annaconda 更新base环境下的python anaconda如何更新python_linux安装python


想想这个专栏已经建了一年了,但是一直都没有更新。一部分原因是自己比较忙,然后很多东西都没有去总结。

但是(敲黑板!!!),从这周开始下决心启动更新模式!!!今天是第一篇。

现在用于数据分析的编程语言主要有R、perl(老一代的生信人常用)、python、Matlab等。本人主要是使用python(毕竟人生苦短,我用pyhon),画图主要用R的ggplot2。

Windows 下Anaconda的安装:

Anaconda是一个用于python的一些包和第三方库的系统环境管理软件,所以要用python还是得装这个。

首先进去Anaconda下载地址,选择Windows与自己系统匹配的版本。因为Anaconda是自带python版本是,现在是提供python3的3.7版本和python2的2.7版本。如果不算特殊需要,建议大家还是安装python3.7,以后后面python2是会停止更新的。


annaconda 更新base环境下的python anaconda如何更新python_python_02

下载界面


双击下载的安装文件开始安装,选择自己需要的安装目录。


annaconda 更新base环境下的python anaconda如何更新python_环境变量_03

开始安装

然后将Anaconda的python作为默认的python并添加到环境变量。记得都要勾上,不然需要手动添加到环境变量。


annaconda 更新base环境下的python anaconda如何更新python_linux安装python_04


安装完成后可在命令行模式下输入conda然后回车查看是否安装成功。


annaconda 更新base环境下的python anaconda如何更新python_环境变量_05

出现这个界面表示安装成功且已添加到环境变量

然后在看下python能否成功运行


annaconda 更新base环境下的python anaconda如何更新python_环境变量_06

显示python也可以成功运行。

所以到这里你的windows系统就已成功安装Anaconda和python。

Linux版本下的安装:

也是同样在Anaconda官网下载linux对应的版本,然后执行安装。

不过linux下无法自动添加到环境变量,需要手动添加。


vim ~/.bashrc 然后按i(键盘上的i字母键,vim编辑器的写入模式)
加上这个export PATH="/mnt/data/home/anaconda3/bin:$PATH",这里是我的anaconda的bin文件的目录,
大家需要修改成自己的bin文件全路径。
然后退出保存(按下Esc,输入:,再输入qw,回车保存并退出。)
然后source ~/.bashrc 使用source修改环境变量并立刻生效。


然后再按照window下的相同操作测试是否按照成功conda和python。


添加bioconda的清华镜像,很多分析的第三方库都可以在bioconda找到。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
按照自己需要的库
conda install 库的名字
按照完成后就可以在python里面直接import。


其实我自己大部分分析工作都是在linux下完成的(所在的lab有自己的服务器),但是有些同学想在windows下学习python也是可以的,只不过很多时候在linux下操作更顺畅而已。

因为我本身也不是计算机出身的,只是科研的需要所以得学这个。所以和大家分享交流一下~~~