直系同源基因分析（orthofinder方法）直系同源基因判定的方法有两种orthomcl这个方法已经是应用很广泛的一个方法了，但是存在问题：solve：原理：OrthoFinder2 可以推断出正交组，基因树，基因复制事件，有根树种和广泛的比较基因组统计数据，从而实现下一代系统发育学分析。安装orthofinder安装diamond安装mcl安装FastMe测试你是否可以运行OrthoFind
介绍OrthoFinder 是一个快速、准确和全面的比较基因组学平台。 它找到正交群(orthogroups)和直系同源(orthologs)，推断所有正交群的有根基因树，并识别这些基因树中的所有基因复制事件。它还为被分析的物种推断出一个有根的物种树，并将基因复制事件从基因树映射到物种树的分支。 OrthoFinder 还为比较基因组分析提供全面的统计数据。 OrthoFinder 使用简单，运行
（1）同源基因的查找 OrthoMCL or Orthofinder；（2）多序列比对 Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee， Muscle 效果好点（3）调取保守区域，并收尾连接，形成supergene Gblocks （4）进化树构建 RaxML MEGA 等， 很多文献用RaxML，PhyML或Mrbayes，因为ML树和贝叶斯进化树
比较基因组学常用分析软件和分析方法（1）同源基因的查找OrthoMCL or Orthofinder；（2）多序列比对Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee， Muscle 效果好点（3）调取保守区域，并收尾连接，形成supergeneGblocks（4）进化树构建RaxML MEGA 等， 很多文献用RaxML，PhyML或Mrbayes，因为ML树和贝叶斯进化
