方法一：修改工作空间
在刚启动Myeclipse的时候会有一个选择工作空间的地方。换一个新的工作空间即可，若是原来将默认工作空间勾中了，没有出来，就去你的MyEclipse安装路径中（如：D:\myeclipse\eclipse\configuration.settings），里面有个org.eclipse.ui.ide.prefs文件，将里面的SHOW_WORKSPACE_SELECTION_DIALOG修改为true即可。
这样做有个坏处，就是需要你重新import你的工程，需要重新编译，需要你养成经常备份的习惯。
方法二：删除错误编译信息
这个方法最近才发现，当你由于在编译工程期间将进程kill掉以后，就会有编译加载“内容”出错，导致在启动的时候无法解析这个“内容”，所以要将该内容清除。如，当你的工程名为“TestProject”，在安装文件夹中（D:\myeclipse\workspace.metadata.plugins\org.eclipse.core.resources.projects\TestProject），有两个文件.markers和.markers.snap，将这两个文件删除。重启Myeclipse，OK了。
以上内容转载来自 http://www.blogjava.net/bangzhu/archive/2012/07/26/384108.html
试了第二种方法，但只看到.markers文件
