R在Windows中的安装
(在Java中使用命令行的方式执行R包,摸索了半天终于成功了,记录一下方便以后查看)
详情见:https://www.runoob.com/r/r-setup.html
- 官方地址:https://cloud.r-project.org/bin/windows/base/
- USTC 镜像:https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/
- TUNA 镜像:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/
Windows 安装很简单,下载安装包后,双节下载的安装包,开始安装向导:
**注意:**这里使用的操作系统是 64 位的,但现在仍有少数的计算机使用的是 32 位的操作系统,如果你的操作系统是 32 位的,请在此步骤选择"32-bit 用户安装"选项。
当我们在交互式的命令窗口输入以下代码:
print("Hello, world")
输出结果为:
"Hello, world"
R在Linux中的安装
1.通过如下命令安装并启用 EPEL (如果已经安装过,直接执行第二步)
yum install epel-release
2.使用如下命令安装R
yum install R
3.安装完成之后,直接在终端输入R然后回车之后出现类似如下内容则表示安装成功
[root@siger-node1 local]# R
Java通过命令行执行R文件(Windows)
1、在R的安装目录下打开DOS命令窗口
2、输入R进入R语言操作环境
3、执行以下命令安装两个包(此处是安装R程序中有使用到的包,若是有其他需要的包使用同样的方式安装即可,安装时使用的包源我个人选择的是China shanghai 1):
install.packages("ggplot2")
install.packages("ggrepel")
4、安装完包之后以命令模式运行
Rscript C:\Users\Lenovo\Desktop\test_volcano_plot\volcano_plot.R -d C:\Users\Lenovo\Desktop\test_volcano_plot\test_data.txt -i C:\Users\Lenovo\Desktop\test_volcano_plot\gene_list.txt
**注意:**图二中打印的信息是执行的R程序包中打印的信息
5、Java中通过命令行的方式执行R文件
public static void main(String[] args) throws IOException {
long l1 = System.currentTimeMillis();
Process pro = Runtime.getRuntime().exec("D:\\app_path\\R-4.1.2\\bin\\Rscript C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\volcano_plot.R -d" +
" C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\test_data.txt -i C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\gene_list.txt");
String line;
BufferedReader buf = new BufferedReader(new InputStreamReader(pro.getInputStream()));
while ((line = buf.readLine()) != null) {
System.out.println(line);
}
long l2 = System.currentTimeMillis();
System.out.println(l2 - l1);
}
***注意:**解析
Process pro = Runtime.getRuntime().exec("D:\\app_path\\R-4.1.2\\bin\\Rscript C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\volcano_plot.R -d C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\test_data.txt -i C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\gene_list.txt");
这一段即是安装的R的位置
D:\\app_path\\R-4.1.2\\bin\\Rscript
这些是需要执行的文件:
C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\volcano_plot.R -d C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\test_data.txt -i C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\gene_list.txt
Linux中执行
与Windows中大同小异,通过命令行执行时注意文件之间的“/”,执行时缺少包使用 install.packages(“xxx”)安装即可