dechinphy的博客_分子动力学

使用SpongeExt快捷完成CudaSPONGE结合PySAGES的增强采样

基于CudaSPONGE高性能分子动力学模拟采样工具，和PySAGES高性能增强采样软件

python

封装

ide

原创 7月前 69 阅读

CudaSPONGE与PySAGES初步性能测试

接前一篇关于PySAGES结合CudaSPONGE使用方法的文章，本文主要还是使用了一样的测试案例。仅通过不同的测试步长，来定

性能测试

数据

CUDA

原创精选 7月前 200 阅读

PySAGES结合CUDA SPONGE增强采样

本文探索并梳理了一下CUDA SPONGE高性能分子模拟采样软件，和PySAGES高性能增强采样软件，这两者强强联合的MD模

CUDA

Python

ide

原创精选 8月前 253 阅读

PySAGES实记

本文主要介绍了增强采样外接软件PySAGES的基本安装和使用方法，重点是安装过程中没有写清楚的一些环境依赖和可能出现的问题介绍，以及相应的解决方案。并简单的梳理了一下PySAGES软件的工作流机制，其能够做到Zero Copy，并使得Enhanced Sampling不再成为很多模拟的Bottleneck，这是一个相当出色的结果。技术背景PySAGES是一

python

git

github

原创 9月前 147 阅读

CudaSPONGE之Python接口

本文介绍了高性能GPU分子动力学模拟软件CudaSPONGE的Python API接口，通过官方开发的prips插件，使得我们可以在Python框架下很方便的开

python

Python

动态链接库

原创 9月前 54 阅读

OpenMM的安装与使用

python

linux

bc

原创 10月前 57 阅读

PME算法简单Python实现

基于前面几篇博客关于PME算法的理论推导，本文给出了一个简单版本的Python代码实现，并且对比了PME算法

bc

迭代

插值

原创 10月前 52 阅读

MindSponge分子动力学模拟——增强采样（2024.11）

本文介绍了在MindSponge中进行分子动力学模拟以及增强采样的实现方法。通过使用MetaDynamics增强采样算法，我们可

h5

ci

hg

原创 10月前 63 阅读

MindSponge分子动力学模拟——增强采样（2024.11）

本文介绍了在MindSponge中进行分子动力学模拟以及增强采样的实现方法。通过使用MetaDynamics增强采样算法，我们可

h5

ci

hg

原创 10月前 51 阅读

格点拉格朗日插值与PME算法

本文介绍了使用基于格点拉格朗日插值法的Particle Mesh Ewald算法，降低分子力场中的静电势能项计算复杂度的基本原理。静电

插值

插值法

计算复杂度

原创 2024-10-21 11:29:11 85 阅读

Ewald求和在分子静电势能计算中的应用

作者ID：DechinPhy

傅里叶变换

边界条件

正态分布

原创 2024-10-15 15:51:21 93 阅读

使用CyFES对配体运动轨迹进行数据透视

分子动力学模拟是一个以时间换空间的方法，那么在时间尺度上留下轨迹之后，如何把轨迹做一个静态的展现，正

python

数据

bc

原创精选 2024-08-27 11:00:05 283 阅读

Windows版本免费PyMol的安装

接上一篇介绍Linux下安装和使用免费版本的PyMol之后，这里再介绍一下Windows系统下的安装方法。同时在本

免费版

Windows

安装方法

原创 2024-07-29 12:16:31 403 阅读

MindSponge分子动力学模拟——多路径分子模拟（2024.05）

随着硬件算力的发展，以及AI技术的日益增进，我们不仅可以借助深度学习框架来加速分子动力学模拟，以及降低分

深度学习

H2

迭代器

原创 2024-06-04 12:19:55 57 阅读

MindSponge分子动力学模拟——体系控制（2024.05）

本文是一个比较泛的分子体系控制器实现方案，因为MindSponge分子动力学模拟框架基于Python编程语言和MindSpore框架开发，因此在高度定制化的控制器实现上有先天的优势。我们可以在MindSponge中基于力对体系进行控制、基于坐标对体系进行控制，还能基于反应坐标对体系进行控制。技术背景在传统的分子动力学模拟软件中，对于分子体系的控制，例如控制

bc

ci

建模

原创精选 2024-05-26 20:48:35 183 阅读

统计力学中的概率论基础（一）

本文的主要内容是一些统计力学中的基础的概率论知识，如密度函数、分布函数和贝叶斯定理的一些基本概念，主要作为一个简单的知识内容记录

母函数

条件概率

方差

原创 2024-05-21 13:44:08 81 阅读

统计力学中的概率论基础（二）

可以理解的是，概率密度函数，一般情况下都是连续的。但是对于采样或者随机试验来说，其实都是离散采样。大数定

方差

概率密度函数

正态分布

原创 2024-05-21 13:43:57 60 阅读

MindSponge分子动力学模拟——自定义控制器（2024.05）

本文介绍了在MindSponge分子动力学模拟框架先实现自定义Controller控制器的方法，通过调控体系中的原子坐标和原子速度

ci

深度学习

自定义

原创 2024-05-21 13:43:08 18 阅读

Plumed分子模拟后分析

Plumed是一个强大的分子模拟数据处理工具，可以在模拟的过程中逐步分析，也可以保存模拟的轨迹做后分析

核密度估计

ide

ci

原创 2024-05-11 11:22:09 301 阅读

基于QUBO模型的多体分子对接

本文主要分享了文献Multibody molecular docking on a quantum annealer中的主要建模思路和初步的测试结果，可以实现QUBO模型求解多体分

建模

约束条件

损失函数

原创 2024-04-15 10:15:49 83 阅读

MindSponge分子动力学模拟——自建力场（2024.03）

基于力场的分子动力学模拟，其实可以看做是一个最简单的机器学习模型，具有计算成本低的特点，在药物研发、生物化学和计算物

自定义

H2

迭代

原创 2024-03-26 13:36:23 57 阅读

MindSponge分子动力学模拟——使用MDAnalysis工具进行后分析（2024.02）

这篇文章我们主要介绍了MindSponge分子动力学模拟软件如何跟后分析工具MDAnalysis相配合的方法，其主要操作流程就是调用

python

h5

ci

原创精选 2024-03-05 10:59:33 280 阅读

MindSponge分子动力学模拟——定义Collective Variables（2024.02）

随着分子动力学模拟技术的应用推广、AI软件的发展和硬件算力水平的提升，我们可以更快的在分子层面去观察和研究分子体系内的相互作用。但是分子模拟

h5

回调函数

迭代

原创精选 2024-02-28 11:40:45 168 阅读

关于分子力场中键能项和角能项的思考

本文介绍了在分子力场中经常有可能被使用到的键长和键角项的谐振势模型，并且分别从自动微分的Python代码实现以及解析形式的矢量化编程形式给出了初步的实现方案。虽然力场形式较为简单，但是在实际的计算中，我们统计出来，至少需要21P+28S的计算量，其中P指键的数量，S指键角的数量。这里提到的矢量化计算的实现方案，虽然从计算的角度来说有大量的冗余，但由于一般情况下，一个

向量化

初始化

for循环

原创精选 2024-02-04 10:29:42 314 阅读

Numpy计算近邻表时间对比

本文介绍了在Python的numpy框架下计算近邻表的两种不同算法的原理以及复杂度，另有分别对应的两种代码实现。在实际使用中

复杂度

Python

代码实现

原创 2024-01-18 15:01:47 98 阅读

双二面角耦合力场项的计算

插值

样条

数据

原创精选 2023-12-12 14:12:22 211 阅读

使用Amber计算单点能三步走

本文主要介绍了如何使用Amber来计算一个给定分子构象的pdb文件的单点势能值。基本流程可以分为三个步骤：首先从力

参数文件

加载

文本文件

原创 2023-12-04 10:16:57 91 阅读

MindSponge分子动力学模拟——安装与使用（2023.08）

本文主要介绍MindSponge框架的免安装使用和编译构建使用这两种使用方法，MindSponge是一款可以在MindSpore上进行分子动力学模拟的，模块化、高通量、端到端可微的下一代智能分子模拟程序库。通过MindSponge，我们可以在GPU上更加便捷的开发分子动力学模拟算法和应用，并且原生的支持神经网络力场和增强采样，使得我们可以用一个框架就完成绝大部分的分

git

python

免安装

原创 2023-11-01 10:09:48 159 阅读

MindSponge分子动力学模拟——使用迭代器进行系统演化（2023.09）

在经过前面几篇博客的介绍之后，我们可以定义一些目标的分子体系，并且计算其单点能。而分子模拟的精髓就在于快速的迭代和演化，也就是本文所要介绍的迭代器相关的内容。在具备了分子系统、单点能和迭代器这三者之后，就可以正式开始进行分子动力学模拟。常见的模拟过程有：能量极小化、NVT恒温恒容过程、NPT恒温恒压过程以及NVE微正则系综，本文所涉及的主要是能量极小化以及NVT恒温

h5

ci

迭代器

原创精选 2023-10-24 14:03:05 297 阅读

MindSponge分子动力学模拟——Constraint约束（2023.09）

ci

约束条件

h5

原创精选 2023-10-24 14:02:46 322 阅读

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MindSponge分子动力学模拟——多路径分子模拟（2024.05）

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统计力学中的概率论基础（一）

统计力学中的概率论基础（二）

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Plumed分子模拟后分析

基于QUBO模型的多体分子对接

MindSponge分子动力学模拟——自建力场（2024.03）

MindSponge分子动力学模拟——使用MDAnalysis工具进行后分析（2024.02）

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关于分子力场中键能项和角能项的思考

Numpy计算近邻表时间对比

双二面角耦合力场项的计算

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MindSponge分子动力学模拟——安装与使用（2023.08）

MindSponge分子动力学模拟——使用迭代器进行系统演化（2023.09）

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