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对于chip_seq的数据,我们可以通过UCSC, igvtools等基因组浏览器来展示和查看相应的数据,而对于三维基因组学的结果信息,这些二维基因组浏览器就不能够有效的进行展示了。随着三维基因组学的发展,相关的可视化软件也越来越多, 3D Genome Browser就是其中一个,是一个用于展示三维基因组学数据的在线网站,网址如下

​http://promoter.bx.psu.edu/hi-c/index.html​

对应文章的链接如下

​https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-018-1519-9​

可以展示以下多种信息

  1. Hi-C
  2. ChIA-PET
  3. Capture Hi-C

对于Hi-C数据,可以查看已发表的公共数据集的结果,也可以展示自己的数据分析结果,通过如下所示的步骤,选择展示的数据和对应的染色质区域

3D Genome Browser:Hi-C数据可视化工具_二维

结果示意如下

3D Genome Browser:Hi-C数据可视化工具_数据集_02

除了展示单一的Hi-C数据,还支持导入UCSC或者Epigenome 基因组浏览器中的chip_seq, RNA_seq等二维结果。在下图所示的红框出输入数据的URL链接

3D Genome Browser:Hi-C数据可视化工具_二维_03

然后点击​​update​​即可,支持同时展示多个二维数据集,结果示意如下

3D Genome Browser:Hi-C数据可视化工具_数据_04

该网站也提供了Promoter Capture Hi-C数据的展示,但是只支持公共数据集,通过下图所示的步骤选择对应的数据集

3D Genome Browser:Hi-C数据可视化工具_二维_05

展示结果示意如下

3D Genome Browser:Hi-C数据可视化工具_数据集_06

以上这些都是该网站最基本的功能,更多功能和用法详见文章和官网的帮助文档。

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3D Genome Browser:Hi-C数据可视化工具_数据_07