，总引用6044次。SnpEff的优点基于Java环境，便于安装和运行 (More tiny than VEP)；注释结果丰富(More HGVS than ANNOVAR)；支持38,000基因组;与GATK兼容;可自定义数据库。HGVS是国际通用的变异命
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2023-05-08 00:20:58
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