lammps教程：晶向分布函数g(r)的计算与输出方法

大家好，我是小马老师。

本文介绍如何使用lammps计算径向分布函数g(r)。

径向分布函数（Radial distribution function）是指给定某个粒子的坐标，其他粒子在空间的分布几率。

在lammps中对应的命令为：compute rdf。

语法格式为：

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compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ... keyword/value ...

其中，Nbin为分片数量，一般选择数值为100-500之间。

itype1表示中心原子，jtype1为分布原子。

itype1和jtype1应该成对设置，表示计算第i种原子周围出现第j种原子的概率。

如果不设置itype1、jtype1表示全部原子周围出现其它原子的概率。

计算结果可配合fix ave/time命令输出。

例如：

compute myRDF all rdf 100
fix 1 all ave/time 100 1 100 c_myRDF[*] file tmp.rdf mode vector

以c_myRDF[1]为横坐标，c_myRDF[2]为纵坐标，即可绘制g(r)曲线。

下面给出一个具体案例：

units    real
atom_style  atomic
# 读取data文件
read_data  Kr.data
# 力场设置
pair_style      lj/cut 10.0
pair_coeff      1 1 0.34319013128 3.591
neighbor        1.0 bin
neigh_modify    every 1 check yes
#输出设置
thermo          1000
thermo_style    custom step temp pe ke etotal
dump            2 all custom 5000 md.lammpstrj id type x y z
#计算rdf
timestep        1.0
compute         myRDF all rdf 500 1 1
fix            1 all nve
fix             2 all ave/time 1 100000 100000 c_myPDF[*] file rdf.dat mode vector
run            100000
unfix        2
unfix        1

模拟得到的g(r)曲线为：

 

 

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