在windows下通过命令行来调用R脚本，可以使用R CMD BATCH file 命令。这样可在别的语言中（java，perl，php）执行此条命令，从而调用R脚本。
但是当在linux下，因为BATCH指令的权限问题，将会导致非root权限无法调用此条指令。这时使用Rscript file代替即可。（貌似Rscript在windows下无法使用，因为MS的CMD不支持）。
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昨天又重新查看文档，并做了尝试，发现命令行指令可以用以下两种形式：
1.R [--option] [-e expr] <infile >outfile [args]
2.Rscript [--options] [-e expr] file [args]
首先看1.
a. [--option] 代表R指令的选项，具体的选项有很多，可以参考相关文档，其中'--save', '--no-save' or '--vanilla'这三者必须填一个。这就意味着[--option]不能为空。同时推荐使用--slave 选项，这个选项让R命令工作在安静模式，否则，R脚本中的所有内容都会打印在命令行内。
b. [-e expr] 这个没弄明白，我没有用到这个部分。
c. <infile 输入的文件。<不可省略。
d. >outfile 输出的文件，同上。
e. args 希望向R脚本传递的参数，在脚本内可以用commandArgs()函数读取这些参数。
f. 除了args，好像前面几个部分是可以颠倒位置的。但是args参数必须放在最后，否则报错
g. [args]可以直接用想要传递的参数代替，也可以先用--args 指明，比如--args XXX， 这两种方法都可以成功的向脚本传递参数，其参数都可以被commandArgs()函数获得。但是不同在于，如果想使用commandArgs(TRUE)来筛选出合适的参数的时候，必须用 --args XXX
接着看2.
Rscript实际上是R脚本在命令行应用的一个前端
在Rscript [--options] [-e expr] file [args]中：
a. [--options] [-e expr]并非必须的。
b. file前面不用加"<" ,这点和R指令不同，Rscript会自动将第一个单独的字符串（前面没有加-- < > 等字符）作为输入的脚本文件名。
c. 如果想指定输出，可以使用>outfile 这点和R指令相同。
d. 同样[args]必须在最后。但是commandArgs(TRUE)是无法从中筛选出合适的参数的。即是说，如果想使用commandArgs(TRUE)，那么只有使用R指令。
PS： commandArgs(TRUE)和commandArgs()区别在于：
对于命令R --vanilla --slave <test.r --args ss
前者得到的参数为 "ss" 后者得到的参数为 "/path/to/R" "--vanilla" "--slave" "--args" "ss"
R CMD BATCH file 的格式是R CMD command file，这里的command是别的工具，比如BATCH（批处理工具），R借助这种指令来使用别的工具处理R脚本。所以在linux下这种方式可能会牵涉到别的工具的权限的问题。
