1. 用 PC 配置高性能计算集群

1.1 查看并修改IP地址

（1） 查看 IP 地址:

① ifconfig -a; 或 ② 界面右上角图形化设置

（2） 修改 IP 地址:

① vi /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-em1

修改为 IPADDR=192.168.5.70;

注释掉 BOOTPROTO=“dhcp”（通过 dhcp 协议获取 ip）或改为"static"（静态 ip 地址）

② service network restart 或 /etc/init.d/network restart

③ ifconfig -a 看 IP 地址有未修改

1.2 配置并行集群网络

vi /etc/hosts

文件中加入"192.168.5.71 bio71"等组内节点的 IP 和名称，一行一个本组占 70，71，72，73

1.3 关闭防火墙

CentOS6: -chkconfig --levels 35 iptables of CentOS7: systemctl disable firewalld

2. NFS服务配置——服务器端配置

2.1 编辑文件/etc/exports，设共享

vi /etc/exports

编辑文件，将目录/usr/local 和/usr/home 设为共享

/home 192.168.5.0/255.255.255.0(rw,no_root_squash)
/usr/local 192.168.5.0/255.255.255.0(rw,no_root_squash)

2.2 启动NFS守护进程chkconfig --levels 35 nfs on service nfs restart

3. NFS服务配置——客户端配置

3.1 编辑文件/etc/fstab，加入NFS

vi /etc/fstab

添加行（注意使用服务器节点名称）

bio70:/home

/home nfs

defaults


0

0

bio70:/usr/local

/usr/local nfs

defaults

0

0

3.2 备份/home

复制/home，或重命名并创建新的/home

mv /home /home2

mkdir /home

3.3 加载NFS

等服务器节点配置成功后，运行

mount -a

若成功加载 NFS，运行下列指令会显示各文件系统及其信息df -k

4. 配置NIS

4.1 安装NIS

NIS 服务器端安装NIS 相关软件包ypserv、yp-tools、ypbind； NIS 客户端安装yp-tools 和ypbind。

4.2 修改域名

修改/etc/sysconfig/network 设置NIS 的域名:

Created by anaconda

NISDOMAIN=bioinfo

4.3 修改配置文件

服务器端修改文件/etc/rc.d/rc.local，实现开机自动加入NIS 域：

/bin/nisdomainname bioinfo

4.4 修改权限

服务器端修改文件/etc/ypserv.conf，设置特定的NIS 服务器访问权限

4.5 启动相关服务

服务器端启动相关服务rpcbind 和ypserv

shell# systemctl start rpcbind
shell# systemctl start ypserv
shell# rpcinfo -p localhost
shell# rpcinfo -u localhost ypserv

4.6 添加本地用户

shell# useradd bio70
shell# useradd bio71
shell# passwd bio4348
shell# passwd bio4348

4.7 建立账户数据库

shell# /usr/lib64/yp/ypinit -m

4.8 修改客户端用户信息、密码、组、主机的认证顺序文件/etc/nsswitch.conf:

passwd: files nis
shadow: files nis
group: files nis
hosts: files dns nis

4.9 修改客户端配置文件

domain bioinfo server mu71

4.11 修改客户端系统认证文件

USENIS=yes

4.12 修改客户端系统认证文件

password sufficient pam_unix.so md5 shadow nis nullok try_first_pass use_authtok

4.13 客户端检测是否配置成功

shell# yptest

4.14 最后要记住用 chkconfig 或 systemctl 将需要启动执行的服务加入启动程序中。

5. SSH服务配置

5.1 启动sshd守护进程chkconfig --levels 35 sshd on service sshd restart

5.2 运行命令产生公钥/私钥

ssh-keygen -t rsa

一路回车，不需输入密码

此时在~即/home/bio 目录下产生文件夹.ssh cd /home/bio/.ssh

cp id_rsa.pub authorized_key

此时输入 ssh <client_machine> 如 "ssh bio31"等可以访问其他节点的/root 目录

6. 安装和配置MPICH

6.1 在root下yum指令安装C编译器

yum install make ///安装 make 程序
yum install gcc ///安装 GCC 编译器（支持 C 编译）
yum isntall gcc-c++ ///安装 G++编译器（支持 C++编译）

6.2 文件目录准备

安装包默认下载到/home/bio/Downloads 解压运行

tar xzf mpich-3.2.1.tar.gz cd mpich-3.2.1

新建安装目录 mpich-install（假设在/home/bio 下）

cd /home/bio
mkdir mpich-install

6.3 验证并指定安装目录

cd /home/bio/Downloads/mpich-3.2.1
./configure --prefix=/home/bio/mpich-install 2>&1 | tee c.txt

如果运行通过，最后一行出现"configuration complete!"

6.4 生成MPICH

make 2>&1 | tee m.txt
make install 2>&1 | tee mi.txt
PATH=/home/bio/mpich-install/bin:$PATH ; export PATH

6.5 检测

which mpicc ///均输出正确路径名为安装成功which mpiexec
which mpirun

6.6 运行例子

cd examples
mpiexec -n 5 ./cpi ///输出π值