plantcircbase:植物环状RNA数据库

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plantcircBase是一个植物环状RNA的数据库，网址如下

​​http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/index.php​​

该数据库包含了以下13个物种的环状RNA信息

1. Arabidopsis thaliana
2. Gossypium arboretum
3. Gossypium hirsutum
4. Glycine max
5. Gossypium raimondii
6. Hordeum vulgare
7. Oryza sativa
8. Poncirus trifoliata
9. Solanum lycopersicum
10. Solanum tuberosum
11. Triticum aestivum
12. Tea tree
13. Zea mays
    

收录了来自这13个物种共98317个环状RNA，利用物种对应的RNA_seq数据，采用了多款生物信息学软件进行预测，以拟南芥为例，每款软件预测的环状RNA数量如下

通过导航栏的​​Browse​​菜单，可以浏览不同物种环状RNA的记录，示意如下

拟南芥共收录了4916个环状RNA,结果示意如下

点击环状RNA的name,可以查看详细信息，示意如下

通过导航栏的​​Visualize​​菜单，可以通过可视化的方式查看环状RNA的结构，示意如下

除了染色体位置，来源基因，序列等基本信息外，该数据库还提供了circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络信息，通过菜单栏的​​Network​​菜单，可以查看特定环状RNA的调控网络，结果示意如下

更多的功能请移步官网详细探究。

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