大家好,我是小马老师。
本文介绍如何使用lammps计算径向分布函数g(r)。
径向分布函数(Radial distribution function)是指给定某个粒子的坐标,其他粒子在空间的分布几率。
在lammps中对应的命令为:compute rdf。
语法格式为:
compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ... keyword/value ...
其中,Nbin为分片数量,一般选择数值为100-500之间。
itype1表示中心原子,jtype1为分布原子。
itype1和jtype1应该成对设置,表示计算第i种原子周围出现第j种原子的概率。
如果不设置itype1、jtype1表示全部原子周围出现其它原子的概率。
计算结果可配合fix ave/time命令输出。
例如:
compute myRDF all rdf 100
fix 1 all ave/time 100 1 100 c_myRDF[*] file tmp.rdf mode vector
以c_myRDF[1]为横坐标,c_myRDF[2]为纵坐标,即可绘制g(r)曲线。
下面给出一个具体案例:
units real
atom_style atomic
# 读取data文件
read_data Kr.data
# 力场设置
pair_style lj/cut 10.0
pair_coeff 1 1 0.34319013128 3.591
neighbor 1.0 bin
neigh_modify every 1 check yes
#输出设置
thermo 1000
thermo_style custom step temp pe ke etotal
dump 2 all custom 5000 md.lammpstrj id type x y z
#计算rdf
timestep 1.0
compute myRDF all rdf 500 1 1
fix 1 all nve
fix 2 all ave/time 1 100000 100000 c_myPDF[*] file rdf.dat mode vector
run 100000
unfix 2
unfix 1
模拟得到的g(r)曲线为:
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