odex合并的方法：
1. smali-1.2.2.jar 和 baksmali-1.2.2.jar
http://code.google.com/p/smali/downloads/list
2 ． 需要这个 apk 所在的 rom 里面的一些 jar 文件，都在 /system/framework 里面： core.jar, ext.jar, framework.jar, android.policy.jar, services. Jar
当然，这五个是最基本的，有可能还不够，这种情况下面会讲到。(所以建议将/system/framework下的内容全部pull出来)
3. 总共分四步：
(1) 把下载好的 smali-1.2.2.jar 和 baksmali-1.2.2.jar ，还有 rom 里面抠出来的 5 个 jar ，放到工作目录，然后 apk 和 odex 也放到一起
(2) 分解 odex 文件为 class 文件。 命令： java -jar baksmali-1.2.2.jar -x xxx.odex，命令完成之后，会生成一个 out 文件夹，里面就是所有的 class 文件
如果出现问题，比如什么异常，缺少包什么的，就更到 rom 里面把出错信息里面要求的包拿出来，放到当前目录下。
(4) 将 class 生成为 classes.dex 文件。 命令： java -Xmx512M -jar smali-1.2.2.jar out -o classes.dex 这一步应该不会有什么问题，然后会生成 classes.dex 文件。
(5) 把 classes.dex 放入apk 里面，把盖子盖上。 最后这一步最简单了，用解压缩软件打开 apk ，然后把千辛万苦生成的 classes.dex 塞进去，就 ok 了。
这个 apk 就能用了。如果想给他重新签个名的话，去找个 Auto Sign 签名工具签署一下就行。
Odex与deodex的区别：
打开一个apk，里面有很多个文件夹和文件，一般在layout负责界面，value负责字体颜色和文字显示等。
odex是整个apk的核心部分，负责功能实现，deodex就是把odex文件以classes.dex的形式和apk整合成一个文件。
一般来说官方rom都是odex的rom，而定制rom大部分都是deodex化的。
两者应该各有优点吧，貌似现在也没有统一的说法。官方rom大部分每个apk对应一个.odex文件，而deodex化的rom里面只有一个apk，把.odex转换成classes.dex放到apk包里面了。
所以 odex rom的.apk+.odex=deodex化rom的1个.apk (简单地来说，其实就上一个合并的过程)
== ODEX的优点 ==
1.刷完机首次进入系统的时间会缩短一些。文件的运行速度应该也有所提升。
2.APK文件不能单独安装，并且如果反编译APK文件，一般也只能得到资源文件。
可以说是起到一定的保护作用，避免被肆意修改和使用。这样做可以使其厂商保证一定的反盗版，因为没有没有dex文件的apk是无法正常安装的。
3.会增加一些可安装应用的空间，虽然不是很多。（这个我没发现）
== ODEX的缺点 ==
1.不方便修改ROM以及文件本身。
2.增加ROM包的体积，虽然不是很多
3.当你升级某个被ODEX的应用后，这个应用将会出现故障，最常见的就是FC。
而现在的定制rom之所以基本上都是deodex化的是因为：
1. 可以适当减小文件的体积，起到节省rom空间的作用；
2.主要方便rom定制者对rom的个性化定制和移植；apk相对容易反编译和修改，而odex先要解包成smali然后才能生成classes.dex，如果要再生成odex，还要用dexopt-wrapper，比较麻烦。
我个人感觉，如果只是简单的使用，不美化，不经常修改system/app下的文件的人，对系统文件进行ODEX化，应该是能起到一定的优化作用的，而现在大部分的安装应用程序都是单个apk文件，升级也不会有FC的问题。
== zipalign ==
在你的应用程序上运行zipalign，使得在运行时Android与应用程序间的交互更加有效率。因此，这种方式能够让应用程序和整个系统运行得更快。
在Android中，当资源文件通过内存映射对齐到4字节边界时，访问资源文件的代码才是有效率的。zipalign 可以简单优化APP.
