大家好,我是小马老师。
本文讲解lammps data文件处理技巧。
在MS建模后,需要使用msi2lmp把car类型的文件转为lammps data文件,具体的方法已经介绍过多次:
但是,有时候模型在ms中显示没有问题,但是转换为data文件后结构会发生变化。
如下图模型是在ms中建立的纳米流体的一个模型:
转为data文件后,结果为:
本来三层的结构,现在变成了4层。
主要原因是在转换过程中,整体结构沿z方向发生了偏移,在周期性边界条件下,产生了看似混乱的结构,实际上,原子之间的相对关系并没有出错。
解决的办法也比较简单,在转换代码中加“-shift”命令。
“-shift“命令后分别设置x、y、z三个方向的偏移量即可。
如本例可使用:
msi2lmp layer -class I -frc cvff -shit 0 0 -20 >data.layer
或者简写为“-s":
msi2lmp layer -class I -frc cvff -s 0 0 -20 >data.layer
经过位置调整后,得到的新模型为:
此时,新的结构和ms结构就能保持一致了。
至于偏移量应该设多大,需要根据具体模型定,不断尝试就能得到比较合理的数值。
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