（说明：我用的是tomccat4.1+mysql4.1＋mysql_connector_java_3.1.12）
关于mysql的JDBC 配置，我在网上至少找到3种方法，总结如下：
方法一 ： 使用数据库连接池。 做法是：修改tomcat的配置文件server.xml和web.xml。因为有大段的配置信息要输入，感觉很容易出错。
方法二： 使用JNDI 服务。做法是：直接在tomcat的管理器localhost:8080/admin/下添加新的JNDI实例。我认为这种方法和前一种方法实质是一样的，只是这个简化为直接输入配置的内容。参见：http://www.cnxuexi.com/computer/chengxusheji/Java/4285.html 。（备注：此方法需要一点配置的。不过有大侠在http://www.blogjava.net/konhon/archive/2005/07/29/8757.aspx 中基本没有配置即可，我还需要验证一下。）
方法三： 不修改任何东西，直接在程序中体现。
我认为第三种方法最简单直观，对于初学mysql者很好。推荐。
以下就是方法三的实现，从JDBC驱动安装开始吧：
1、解压缩mysql_connector_java_3.1.12.zip；要用到的是mysql-connector-java-3.1.10-bin-g.jar和debug目录下的mysql-connector-java-3.1.10-bin.jar；
2、在C:/Program Files/Java目录下建立mysqlforjdbc子目录，将mysql-connector-java-3.1.12-bin.jar到该目录下；将mysql-connector-java-3.1.12-bin-g.jar拷贝到%JAVA_HOME%/lib下。
3、配置classpath，追加%JAVA_HOME%/lib/mysql-connector-java-3.1.10-bin-g.jar;C:/Program Files/Java/mysqlforjdbc/mysql-connector-java-3.1.10-bin.jar;到该环境变量中去；
4、在Tomcat4.1/webapps目录下,用记事本编写一个文件保存为first.jsp，如下：
<%@ page contentType="text/html"%>
<%@ page import="java.sql.*"%>
<html>
<body>
<%out.print("test begin");%> <br>
<%Class.forName("org.gjt.mm.mysql.Driver").newInstance();
String url ="jdbc:mysql://localhost/first?user=root&password=123456";//以上的first是我在mysql中建立的数据库名，我使用用户是root，password是123456
Connection conn= DriverManager.getConnection(url);
Statement stmt=conn.createStatement(ResultSet.TYPE_SCROLL_SENSITIVE,ResultSet.CONCUR_UPDATABLE);
String sql="select * from test;";
//上面的test是数据库first中的表；
ResultSet rs=stmt.executeQuery(sql);
while(rs.next()) {%>
the first is: <%=rs.getString(1)%>
the second is: <%=rs.getString(2)%> <br>
<%}%>
<%out.print("congratulations!");%>
<%rs.close();
stmt.close();
conn.close();
%>
</body>
</html>
在浏览器中输入： http://127.0.0.1:8080/first.jsp出现test begin和你的数据库基表内容，就是ok了。
说明：
1、这里的驱动程序使用的是Class.forName("org.gjt.mm.mysql.Driver").newInstance(); 据说这种代码是为了兼容mysql的老版本而用的；还有一种代码，Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver"); 也可以用。效果一样。
2、如果上述程序没有结果，还有一招，是我在用eclipse时用的：可以将mysql-connector-java-3.1.10-bin.jar拷贝到C:/Tomcat 5.0/common/lib 路径下，把 Tomcat 服务Stop/start 就可以了。文件名可以改，不影响使用，因为这是个压缩包，Tomcat 能自动认识到包里的内容，并把有关类注册进来。
