序号

方法

适用情况

例子

1

运行函数名称

自定义函数、简单的未封装函数

lm / matrix

2

针对 S3 类型的函数，运行methods("函数名") 查看有哪些具体的函数：对于不带星号的函数，运行具体的函数名，对于带星号*的 不可见 函数运行getAnywhere("具体的函数名")

输入函数名之后显示有 UseMethod("函数名") 一行则说明是 S3 类型

methods("plot") + plot.default / getAnywhere("plot.factor")

3

针对 S4 类型的函数，运行showMethods("函数名") 查看有哪些方法，再使用 getMethod("函数名", signature="方法名")

输入函数名之后显示有 Use showMethods("函数名") 一行则说明是 S4 类型

showMethods("show") + getMethod("show", "mle")

4

针对未导出/内部的函数(unexported functions) ，使用 包名:::函数名，或者getAnywhere("函数名")

使用方法1查看源代码的过程中会碰到调用了某些“不存在的”函数，因为这些函数只在包的内部使用。比如在基础包 stats 里面 ts.union 函数的源代码有 .cbindts 和 .makeNamesTs 这两个以.开头的内部函数

stats:::.cbindts / getAnywhere(".makeNamesTs")

5

针对已编译的代码(compiled code，这里指 R 原生调用 C / Fortran 等其他编程语言的代码或者 R interpreter 内置的基础函数) ，先下载源代码版本的 R 到一个目录 R_HOME，然后在$R_HOME/src/main/names.c 中查找函数，再在$R_HOME/src/main 或者 $R_HOME/src目录下查找相应的源码3

这类函数的特点是：输入函数名后的源码里面调用了.C .Call .Fortran .External 或 .Internal .Primitive 这类函数

命令行输入 sum 看到出现 .Primitive("sum")，这意味着调用了内部的函数(entry point)，查找上述的 names.c 文件可以看到一行 {"sum", do_summary, ... }，可以发现在相同目录下有 summary.c 文件，那么 sum 函数的源代码就在此文件里面；如果看到不易识别的 do_... ，则需要在 $R_HOME/src/ 路径下搜索可能的文件名，一个例子见下面的补充 5

6

针对安装包的源码，可以使用 download() 和 untar() 下载解压源码文件进行查看

查看所加载的第三方包的完整源代码

untar(download.packages(pkgs = "Matrix", destdir = ".", type = "source")[,2]) 下载并解压“matrix”包到当前工作目录，源码在 src 下

补充：

  1. 以上的 func("函数名", ...) 可以写成 func(函数名, ...)
  2. methods() 其实可以把 S3 和 S4 泛型函数(generic function)与类(class)都查找出来，因此是非常实用的函数。但是你如果用它找 S4 类型函数，会发现返回结果是罗列方法名称，要获得 S4 的 signature，则需使用 showMethods()
  3. 有些 S4 类型的 signature 带多个参数，比如plot 函数也有S4 类型，使用showMethods(“plot”)， 发现有 x=“profile.mle”, y=“missing” 方法，因此可以使用c() 将用多个参数描述的方法“打包”查询：getMethod(plot, signature = c(x="profile.mle", y="missing"))
  4. 如果不在命令行查看源代码，想打开新窗口查看/注释修改输出源代码文件，可使用page() / edit() 函数，如 page(getMethod(“show”, “mle”)) 或者 edit(getAnywhere(".makeNamesTs"))
  5. 查看 names.c 文件发现有一类基础的数学/统计函数，比如二项分布 {"pbinom", do_math3， ... } ，调用了 math 文件，本地搜索“math”或者“pbinom”，发现 src/nmath/ 文件和下面的 pbinom.c 源码文件。
  6. 内置包 base, compiler, stats, utils 在 CRAN 上找不到下载地址，因为每个安装好(本地版本)的 R 是编译过的二进制软件，无法查看到“源代码”。