lncRNA能够将miRNA吸附过来,相当于竞争性结合,不让miRNA对mRNA发挥作用,因此形成了lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络,简称ceRNA。
在做生信分析时,我们通过数据库筛选了一些调控自己靶基因mRNA的lncRNA,可以使用很多网站预测lncRNA结合的miRNA。
先前向大家简单介绍过预测lncRNA和miRNA的方法:
如果我们筛选到了几十个甚至几百个lncRNA,如何批量预测lncRNA靶向的miRNA。我向大家推荐一个网站:mircode。今天我们着重介绍一下相关的数据库。
第一个就是miRcode:
首先这个网站的功能很多,我们简单介绍几个,比如我们找到一个基因CCNB1,我们要查调控他的miRNA,可以点击search:
输入自己的基因以后,在网站下面会显示预测的结果:
表格内会显示靶向CCNB1的miRNA名字,染色体位点,区域,保守性等等。
当然也可以输入某个miRNA family,查看此miRNA靶向的mRNA或者lnRNA。
比如:
会显示该miRNA靶向的编码或者非编码RNA。
当然,之前我们也说过,如果我们有一堆基因,这样一个个去查,是挺费劲的,那么我们可以批量预测,我们之前发的一篇博客就是提到了如何批量预测。
那我们就点击下载呗,可以下载高度保守的和中度保守的,不过高度保守的可信度高,后续做基础实验也更容易出结果,但是中度保守也见过有文章做出结果的,所以想要怎么做生信分析,就看分析人个人的想法了。
除了自己做分析以外,还可以用下面的网站进行查阅
数据库查询分类
lncRNABase:http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php
starbase: http://starbase.sysu.edu.cn/