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peak calling的核心是比较input和抗体处理样本基因组区域测序深度分布的差异，所以样本的测序深度分布可以作为质控的一个标准，本文介绍如何通过deeptools来绘制样本测序深度分布图。

通过​​plotCoverage​​命令，可以绘制样本测序深度的分布，由于测序量较大，为看节省运行时间，默认随机抽取10M的reads，来计算测序深度的分布，基本用法如下

plotCoverage \
-b H3K4Me1.bam H3K4Me3.bam H3K27Me3.bam H3K9Me3.bam
--plotFile example_coverage \
-n 1000000 \
--plotTitle "example_coverage" \
--outRawCounts coverage.tab \
--ignoreDuplicates \
--minMappingQuality 10

输出结果示意如下

chip_seq质量评估之coverage分析_运行时间

左侧是测序深度频率分布图，右侧是大于该测序深度的频率分布图， 以​​H3K4Me1​​这个样本为例，左侧图中横坐标为2的位置，对应纵坐标约为0.05，说明测序深度为2的区域包含了5%的reads，右侧图中横坐标为2的位置，对应的纵坐标约为0.15， 说明在基因组上有15%的区域测序深度都大于等于2。

这种频率分布图单个样本实际上意义不大，主要是通过多个样本的比较，查看是否有某个样本和其他样本差距很大，从而判断离群值样本。

·end·

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chip_seq质量评估之coverage分析_运行时间_02