在Linux系统中，使用Java开发的应用程序通常会打包成.jar文件来进行发布和部署。在开发过程中，我们可能会依赖一些第三方的库文件，这些库文件通常以.so文件的形式存在。有时候，一个应用程序可能会依赖多个.so文件，这就需要我们在打包时做一些额外的处理。

在Linux系统中，.jar文件并不会自动加载依赖的.so文件，所以我们需要手动进行配置。一个比较简单的方法是在启动应用程序的时候通过"-Djava.library.path"参数指定.so文件的目录，让Java虚拟机能够找到这些文件。另外，我们也可以在编写启动脚本时设置LD_LIBRARY_PATH环境变量来达到同样的效果。

当一个应用程序依赖多个.so文件时，我们需要将这些文件都放在同一个目录下，并在启动脚本中设置好LD_LIBRARY_PATH环境变量。如果这些.so文件有依赖关系，我们也需要按照依赖关系的顺序加载，否则可能会出现加载失败的情况。

除了设置环境变量之外，我们还可以通过使用Java的System类的loadLibrary方法来手动加载.so文件。这样可以在代码中动态地加载需要的库文件，不过需要注意的是要根据不同操作系统的加载方式来编写对应的代码。

总的来说，处理多个.so文件的依赖并不算困难，只需要在打包和部署应用程序时留意相关的细节即可。通过正确的配置和加载方式，我们可以确保应用程序能够顺利地运行，并充分发挥出其功能和性能。