PlncRNADB:植物lncRNA数据库

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lncRNA在生命活动中发挥重要作用，不仅在哺乳动物中广泛存在，在植物中也是存在的，目前植物中的lncRNA研究相对动物而言较少，只有水稻，杨树，苜蓿，棉花等几个物种有相关报导。

PlncRNADB是一个专注于分析植物中lncRNA的数据库，网址如下

​​http://bis.zju.edu.cn/PlncRNADB/index.php​​

整个数据库构建的流程分为三步，示意如下

1. 从GEO数据库中采集物种对应的RNA_seq测序reads, 通过tophat+cufflinks的策略组装得到转录本序列；
2. 首先去除长度小于200nt的转录本，然后过滤掉ORF长度大于120AA的转录本，最后通过​​CPAT​​软件预测转录本的蛋白编码潜能，从而识别lncRNA转录本；
3. 识别到lncRNA之后，通过​​catRAPID​​在线服务预测lncRNA和蛋白之间的相互作用；
   

该数据库共包含了以下4个物种的lncRNA信息

1. Arabidopsis lyrata
2. Arabidopsis thaliana
3. Populus trichocarpa
4. Zea mays
   

以拟南芥为例，通过​​Noncoding RNAs​​可以查看具体的lncRNA信息，示意如下

点击​​Entry​​可以查看详细信息，包含了染色体定位，序列， 表达谱等数据，示意如下

通过导航栏的​​lncRNA​​菜单，可以预测lncRNA，上传fasta格式的序列，然后选择对应的阈值即可，示意如下

通过导航栏的​​Network​​菜单，可以查看lncRNA和蛋白质之间的相互作用，示意如下

点击​​Entry​​可以查看可视化结果，示意如下

通过导航栏的​​SNP​​菜单，可以查看位于lncRNA上的SNP位点，示意如下

这个数据库提供了一种研究植物中lncRNA的思路，其预测lncRNA序列和lncRNA-protein相互作用的方法值得借鉴。

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