鸟枪法蛋白质组学数据集肽识别的半监督学习鸟枪法蛋白质组学使用液相色谱-串联质谱鉴定复杂生物样品中的蛋白质。我们描述了一种算法，称为Percolator，用于提高从串联质谱收集的可靠肽识别率。Percolator使用半监督机器学习来区分正确和虚假光谱识别，相对于完全监督的方法，正确地将肽分配给来自胰蛋白酶酿酒酵母数据集的17%以上的光谱，以及来自非胰蛋白酶消化物的高达77%以上的光谱。 P
蛋白质组学研究概述作者简介：中科院遗传与发育生物学研究所中丹学院博士生张泽宇，外号 “大神”，口号 “Now you see me”。这是其刚入学时做的一个报告。本篇介绍下蛋白质组学，如果覆盖度深的话，应该是新时代的宠儿了。古希腊，一个神一样的存在，不只有雅典娜，更孕育了“ome”等一批高大上的词汇。组学表示一组物质整体的表现。蛋白质组学表示特定系统内蛋白质集合的研究。蛋白质组学有基于二维凝胶分离
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2018-10-19 18:25:00
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主要知识点：
--液相色谱仪及组成
--液质联用技术液相色谱仪1906年，一位叫Tsweet的俄国科学家，发现了这么一个现象：在一个玻璃管里放了一些碳酸钙的粉末，也就是石灰粉，然后把胡萝卜捣碎后的石油醚提取液加到柱子里，随着石油醚的流动，他发现在柱子上形成不同的色带，其实就是胡萝卜里包含的各种色素在碳酸钙柱子里被分离开了。由于观察到不同的色带，所以他管这种现象叫色谱。image我们通过下面的示意图
数据上传需要知道的小知识为什么上传数据？1. 供审稿人检查数据与数据处理流程。2. 与学术界共享，其他人得以再次利用数据进行深度挖掘或不同角度进行研究（你也可以下载并再利用别人的数据）。3. 增加自己的引用率。4. 给自己节省数据储存空间。5. 督促研究者提供好数据！杜绝学术不端！蛋白组上传什么数据？1. 质谱原始数据，“只要是论文发表中用到的都上传”。2. 搜库结果文件。3. 其它表格。4. 注
Uniprot （Universal Protein ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics），PIR（Protein Information Resource）三大数据库的资源。EBI（ Euro
导读同更为成熟的基因组学、转录组学一样，基于质谱的蛋白质组学数据共享在科研实践中越来越常见。本文作者为我们强调了该领域这一空前的现状，为一些数据科学家带来了无限机遇。本文主要通过三个层面为我们阐述了这一观点，首先，对一些已有成果的细节进行阐述，如系统性再分析工作；其次，对已发表的蛋白质组学数据应用形式进行阐述，如基因蛋白质组学、谱图库及谱图档案的建立；最后，对现存的挑战进行阐述，同时也提到了首次尝
作者简介：中科院遗传与发育生物学研究所中丹学院博士生张泽宇，外号 “大神”，口号 “Now you see
原创
2023-05-07 23:00:00
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# 蛋白质组学数据分析
## 介绍
蛋白质组学是研究蛋白质在细胞或组织中的表达、结构和功能的科学领域。它通过高通量测序技术，如质谱法（mass spectrometry），对蛋白质进行定性和定量分析，从而揭示蛋白质在生物体中的重要作用。
蛋白质组学数据分析是对大规模蛋白质组学数据进行处理和解读的过程。在这篇文章中，我们将介绍常见的蛋白质组学数据分析流程，并提供相应的代码示例。
## 数据预
原创
2023-08-03 07:03:42
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一、 概述：自顶向下的蛋白质组学技术近年来也发展成为高通量蛋白定性定量手段。该技术可以在一次的实验中定性上千种蛋白，然而缺乏一个可靠的假阳性控制方法阻碍了该技术的发展。在大规模流程化的假阳性控制手段中，假阳性的判断取决于蛋白鉴定的检索条件，包括谱图的质量，检索的数据库的大小，检索引擎，检索参数等。本文提出了一个一种依据蛋白鉴定条件设定假阳性的方法。该方法的可靠性在一个人工确认的包含546
生物医学大数据-蛋白质基因组学：质谱注释蛋白质组与其他组学的关系便是互为印证：蛋白质基因组学原本用于基因组注释，后面扩展到蛋白质与转录组或可变剪接之间关系，同时，蛋白质组依赖于基因组注释作为验证。许多研究未标明蛋白质基因组学，而是归属于对应的组学。 蛋白质基因组学现存问题：基因组注释方法：1.Denovo。2.与转录组相应证。3.与基因组数据库同源比对。基因组注释
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2023-08-28 20:32:53
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通过对生物液体和组织样本中的极性代谢物和脂质种类进行图谱分析，研究人员了解了表型内源性代谢物和药物或毒物等外源性物质的生理和病理生理学机制。提供全面的方法包，以应对从可靠的化合物注释到准确定量的日益复杂的分析。单克隆抗体 De novo 测序:质谱从头测序方法简单、快速、直接，Orbitrap Fusion Lumos Tribrid 三合一液质联用
前言 之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考，没想到在网上查到
原创
2022-09-01 11:30:40
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我们为什么需要蛋白质组学？ 1. 蛋白质组学从其他组学中带来的信息是独一无二的。 2. 为什么要这么具体？
原创
2022-09-01 11:35:31
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缺失值填充在数据分析领域的预处理过程绕不过去的一个坎，蛋白质组学也不例外，简单记录下，
原创
2022-06-01 11:59:01
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当前，关于高通量蛋白质组学的研究远不如NGS这般火热，网上关于这方面的知识也寥寥无几，从事这一行也有一段时间了
原创
2022-09-01 11:45:32
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摘要反相蛋白阵列（RPPA）代表了一种功能强大的功能性蛋白质组学方法，可以以经济有效，灵敏和高通量的方式在许多样本中评估相当数量的选定蛋白质标记。这种基于定量抗体的检测方法已被广泛用于研究驱动肿瘤起始/进展的分子事件，并评估生物标志物和机制。并且当前的RPPA平台包含大约300个蛋白质标记物，涵盖所有主要的癌症信号传导途径。癌症蛋白质组图谱（TCPA，http://tcpaportal.org）是
原创
2021-03-27 07:21:38
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最近看到微信公众号：“生物信息与育种” 的文章阅读量太低了，粉丝量基础也很少。可能是做动植物基因组和育种相关工作的人
说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由中国农业大学生物学院的李溱老师所授。主要知识点：
--质谱仪的使用与维护
--纳升液相系统的使用与维护
--液质联用系统的检查和保养
--质谱运行状态的评估质谱仪的使用与维护之前我们讲到了质谱仪主要分为以下五个部分，那么我们就分别针对这些部分来讨论一下使用中可能遇到的问题。image质量分析器
8月13日国际学术期刊Cell Discovery在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所中科院计算生物学重点实验室(马普计算生物学研究所)邵振课题组研究论文“MAP: model-based analysis of proteomic data to detect proteins with significant abundance changes”，报道了一种新计算模型MAP，用于统计分析基
从事基于质谱的蛋白质组学信息分析也有一年多时间了，回过头来还是需要缕一缕这个领域的方方面面，温故知新。 简要概述 蛋白质组
原创
2022-05-31 22:56:31
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