Linux环境下R和R包安装及其管理

安装R

法一：使用系统命令安装R

ubuntu或者centos的Linux发行版本软件源中包含R包，只需一条命令就可以安装，只不过这种方式可能不是最新版本，例如centos 7软件源中的版本为R 3.6，不过这种方式非常方便。

#ubuntu
apt update
apt install -y r-base
#centos 7 or 8
yum install -y R.x86_64 --skip-broken
法二：源码编译安装R

1 安装依赖
如果想更好的控制R版本，可以自行编译R软件，其实编译也不难，只需要将一些依赖安装好，就很容易编译，否则安装过程中就一直出错。

# 安装配置必要的依赖库
yum install -y --skip-broken zlib java gcc-gfortran gcc gcc-c++ readline-devel libXt-devel bzi zlib-devel java-1.8.0-openjdk-*
# 安装配置必要图片库
yum install -y libpng-devel libjpeg-devel libtiff-devel libcairo-devel cairo-devel

2 自行编译安装
编译最重要一步就是检查配置，运行configure，会提示缺少依赖，只需要将相应的依赖安装成功即可。
#下载

curl -O https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-4/R-4.1.2.tar.gz
tar -zxvf R-4.1.2.tar.gz
cd R-4.1.2

#检测配置R
./configure --enable-R-shlib --with-pcre1 
# 问题1：R语言依赖gcc、glibc-headers、gcc-c++、gcc-gfortran，因此需要部署
yum -y install gcc
yum install glibc-headers
yum install gcc-c++
yum install gcc-gfortran
# 问题2：R语言安装依赖openjdk
yum install java-1.8.0-openjdk-*

#编译
make -j4

#安装
make install

安装Rstudio-server

Rstudio是R的集成开发环境，非常的好用，在服务器端安装Rstudio-server之后就可以通过浏览器访问R，非常的方便。
下载最新版Rstudio-server
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/

curl -O https://download2.rstudio.org/server/centos7/x86_64/rstudio-server-rhel-2021.09.1-372-x86_64.rpm
sudo yum install rstudio-server-rhel-2021.09.1-372-x86_64.rpm

开启8787端口
CentOS7 系统采用新的防火墙策略，因此，安装完成Rstudio之后，还不能通过浏览器访问，需要进行防火墙设置才行，ubuntu系统可以直接访问，下面的设置非常重要。

systemctl enable rstudio-server.service
systemctl start rstudio-server.service
systemctl status rstudio-server
firewalld
firewall-cmd --permanent --add-port=8787/tcp
firewall-cmd --permanent --add-port=8787/udp
firewall-cmd --reload
# 如果是iptables
iptables -I INPUT -p tcp --dport 8787 -j ACCEPT
iptables -save > /etc/sysconfig/iptables # 永久保存
iptables -L -n # 查看端口运行情况

# 编辑rstudio-server配置文件
vi /etc/rstudio/rserver.conf # 加入如下配置
# Server Configuration File
www-port=8787
rsession-which-r=/usr/local/bin/R

vi /etc/rstudio/rsession.conf # 加入如下配置
# R Session Configuration File
session-timeout-minutes=0

安装R包

下安装R包一般有2种方式：
1. R CMD INSTALL
下载源码
R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz
也可指定安装库路径：
R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz --library=/your/lib/path
更多参数--help一下
  1. install.packages
which R查看下路径，是否是刚才自己安装的R。敲R，或全路径进入R
install.packages('mypackage')，这种方式针对CRAN包。

以上针对的是CRAN中的包，如果是 bioconductor包呢？
先装BiocManager，再安装所需R包即可。
install.packages("BiocManager")  #如已安装，后续安装不再需要
BiocManager::install("clusterProfiler")

# 设置镜像源
# Bioconductor设置为清华的镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

# Bioconductor设置为中科大的镜像
# options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
# CRAN设置成清华大学的镜像
options(repos = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
最新版BiocManager整合了install.packages，可统一用BiocManager::install命令安装

添加环境变量：

export PATH=/your/R/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/your/complie_tools/xz/bin:/your/R/lib64/R/lib:$LD_LIBRARY_PATH  #这些都是一些依赖库
添加R库路径到环境变量：
export R_LIBS=/your/R_packages
export R_LIBS=/others/.../R/lib64/R/library #添加环境变量R的lib路径，可以使用别人安装的包
R中用.libPaths()函数查看lib路径，如果有多个lib，install.packages()默认是安装在第一个目录下。如果一开始就没指定R包安装路径并配置环境变量，则默认安装在/your/R/lib64/R/library中。

2.其他操作

.libPaths() #查看包的安装目录
library() #查看已经安装的包目录
library(package) #载入mypackage包
getOption("defaultPackages") #查看启动R时自动载入的包。
help(package = 'mypackage') #查看‘mypackage’的帮助

args(function)：查看函数的参数
example(function)：自动运行该函数帮助文档中的例子，很赞！
demo("package")：展示包中demo
vignette('mypackage')：有的包特别是bioconductor的包有vignette
openVignette('mypackage')：这个函数也可以查看vignette，更好用一些
RSiteSearch("helpinfor")：搜索R网站上的“helpinfor”相关信息
help.start()：查看已经安装包的详细HTML文档，这个命令非常爽。

search()：查看当前载入的包
sessionInfo()：查看R中载入的包
methods()：查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法（S3：S version 3）
showMethods(class = "myClass")：查看S4类的方法
findMethods("myMethods")：查看method的代码
class(myObject)：查看某个对象的类
getClass(“class/package”)：查看某个class或者包的具体内容
getSlots("class")：查看某个class的slot
slotNames(MyObject)：查看某个对象的slot。
可以使用Myobject@slotNames访问对象的slot值，这个@设计实在是太爽了，可以连续用。
ls("package:mypackage")：查看"mypackage"中的所有对象。