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基于长reads进行结构变异的工具有很多，很多文章也进行过综合比较。今天分享一个新工具VolcanoSV。 Github： https://github.com/ma
Liftoff 是一个可以准确根据同一物种或近缘物种基因组进行基因注释映射的工具（与liftOver进行不同基因组版本的染色体位置转换有
VIPdb简介 VIPdb（Variant Impact Predictor database）是一个专门收集和总结变异影响预测工具（Variant Impact Predictors，简
Resistify是一个用于快速且准确地注释植物中的NLRs（Nucleotide-binding domain Leucine-rich Repeat，核苷酸结合域富含亮氨酸重复序列）并提供准确结构分类的工具。NLRs是植物先天免疫系统的关键组成部分，具有显著的存在/缺失变异和序列多样性。Resi
vcf2gwas 是一个 Python 构建的 API，用于 GEMMA、PLINK 和 bcftools，直接从 VCF 文件执行 GWAS 以及多个分析后操
RNAseqQC通过一个提供一系列数据可视化功能来帮助RNAseq数据质量控制的R包，它允许识别具有不需要的生物或技
推荐一个高效做PCA分析的工具，从VCF文件到直接出图的一键式分析，对于小白非常友好。小明哥刚开发时小编就在用了，那时
拜耳的数字化农业平台有FieldView，先正达有Cropwise。 FieldView其实来源于孟山都收购的Climate，而Cropwise同样来源于先
Sandbox.bio 是一个生物信息学沙盒平台，允许用户在安全隔离的环境中运行生物信息学实验。它提供各种工具和资源，
今年2月，Nature Biotechnology在线发表论文：Quality assessment of gene repertoire annotations with O
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近日，Wing-Kin Sung(宋永健)博士在Nature Methods发文Creating diploid assemblies from Nanopore and Illumina rea
mapmixture简介 群体结构（admixture）绘图，R包pophelper
分享一个智慧农业开源项目：农场数据中继系统（Farm Data Relay System, FDRS）。这是一个利用现代信息技术，如物联网（IoT）、
本综述系统梳理了近20年来开发的水稻生物信息数据库和在线分析工具，并基于内置数据集和功能对它们进行了分类和总结。
今年4月，华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文：A comprehensive benchm
The Breeding API (BrAPI) 项目旨在实现植物育种数据库之间的互操作性。 BrAPI 是一个标准化的 RESTful Web 服务 A
farmOS简介 farmOS 是一个基于 Web 的应用程序，用于服务器场管理、规划和记录保存。它由农民、开发人员、研究人员和组
背景 现代植物育种是一个数据密集型过程，需要整合和评估多种不同的数据集以支持决策制定。传统的植物育种通过有=
本文介绍了一个名为SeqBreed的Python工具，用于评估基因组预测在复杂情况下的表现。该工具可以模拟任何数量的由任意
近期，安徽农业大学信息与人工智能学院在期刊 npj | systems biology and applications 上发表论文：Crop-GPA: an integrated platform of crop gene-phenotype associations。提出了Crop-GPA（ h
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目录1. 原版2. Python版本安装运行原因分析后续分析推荐1. 原版安装比较简单。wget https://reich.hms.harvard.edu/sites/reich.hms.harvard.edu/files/inline-files/XPCLR.tar tar xvf XPCLR.tar直接运行bin下的XPCLR即可，若不能运行，则编译下：cd src make make
[toc] ## 需求描述 vcf是标准的基因型格式文件，其中包含的信息可多可少。主要在于INFO可无限扩展特征，以及每个样
这个问题网上已经有一堆回答了，如： [解决Jupyter-notebook不自动跳转浏览器的详细方
本地上传测序文件到Linux系统，做md5时发现有少数文件失败。 $ cat md5.check 84305
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