在Git中，合并冲突通常是由两个或多个分支对同一代码文件进行了修改，导致无法自动合并。这时需要手动解决合并冲突。以下是解决合并冲突的具体步骤：

  1. 确认合并冲突：在执行合并分支操作后，如果Git检测到冲突，会提示用户进行手动解决。
  2. 查看冲突文件：使用git status命令可以查看哪些文件存在冲突。冲突文件的文件名前面会标有"both modified"字样。
  3. 解决冲突：手动解决冲突，可以使用任何编辑器打开冲突文件，编辑文件中的冲突部分，将冲突部分修改为期望的代码。需要注意的是，冲突部分的起始和结束位置都会有特殊的标记，以帮助用户更好地理解冲突的位置和内容。需要确保修改后的代码满足预期的合并结果。
  4. 标记已解决的文件：在解决完冲突后，使用git add命令标记冲突文件为已解决。如果有多个冲突文件，需要对每个文件执行该操作。
  5. 提交合并结果：使用git commit命令提交合并结果。Git会自动创建一个新的合并提交，其中包含所有已解决的冲突内容。

底层原理如下：

在Git中，每个提交记录都会包含一个指向它的父节点的指针，这些指针构成了一个有向无环图(DAG)。当执行合并操作时，Git会找到两个分支最近的共同祖先节点，然后将这两个分支上的修改内容合并到一起。如果两个分支修改了同一个文件的同一行代码，Git就会提示用户手动解决合并冲突。

当Git检测到冲突时，它会在文件中标记冲突的位置，并使用特殊的标记来表示冲突的起始和结束位置。这些标记通常以"<<<<<<<"和">>>>>>>"开头和结尾，中间是两个版本的修改内容，用"======"分隔开。

用户需要手动编辑冲突文件，选择期望的代码，并删除冲突标记。在解决完所有冲突后，用户需要使用git add命令标记冲突文件为已解决，并使用git commit命令提交合并结果。