上面的理论也学得差不多了,需要实际演练一下子了。于是从GEO里面下载了一个数据集https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE7803,不过其实是点击的下面这个地方,所以下载的是: 这两个地方都是可以点击的,下面那个椭圆形的应该是已经经过了进一步注释的,点击下面那个呈现如图: 点击上面那个矩形,呈现的图形如下:
欢迎关注”生信修炼手册”!在解读传统的富集分析结果时,经常会有这样的疑问,一个富集到的通路下,既有上调差异基
原创
2022-06-21 06:13:12
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Identification of molecular correlations of RBM8A with autophagy in Alzheimer's disease二. 文章思路 三. 结果解读1.识别AD中差异表达的基因作者探索RBM8A在AD中的作用使用的是GSE33000数据集,样本为310AD患者 VS 157 norm,用limma包进行差异分析A:箱线图展示RBM
下方查看历史精选文章重磅发布 - 自动化框架基础指南pdfv1.1大数据测试过程、策略及挑
原创
2023-05-16 20:07:17
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最近在找关于用stat做KHB中介效应的资料,网上的资料都很少,相关的那个英文文献大家应该都找到了,但是英文看着难度太大了,还是不方便,本站又没有相关的正文总结,所有我继续在网上大海捞针,最后综合了基本上所有能找到的资料,终于找到了一个对新手友好的帖子,本来我是打算自己直接把过程写一遍的,但是这篇帖子我觉得已经写的很完美了,对于不熟悉计量经济学但是又需要用到的人来说真的很友好,简单易懂,所以直接贴
Logistic回归全流程代码,包含:导入数据 数据划分 基线表生成 LASSO回归 批量单因素logistic 多因素logistic 列线图 ROC 校准曲线 DCALogistic回归全流程代码是一种常用的机器学习算法,用于解决分类问题。本文将围绕Logistic回归全流程代码展开,详细介绍其各个环节的实现方法和相关概念。首先,我们需要导入数
接触生物信息有段日子了,自己也发表了几篇数据挖掘的文章,感觉数据挖掘很大程度上来说是在做两件事:1.比较(异同) 2.富集(特征)。举个例子来说,如果我们对control-treatment做差异表达分析,算法会给出的差异表达基因list,按照某个统计量,比如fold change,也就是control相较于treatment的变化倍数,从小到大排序,得到一个rank list,怎么从这个list
简单介绍一下实证论文中双重差分法(DID)的安慰剂检验(Placebo Test)在Stata中如何操作。(本文首发于个人微信公众号DMETP,是往期两篇推文的合辑,欢迎关注!)下面的内容根据实际使用的数据集分为两个部分。一是以一个截面数据集为例,介绍一下安慰剂检验的整个思路与流程。这里使用的是系统数据集auto.dta,由于是简单介绍思路,因此该部分并没有第二部分面板数据那么复杂,且模型中不包括
岭回归(英文名:ridge regression, Tikhonov regularization)是一种专用于共线性数据分析的有偏估计回归方法,实质上是一种改良的最小二乘估计法,通过放弃最小二乘法的无偏性,以损失部分信息、降低精度为代价获得回归系数更为符合实际、更可靠的回归方法,对病态数据的拟合要强于最小二乘法。岭回归,又称脊回归、吉洪诺夫正则化(Tikhonov regularization)
# 项目方案:如何解读Python输出主成分分析结果
## 背景介绍
主成分分析(Principal Component Analysis, PCA)是一种常用的降维技术,它可以将高维数据映射到低维空间,从而减少数据的维度同时保留数据的主要特征。在实际项目中,我们通常会使用Python中的sklearn库来进行主成分分析。
本项目将介绍如何使用Python进行主成分分析,并解读分析结果,帮助
业务分析案例
原创
2021-06-18 15:19:24
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# 如何解读 Java 堆转储文件
Java 堆转储文件(Heap Dump)是 Java 虚拟机(JVM)在运行时生成的内存快照,它包含了 JVM 堆内存中所有对象的详细信息。通过分析堆转储文件,我们可以诊断内存泄漏、优化内存使用等问题。本文将介绍如何解读 Java 堆转储文件,并提供一个具体的示例。
## 准备工作
首先,我们需要使用 Java 命令行工具 `jmap` 来生成堆转储文件
华为认证考试结果如何查询
在现今的信息技术领域,华为无疑是一个备受瞩目的巨头。华为公司以其强大的技术实力和领先的产品在全球范围内都享有很高声誉。为了提高员工素质和技能,华为公司设立了华为认证考试,通过该考试可以评估人员在该领域的能力和技术水平。对于参加考试的人而言,了解如何查询考试结果非常重要。
首先,对于华为认证考试的查询,可以通过华为的官方网站进行操作。首先,登录华为官网,找到“培训与认证
Table of Contents写在前面:环境:chapter3chapter4chapter5chapter6chapter7chapter8chapter9chapter10chapter11待更...代码导入数据集的的过程,参考CMD文件夹的切换模式(命令行语法)环境:解释器:Python 3开发IDE:pycharm解释器:anaconda3chapter3---------------
# SQL Server中结果集加序号的解决方案
在数据分析与报告中,有时我们需要对查询结果添加序号,这可以帮助我们在展示时更好地理解数据的顺序。例如,我们可能希望对销售明细进行编号,以便于更好地追踪销售业绩。本文将一步步演示如何在SQL Server中对查询结果集添加序号。
## 实际问题背景
考虑一个销售记录表 `SalesRecords`,该表包含以下字段:`SaleID`、`Prod
SPARK算子(RDD)超细致讲解map,flatmap,sortBykey, reduceBykey,groupBykey,Mapvalues,filter,distinct,sortBy,groupBy共10个转换算子(一)转换算子1、mapfrom pyspark import SparkContext
# 创建SparkContext对象
sc = SparkContext()
# 生
GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于确定是否存在这样一个基因集,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异。表达谱数据里的基因数目众多,我们需要对基因进行功能注释,看哪些基因属于同一通路,以及该通路上的上调、下调情况,这就是富集分析了。例如2019年4月在Cancer cell(PMID 30991027)上发表的一篇文章中有一张主
ISO-8601 是国际标准化组织提供的一个有关时间表示的规范。
如下:1970-01-01T00:00:00Z 可能是我们最常看到的格式了,这个表示的是一个 Epoch 时间,其实也不完全一定是,因为在上面没有表示出毫秒。
关于上面的时间格式解读如下:
T 为日期和时间的分隔符,无特殊意义,猜测可能使用了英文单词 time 的首字母 T 吧。
Z 表示的是时区。应该取的是 Zone 的首字母,如
原创
2021-08-14 20:10:18
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ISO-8601 是国际标准化组织提供的一个有关时间表示的规范。如下:1970-01-01T00:00:00Z可能是我们最常看到的格式了,这个表示的是一个Epoch时间,其实也不完全一定是,因为在上面没有表示出毫秒。关于上面的时间格式解读如下:T 为日期和时间的分隔符,无特殊意义,猜测可能使用了英文单词 time 的首字母 T 吧。 Z 表示的是时区。应该取的是 Zone 的首字母,如果你看见表示的格式有 Z 的话,那么就说明当前的时间是 UTC 时间。格式扩展完整的 ISO 86...
原创
2021-08-16 10:16:34
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C++ string字符串分割一、find()配合substr()二、使用strtok()函数总结 一、find()配合substr() 第一种办法是先通过find()函数查询到子字符串的位置,而后通过substr进行子字符串截取。 关于find()函数共有以下几种: