python lags是什么意思 python lammps

以下均在wsl 1-Ubuntu 20.04中操作

一、建模部分

Ⅰ. 软件安装及准备

a. 所用软件：

moltemplatepackmol

安装软件：

moltemplate：
a. 安装pip

python2 –version    # 查看python版本
sudo apt install python-pip		# 安装pip

• 第一种方法：通过python2.6及以下版本可直接安装pip
• 第二种方法：先通过高版本安装pip
  出现ImportError: No module named pkg_resources， 执行一下命令

sudo apt-get install python-pkg-resources python-setuptools --reinstall

b. 安装moltemplate

pip install moltemplate

软件下载地址（官网）

软件学习教程：

- 官网手册

- 官网例子

packmol：

apt install gfortran
make

安装及使用教程：http://sobereva.com/473
https://blog.chembiosim.com/Packmol-basic-01/

Ⅱ. 软件使用记录

模拟

建模方式有很多种，比如：packmol软件主要功能如同MS中的AC模块（强调可编译性比AC高很多），
那么可以先用packmol将分子填充进盒子，再利用moltemplate向文件中添加力场信息转换为data文件；
也可以直接利用moltemplate利用阵列信息直接进行填充。

这里只是很简单的填充功能，需要其他的复杂建模还需要进一步学习。

1. 第一种建模方式

利用packmol生成珠子随机坐标文件，再利用moltemplate，将键、角、力场信息映入data文件。
准备文件 water.xyz和nafion.xyz （根据文件仿写），mix_nafion+water.inp （根据教程文件更改）。

packmol < mix_nafion+water.inp

此时的xyz中不包含键角信息，生成的system.xyz文件也无键角信息。

通过moltemplate将键长、键角和力场信息导入上面生成的system.xyz文件中并转换为data文件。
准备文件 system.xyz 、system.lt、nafion.lt和water.lt。

这个重点关注，由于这个错误，模型依然可以构建，但是在lammps运行过程中会出现各种错误：

---

此时有一定的写入规则，比如system.lt和mix_nafion+water.inp文件中元素种类的顺序数量保持一致。

---

moltemplate.sh  -xyz system.xyz system.lt

2. 第二种建模方式

利用moltemplate软件阵列方法，将珠子填充进盒子中，同时引入其他信息。
位于手册的P20。

对比packmol方法。第一种方法可使珠子随机分布，第二种则形成整齐排布。

由于nafion.lt文件中包含键长和键角信息，写的时候需要特别小心。可以先尝试往盒子里面填充一条nafion链进行检查。

此时需要三个文件，water.lt、nafion.lt和system.lt。

moltemplate.sh system.lt

win版lammps使用教程

由于Linux版本的lammps各种包比较繁琐，若使用win版linux。
CMD的代替神器 Cmder 安装教程

mpiexec -np 4 lmp_mpi -in in.file