# Python碱基对匹配入门指南
在生物信息学中，碱基对匹配是DNA序列分析中的一项基本任务。碱基对由四种基本的碱基组成：腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）和鸟嘌呤（G）。在本指南中，我们将通过 Python 来实现碱基对的匹配操作。下面是整个流程的概述：
| 步骤 | 描述 |
|------|------------------|
| 1 | 导
原创
2024-09-24 07:51:58
99阅读
perl 跨行匹配；6.6. Matching Within Multiple Lines6.6.1. ProblemYou want to use regular expressions on a string containing more than one logical line, b...
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2016-08-11 16:15:00
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perl 跨行匹配；6.6. Matching Within Multiple Lines6.6.1. ProblemYou want to use regular expressions on a strin...
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2016-08-11 16:15:00
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Perl 内置的模式匹配让你能够简便高效地搜索大量的数据。不管你是在一个巨型的商业门户站点上用于扫描每日感兴趣的珍闻报道，还是在一个政府组织里用于精确地描述人口统计（或者人类基因组图），或是在一个教育组织里用于在你的 web 站点上生成一些动态信息，Perl 都是你可选的工具。这里的一部分原因是 Perl 的数据库联接能力，但是更重要的原因是 Perl 的模式匹配能力。如果你把“文本”的含义尽可能地扩展，那么可能你做的工作中有 90% 是在处理文本。这个领域实在就是 Perl 的最初专业，而且一直是 Perl 的目的——实际上，它甚至是 Perl 的名字：Practical Extracti.
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2006-03-30 17:56:00
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zjzc01:/root/test# cat a2.pl $a="1 a 2 3 ";if ($a =~/(a|b)/){print "1111111\n"};zjzc01:/root/test# perl a2...
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2015-11-27 09:22:00
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[grid@devrac1 ~]$ cat sum.pl if ( $#ARGV ) {chomp;if ($_ =~ /^\[\[seri(.*)(\d{1,3}\.\d{1,3}\.\d{1,3}\.\d{1...
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2015-02-16 10:46:00
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perl 跨行匹配；6.6. Matching Within Multiple Lines6.6.1. ProblemYou want to use regular expressions on a string containing more than one logical line, b...
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2016-08-11 16:15:00
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生物学家正在对n个物种进行研究。 其中第i个物种的DNA序列为s[i]，其中的第j个碱基为s[i][j],碱基一定是A、T、G、C之一。 生物学家想找到这些生物中一部分生物的一些共性，他们现在关注那些至少在m个生物中出现的长度为k的连续碱基序列。 准确的说，科学家关心的序列用2m元组(i1,p1,i
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2019-03-17 14:50:00
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#$_='{"code":0,"data":{"country":"台湾","country_id":"TW","area":"","area _id":"","region":"台湾省","region_id"...
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2015-03-26 10:35:00
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多行匹配:问题:你希望使用正则表达式在一个字符串包含多行,但是指定的字符(任何字符串除了换行) ^(字符串开始) $(字符串结束) 对于你不能正常工作, 你可能发生如果你是读取多行记录 或者 一次一个文件6.6...
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2018-09-17 19:50:00
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if ($_ =~ /.*\s+"(POST|GET)\s*(.*?)\s*HTTP.*?(\d{1,3}\.\d{1,3}\.\d{1,3}\.\d{1,3})$/)10.252.142.174 - - [2...
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2015-11-26 20:51:00
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再一次学到了正则，我们应该不以物喜，不以己悲。恩，就这样。世界变变花花，我们活在自己心里，用自己的心写出来属于自己人生的正则，才能对抗时间和世界的孤独。
原创
2016-11-20 17:16:15
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转载自perl中国 http://www.perlcn.com/perlbc/perljc/30.html记住几个常用的，其他的当成工具查阅就行 一、简介 模式指在字符串中寻找的特定序列的字符，由反斜线包含：/def/即模式def。其用法如结合函数split将字符串用某模式分成多个单词：@array = split(/ /, $line);
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精选
2015-04-25 19:44:47
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/pattern/ 结果. 匹配除换行符以外的所有字符x? 匹配 0 次或一次 x 字符串x* 匹配 0 次或多次 x 字符串，但匹配可能的最少次数x+ 匹配 1 次或多次 x 字符串，但匹配可能的最少次数.* ...
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2015-03-12 21:10:00
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redis01:/root# cat x2.pl my $str="a19823a456123";if ($str =~/a(.*)23/){print "1----".$1."\n";};if ($str =~/a(.*?)23/){print "2----".$1."\n";};redis0...
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2016-07-04 13:34:00
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\b 在单词边界匹配: /\bdef/ 匹配def和defghi等以def 打头的单词,但不匹配abcdef ,/def\b/ 匹配def和abcdef 等以def结尾的单词但不匹配defghi /\bdef\b...
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2014-11-11 16:37:00
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Text as follows：
(1+2(123+(888)3)ddf)wwww(sdf(sdfdsf)gggg)
Match:
1+2 123+ 888 3 ddf sdf sdfdsf gggg
#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; u
原创
2013-03-20 11:13:46
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redis01:/root# cat x2.pl my $str="a19823a456123";if ($str =~/a(.*)23/){print "1----".$1."\n";};if ($str =~...
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2016-07-04 13:34:00
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一：模式匹配中的特殊字符1： 点号 . 匹配任何单个字符(换行符\n除外)2： 反斜线 \ 转义字符，用于特殊符号前，使其失去特殊字符的作用变成普通字符3： +字符（单个）至少一次；1次，2次...n次4： * 匹配该字符前面的字符任意次：0次，1次...n次5： ？ 匹配该字符前面的字符0次或者一次6： .*任意字符任意次（换行符除外）7： {c
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2024-10-24 08:33:48
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Barcode位于引物的外侧，比较典型的有三种，上图展示的为最常用的barcode位于左端(正向引物上游)，此外还有右端和双端也比较常用。本分析采用的数据类型为右端barcode。extract_barcodes.py是QIIME中用于切除barcode的脚本，支持你想到的所有类型。-f参数为输入文件，即上文中合并双端数据后的文件；-m为实验设计文件；-o为输出切下barcode的数据目录；-c为
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2024-05-09 19:44:26
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