# R语言基因数据库简介及其应用案例
## 1. 引言
随着生物学和遗传学研究的深入，人们对基因组学数据的需求越来越大。基因数据库是存储和管理基因组学数据的重要工具，可以帮助研究人员获取、整理和分析基因数据。其中，R语言基因数据库是一种常用的工具，能够方便地进行生物信息学数据的处理和分析。本文将介绍R语言基因数据库的基本概念、使用方法，并通过一个具体的案例来展示其应用。
## 2. R语言基因
原创
2023-08-01 15:55:01
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基因数据库收集：1.千人基因组数据库：1092人基因库，250T左右介绍：http://www.1000genomes.org/下载地址：uk：ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/NCBI FTP Site : ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftpAmazon S3 :&nb
原创
2023-01-04 10:54:06
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基因融合指的是两个或者多个基因的部分序列结合到一起形成了一种新的基因。随着高通量测序的发展，我们可以利用二代测序的数据来鉴定出发生在不同疾病当中的融合基因，所以也就出现了很多来寻找融合基因的数据库。今天就来给大家介绍几个融合基因查询的数据库。 TumorFusions(https://www.tumorfusions.org/)提到高通量测序的数据，肯定是绕不开TCGA的数据库。那么庞大的测序量
欢迎关注”生信修炼手册”!在进行融合基因的分析时，我们会想要知道哪些融合基因是别人已经发现并证实过的，对应的
原创
2022-06-21 09:12:12
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欢迎关注”生信修炼手册”!驱动基因的识别是肿瘤基因组学研究中的一项重要内容，NCG是一个肿瘤驱动基因的数据库
原创
2022-06-21 09:58:21
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DNA损伤与修复是生命活动中的重要现象，据统计，每个体细胞每天会受到至少六万次的DNA损伤，正是由于DNA损伤修复机制的存在，才能够随时纠正和修复这些损伤，保证生命活动的正常进行。如果DNA损伤没有被正确修复，可能发生以下3种情况细胞衰老，加速细胞衰老进程细胞凋亡，DNA损伤过度无法修复时，会启动凋亡程序来清除损伤的细胞细胞癌变，DNA损伤部分修复的情况下，细胞会出现各种基因组变异，累积到一定程
原创
2022-06-21 10:10:04
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欢迎关注”生信修炼手册”!ENCODE数据库中包含了许多转录因子的chip-seq数据，通过对chip-se
原创
2022-06-21 06:16:52
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导语PlantCFG致力于收集、组织、展示和比较植物基因组中的开花基因。通过PlantCFG，用户可以有效地获得不同物种的候选开花基因信息，而无需在不同的数据库
欢迎关注”生信修炼手册”!抑癌基因tumor suppressor gene，简称TSG,是一类存在于正常细
原创
2022-06-21 09:59:20
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欢迎关注”生信修炼手册”!研究转录因子调控的靶基因有两种常用的手段，第一种就是利用chip-seq等方式，研
原创
2022-06-21 06:16:29
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欢迎关注”生信修炼手册”!转录调控是一种重要的调控机制，转录因子对基因的表达调控是其中研究的最广泛的一个领域
原创
2022-06-21 06:16:41
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欢迎关注”生信修炼手册”!哺乳动物中的miRNA通过结合转录本序列的3’UTR区，从而发挥转录后调控作用。T
原创
2022-06-21 09:08:34
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欢迎关注”生信修炼手册”!lncRNA在基因表达调控中发挥重要作用，研究lncRNA调控的靶基因，有两种研究
原创
2022-06-21 05:58:50
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欢迎关注”生信修炼手册”!miRTarBase是一个手工收集的，经过实验验证过的miRNA靶基因数据库，网址
原创
2022-06-21 09:08:49
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欢迎关注”生信修炼手册”!miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库，收录了人，小鼠等多个物种的mi
原创
2022-06-21 09:08:55
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在DNA甲基化与疾病的研究中，最常见的一个问题就是，是否有已经发表的文献表明某个基因在某种疾病中发生了甲基化
原创
2022-06-21 05:36:37
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癌症作为人类健康的头号杀手，引起了科研工作者的官方关注。鉴于DNA甲基化修饰在肿瘤中的重要作用， `Meth
原创
2022-06-21 05:27:11
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欢迎关注”生信修炼手册”!OnGene是一个肿瘤基因的数据库，通过文献检索的方式获得了803个肿瘤基因，文章
原创
2022-06-21 09:21:16
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欢迎关注”生信修炼手册”!TarBase是一个有实验证据支持的miRNA靶基因数据库，目前最新版本为v8,
原创
2022-06-21 09:08:43
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GEO芯片数据下载和探针ID转换（保姆级教程）一、问题描述探针ID转换数据是否预处理过二、Rstudio的安装（建议阅读，避免后续转换时出错）安装包的下载安装步骤三、（正文）芯片数据下载和ID转换相关设置和包的加载数据下载 本文章主要参考了： ①R 语言的安装（详细教程） ②GEO芯片数据下载和探针ID转换一、问题描述探针ID转换我们需要的基因表达量信息在NCBI的GEO数据库中对应的编号为GS
