电子邮件协议由smtp、pop3、imap三大协议组成。
Smtp协议
简单邮件传输协议（SMTP）的目标是可靠高效地传送邮件，它独立于传送子系统而且仅要求一条可以保证传送数据单元顺序的通道。SMTP的一个重要特点是它能够在传送中接力传送邮件，传送服务提供了进程间通信环境（IPCE），此环境可以包括一个网络，几个网络或一个网络的子网。理解到传送系统（或IPCE）不是一对一的是很重要的。进程可能直接和其它进程通过已知的IPCE通信。邮件是一个应用程序或进程间通信。邮件可以通过连接在不同IPCE上的进程跨网络进行邮件传送。更特别的是，邮件可以通过不同网络上的主机接力式传送。
SMTP设计基于以下通信模型：针对用户的邮件请求，发送SMTP建立与接收SMTP之间建立一个双向传送通道。接收SMTP可以是最终接收者也可以是中间传送者。SMTP命令由发送SMTP发出，由接收SMTP接收，而应答则反方面传送。
一旦传送通道建立，SMTP发送者发送MAIL命令指明邮件发送者。如果SMTP接收者可以接收邮件则返回OK应答。SMTP发送者再发出RCPT命令确认邮件是否接收到。如果SMTP接收者接收，则返回OK应答；如果不能接收到，则发出拒绝接收应答（但不中止整个邮件操作），双方将如此重复多次。当接收者收到全部邮件后会接收到特别的序列，如果接收者成功处理了邮件，则返回OK应答。
SMTP提供传送邮件的机制，如果接收方与发送方连接在同一个传送服务下时，邮件可以直接由发送方主机传送到接收方主机；或者，当两者不在同一个传送服务下时，通过中继SMTP服务器传送。为了能够对SMTP服务器提供中继能力，它必须拥有最终目的主机地址和邮箱名称。
Pop3协议
Pop3协议是因特网电子邮件的第一个离线协议标准,POP3允许用户从服务器上把邮件存储到本地主机（即自己的计算机）上,同时删除保存在邮件服务器上的邮件，而POP3服务器则是遵循POP3协议的接收邮件服务器，用来接收电子邮件的。
POP 协议支持“离线”邮件处理。其具体过程是：邮件发送到服务器上，电子邮件客户端调用邮件客户机程序以连接服务器，并下载所有未阅读的电子邮件。这种离线访问模式是一种存储转发服务，将邮件从邮件服务器端送到个人终端机器上，一般是PC机或 MAC。一旦邮件发送到 PC 机或MAC上，邮件服务器上的邮件将会被删除。但目前的POP3邮件服务器大都可以“只下载邮件，服务器端并不删除”，也就是改进的POP3协议。
Imap协议
交互邮件访问协议（Interactive Mail Access Protocol）。IMAP是斯坦福大学在1986年开发的一种邮件获取协议。它的主要作用是邮件客户端（例如MS Outlook Express)可以通过这种协议从邮件服务器上获取邮件的信息，下载邮件等。它与POP3协议的主要区别是用户可以不用把所有的邮件全部下载，可以通过客户端直接对服务器上的邮件进行操作。
虽然现在即时通讯发展迅猛，部分程度上代替了邮件的功能，但是在正式场合，重要资料信息还是通过邮件形式传递。按照邮件标准协议邮件在服务器上存储形式是明文存储的，所以
邮件服务器虽然有防火墙，但是防火墙一旦被攻破，重要信息就完全暴露了。
目前市场中邮件加密产品，大多需要重新注册一个邮箱，或者重新部署一套邮件系统，导致原来的邮箱不能用，也就是说需要改变用户习惯，对于大型公司来说邮件系统升级比较困难。
