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【豆科基因组】大豆(Soybean, Glycine max)泛基因组2020Cell

一、前沿概述 Pan-Genome of Wild and Cultivated Soybeans DOI:10.1016/j.cell.2020.05.023 2020年田志喜老师和梁承志老师强强联

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原创 2022-08-31 17:22:39 566 阅读

【豆科基因组】大豆适应性位点GWAS分析

本文利用99085个高质量SNP 通过STRUCTURE，PCA和neighbour-joining tree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群，这些亚群表现

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转载 2022-08-31 17:22:04 566 阅读

【豆科基因组】普通豆/菜豆/四季豆Common bean (Phaseolus vulgaris L.) 683个自然群体重测序2020NG

一、来源 Resequencing of 683 common bean genotypes identifies yield component trait associations across a north–south cline. January 2020 Nature Genetics

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翻译 2022-08-31 17:17:37 132 阅读

【豆科基因组】大豆(Soybean, Glycine max)经典文章梳理2010-2020

大豆又名菽，在我国已有5000多年的大豆种植历史。大豆起源于中国，由分布于黄淮流域（北纬32-40度）的野生大豆驯化而来。随后广泛传播到世界各地，为人类提供了主要的植物油料和蛋白资源。据统计, 全世界现有60 000份不同类型的大豆种质资源。毫无疑问，大豆的研究价值是所有豆科作物中最高的。这里对大

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原创 2022-08-31 17:17:32 1333 阅读

【豆科基因组】鹰嘴豆Chickpea (Cicer arietinum L.)429个自然群体重测序2019NG

一、来源 Resequencing of 429 chickpea accessions from 45 countries provides insights into genome diversity, domestication and agronomic traits. Nat Genet.

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翻译 2022-08-31 17:16:02 237 阅读

【豆科基因组】小豆（红豆）adzuki bean, Vigna angularis基因组2015

一、来源 2015年发表的两篇红小豆文章。研究一：Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis Kang, Y., Satyawan, D., Shim, S. et al. Draft genome sequence of adzuk

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原创 2022-08-31 17:15:35 668 阅读

【豆科基因组】普通豆/菜豆/四季豆Common bean (Phaseolus vulgaris L.) 基因组

菜豆属（Phaseolus L.）为同源二倍体作物，包含有80 多个物种，多数为野生种，仅有5 个栽培种，分别为普通菜豆（P. vulgaris L.）、多花菜豆（P. cocineus L.）、利马豆（P. lunatus L.）、丛林菜豆（P. dumosus L.）和宽叶菜豆（P. acuti

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原创 2022-08-31 17:15:08 386 阅读

【豆科基因组】利马豆/洋扁豆Lima bean(Phaseolus lunatus L.)基因组2021NC

一、来源 Comprehensive genomic resources related to domestication and crop improvement traits in Lima bean. Nature Communications volume 12, Article numbe

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翻译 2022-08-31 17:15:03 278 阅读

【豆科基因组】木豆Pigeonpea (Cajanus cajan) 292个自然群体重测序2017NG

一、来源 Whole-genome resequencing of 292 pigeonpea accessions identifies genomic regions associated with domestication and agronomic traits. Nat Genet. 2

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翻译 2022-08-31 17:14:47 73 阅读

【豆科基因组】绿豆Mungbean, Vigna radiata苏绿基因组预印

一、来源 High-quality genome assembly, annotation and evolutionary analysis of the mungbean (Vigna radiata) genome. November 2020. DOI:10.22541/au.1605871

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翻译 2022-08-31 17:13:20 505 阅读

【豆科基因组】豇豆Cowpea，Vigna unguiculata [L.] Walp.基因组2019PJ

目录来源结果基因组大小估计采用stitching方法组装修改豇豆染色体编号基因注释和重复DNA豇豆遗传多样性SNP和INDELVu03 上 4.2-Mb 染色体倒位的鉴定与其他暖季豆科植物共线性分析重复元素和基因组扩张豇豆基因家族变化多器官增大候选基因的鉴定来源The genome of c

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翻译 2022-08-31 17:12:40 815 阅读

【豆科基因组】绿豆Mungbean, Vigna radiata基因组2014NC

目录来源一、简介二、结果基因组组装重复序列和转座子基因组特征和基因注释绿豆的驯化豆科基因组复制历史基于转录组分析的豇豆属形成绿豆育种基因组资源三、讨论四、方法材料组装SNP/INDEL 分析和全基因组比对遗传图谱构建转座子（TE）检测和重复序列屏蔽基因预测和注

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【动植物研究动态】20220722文献解读

Science | 农科院作科所周文彬：水稻中转录因子OsDREB1C同时提高光合作用效率和氮素利用效率 A transcriptional regulator that boosts grain yields and shortens the growth duration of rice 该研究

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原创 2022-08-31 17:09:52 340 阅读

【动植物研究动态】2022年1-3月MP发表的油菜变异数据库、大白菜突变体数据库、GWAS新方法和GS4.0

MP作为国内植物领域神刊，发展非常之快。开年之际，国人就已发表好几项卓越成果。这里摘取几项跟分子育种相关的研究，涉及工具、方法和数据库等资源。 Mol Plant | 华中农大杨庆勇团队发布油菜群体变异数据库，架起基因型与表型的桥梁、助力油菜分子育种 BnVIR: bridging the geno

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【动植物研究动态】20220529文献解读

Cell | 黄学辉/黄三文/韩斌/李家洋受邀发表作物驯化育种的遗传学研究综述 The integrated genomics of crop domestication and breeding 该论文系统梳理了近十年作物遗传学领域的重要研究进展，包括对作物遗传信息的读取（作物参考基因组和群体基因

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原创 2022-08-31 17:08:57 156 阅读

【动植物研究动态】20220501文献解读

NG | 农科院油料所伍晓明&诺禾：揭示现代油菜遗传改良的基因组学基础 Genomic selection and genetic architecture of agronomic traits during modern rapeseed breeding 基于418份现代油菜种质高深度重测序数

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原创 2022-08-31 17:08:45 206 阅读

【动植物研究动态】20220522文献解读

Nature | 瑞典隆德食品科学组织：燕麦基因组为健康谷物提供新见解 The mosaic oat genome gives insights into a uniquely healthy cereal crop 栽培燕麦 (Avena sativa L.) 是一种异源六倍体 (AACCDD,

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【动植物研究动态】20220515文献解读

Nature Genetics | 福建农林大学等：揭示植物基因枪介导的转基因过程及番木瓜的驯化历史 SunUp and Sunset genomes revealed impact of particle bombardment mediated transformation and domest

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原创 2022-08-31 17:07:37 53 阅读

【动植物研究动态】20220508文献解读

Plant Com | 浙大张国平&湖南农大吴德志：解析盐生植物海大麦基因组及其耐盐机制 The genome and gene editing system of sea barleygrass provide a novel platform for cereal domestication a

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原创 2022-08-31 17:07:25 80 阅读

【动植物研究动态】20220417文献解读

Genome Research | 上海交大&农科院作科所徐建龙：基于三代测序数据的水稻泛基因组构建及分析 Long-read sequencing of 111 rice genomes reveals significantly larger pan-genomes 该研究通过引入一系列新方法处

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【动植物研究动态】20220424文献解读

The Crop Journal | 农科院深圳基因组所钱前&商连光&胡冠菁：利用GWAS和转录组解析水稻高温胁迫响应基因及其表达模式 Identifying candidate genes and patterns of heat-stress response in rice using a g

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原创 2022-08-31 17:06:58 297 阅读

【动植物研究动态】20220410文献解读

Hortic Res | 意大利巴里大学：基于不同种植地豌豆的基因型数据揭示豌豆遗传进化史 Merging genotyping-by-sequencing data from two ex situ collections provides insights on the pea evolutio

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【动植物研究动态】20220327文献解读

Science |中农华农：杨小红&严建兵&李建生：系统解析了玉米和水稻趋同选择的遗传基础 Convergent selection of a WD40 protein that enhances grain yield in maize and rice 应该是今年的爆款文章了。揭示了穗粒数基因

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【动植物研究动态】20220313文献摘选

Hortic Res | 中国医科院药植所卢善发：药用植物北马兜铃染色体水平的基因组图谱 Chromosome-level genome assembly of Aristolochia contorta provides insights into the biosynthesis of benz

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【动植物研究动态】20220320文献解读

Nature Genetics | 抗条锈病小麦品种Kariega基因组组装与抗病基因Yr27挖掘 Long-read genome sequencing of bread wheat facilitates disease resistance gene cloning 沙特阿拉伯阿卜杜拉科技大学

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【动植物研究动态】20220403文献解读

PBJ | 西北农林：苹果优良砧木富平楸子高质量基因组，揭示楸子遗传起源及嫁接介导的抗性机理 A Chromosome-Scale Reference Genome Provides Insights into the Genetic Origin and Grafting-Mediated Str

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【动植物研究动态】2022年1-3月收藏的文献

【动植物研究动态】2022年1-3月收藏的文献微信收藏夹中的文献解读，只整理出今年2022年已收藏的部分文献，之前的太多，不列了。后续计划每周更一次，自己会看得更认真点，解读更详细些。 Nature Genetics | 基因组重建为马铃薯育种改良开辟新途径 Chromosome-scale an

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原创 2022-08-31 17:04:32 316 阅读

【动植物研究动态】20220605文献解读

PBJ | 中科院遗传发育所田志喜：克隆调控大豆籽粒大小和品质的重要基因 Natural allelic variation of GmST05 controlli

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原创 2022-08-31 17:02:51 171 阅读

【动植物研究动态】20220626文献解读

最近很久没有更新，实在是生活中事情太多，节奏完全被打乱了。 PBJ | 中国农业科学院棉花研究所揭示表达新等位基

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原创 2022-08-31 17:02:33 177 阅读

玉米转录组的KEGG和GO富集分析

1.GO富集使用orgDb 通过使用Bioconductor的AnnotationHub在线检索并抓取OrgDb。非模式基因GO富集分析：以

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原创 2022-08-31 17:00:39 1142 阅读

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