在前面几篇文章中，我们已经介绍了高性能Python遗传和进化算法框架——Geatpy的使用。本篇就一个案例进行展开讲述：回顾一下Geatpy的安装方法，在上面的第一个链接的文章里也有详细讲解。pip install geatpy我们都听过“无限猴子定理”，说的是有无限只猴子用无限的时间会产生特定的文章。在无限猴子定理中，我们“假定”猴子们是没有像人类那样“智能”的，而且“假定”猴子不会自我学习。因
转载
2023-12-24 14:37:56
57阅读
进化树问题Time Limit: 1000ms Memory limit: 65536K 有疑问？点这里^_^题目描述在生物学中，树可以用来表示物种之间的进化关系，这样的树称为进化树。在进化树上每个叶子结点代表一个物种，如果每一条边都被赋予一个适当的权值，那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。生物学家Dr.Lee的一项重
转载
2023-10-19 12:31:33
142阅读
# 如何使用Python实现进化树
作为一名新手开发者，了解如何实现“进化树”可以帮助你更好地理解生物信息学和数据可视化的基础。本文将指导你逐步创建进化树，并通过可视化各种数据类型来理解处理流程。
## 进化树创建流程
以下是我们创建进化树的总体流程：
| 步骤 | 描述 |
|------|-----------------------
原创
2024-09-19 06:19:41
71阅读
Graphlan可视化进化树撰文：文涛 南京农业的大学责编：刘永鑫 中科院遗传发育所GraPhlAn简介总体来讲，Graphlan是一个可视化进化树和基于分类等级绘制层级分类树的工具。可以制作分类树是它不同于R包ggtree和iTOL的地方。然就进化树而言，iTOL功能最为全面，ggtree最容易上手，从功能上来讲graphlan很多地方不如iTOL，比如，iTOL无限制添加的数据集，外环可以制作
转载
2023-12-14 01:56:51
534阅读
写在前面想想 TBtools (几乎)每天深夜(22:30~23:00)直播已经有一段时间了。整体主题从原本TBtools用户问题统一回复，变成：TBtools 使用问题讨论TBtools 新功能征集我个人的生活闲扯生信学习或其他问题讨论具体话题范围变化还是挺大，主要还是看我个人心情。基本上保持在每次都有 10 个人左右，感觉还不错。在前述有一次直播的过程中，有用户朋友提取了，他手上有一颗进化树，
转载
2024-05-29 20:57:30
119阅读
# 使用 Plotnine 绘制进化树的完整指南
在数据科学的领域中，进化树（Phylogenetic Tree）是一种用于表示生物体之间进化关系的图形。使用 Python 绘制进化树，我们可以采用一些强大的库，其中之一是 `plotnine`，这是一个基于 `ggplot2` 的绘图库。本文将引导大家通过一个具体流程，学会如何使用 `plotnine` 绘制简单的进化树。
## 整体流程
原创
2024-09-25 07:11:31
214阅读
# Python 画进化树：从理论到实践的完整指南
## 引言
进化树（Phylogenetic Tree）是一种展示不同物种或基因之间进化关系的图示。通过分析生物体的基因序列，我们可以构建出描述它们如何演化的树形结构。在生物信息学领域，进化树的构建与可视化是研究物种相互关系的重要工具。本文将介绍使用Python绘制进化树的基本步骤，并提供示例代码来帮助理解。
## 理论基础
在构建进化树
环形链表I
给定一个链表，判断链表中是否有环。为了表示给定链表中的环，我们使用整数 pos 来表示链表尾连接到链表中的位置（索引从 0 开始）。 如果 pos 是 -1，则在该链表中没有环。示例 1： 输入：head = [3,2,0,-4], pos = 1 输出：true 解释：链表中有一个环，其尾部连接到第二个节点。 示例 2： 输入：head = [1,2], pos = 0 输出：tru
转载
2024-09-29 11:45:00
50阅读
由于之前做过一些进化树的工作，而对进化树的很多概念不是很清楚，本文简单记录一下。文中内容主要来自于由陈铭主编的生物信息学。 文章目录分子进化的特点分子进化的中性学说进化树的概念进化树的分类有根树和无根树不同的进化树构建方法基于距离的进化树构建方法UPGMA法邻接法最大简约法最大似然法贝叶斯推断法进化树的评估叮 分子进化的特点生物大分子进化速率相对恒定生物大分子进化的保守性正是因为上面的两个特点，我
转载
2024-05-22 22:44:04
55阅读
# 使用Python绘制进化树的入门指南
## 引言
进化树是生物学中用来展示物种进化关系的工具。在计算生物学中，使用Python绘制进化树是一个非常常见且有用的任务。本文将为刚入行的小白详细介绍如何使用Python绘制进化树，包含所需的步骤和代码示例。
## 工具和库
我们将使用以下Python库来完成任务：
- `Biopython`：用于生物信息学的强大库。
- `ETE Tool
Please email us (Evolgenius Team) if you have any questions; attach your datasets and trees if necessary.BarsIndexOverviewModifiersExamplesShow data valueChange display order of stacked barsOverviewBa
转载
2024-04-12 15:49:17
229阅读
# 使用Python构建进化树的完整指南
构建进化树（Phylogenetic Tree）是生物信息学中常见的任务之一。本文将带您逐步了解如何使用Python构建进化树，我们将使用所需的库并提供示例代码。以下是整个流程的概览：
| 步骤 | 描述 | 所需时间 |
|------|-----------------
原创
2024-10-21 07:17:44
313阅读
# Python 绘制进化树的指南
进化树（Phylogenetic Tree）是一种用来展示生物之间进化关系的图形工具。在生物信息学中，绘制进化树常常用于分析物种之间的遗传关系。本文将逐步引导小白开发者实现Python绘制进化树的功能，整个过程将通过流程图、代码示例和详细解释来展示。
## 整体流程
为了让我们更加清晰，下面是绘制进化树的流程表：
| 步骤 | 描述
原创
2024-09-22 06:16:20
401阅读
# 用Python绘制进化树的指南
绘制进化树是一项重要的生物信息学任务，能够帮助我们理解不同生物物种之间的关系。本文将指导你如何使用Python绘制进化树，适合刚入行的小白，内容包括流程、所需代码、以及相应解释。
## 流程概述
为了帮助你更好地理解绘制进化树的步骤，我们总结出以下的工作流程。下面是一个表格，展示了整个过程：
| 步骤 | 描述
基于python语言，实现经典差分进化算法（DE）对带有时间窗的车辆路径规划问题（ VRPTW ）进行求解。 目录往期优质资源1. 适用场景2. 求解效果3. 代码分析4. 数据格式5. 分步实现6. 完整代码参考 1. 适用场景求解MDVRPTW或VRPTW车辆类型单一车辆容量不小于需求节点最大需求车辆路径长度或运行时间无限制需求节点服务成本满足三角不等式节点时间窗至少满足车辆路径只包含一个需求
前言自从上两篇博客详细讲解了Python遗传和进化算法工具箱及其在带约束的单目标函数值优化中的应用以及利用遗传算法求解有向图的最短路径之后，我经过不断学习工具箱的官方文档以及对源码的研究，更加掌握如何利用遗传算法求解更多有趣的问题了。与前面的文章不同，本篇采用差分进化算法来优化SVM中的参数C和Gamma。(用遗传算法也可以，下面会给出效果比较)首先简单回顾一下Python高性能实用型遗传和进化算
转载
2024-08-11 15:30:46
50阅读
进化树的构建（1）数据准备目前，构建生命之树常用的数据包括形态数据和分子数据。形态数据主要通过对形态性状编码来获取；分子数据主要通过公共数据库GeBank下载或实验获取。选择合适的DNA片段对系统发育关系重建至关重要。如果所选基因的进化速率太慢，提供的系统发育信息不足, 系统发育关系可能得不到很好的解决；如果所选基因的进化速率太快，正确的系统发育信息常常会被大量的非同源相似信号淹没。（2）序列拼接
转载
2023-10-04 20:40:53
1424阅读
什么是系统发育树 如何看系统发育树并确定哪些物种最相关 1. 要点 系统发育树是表示生物体之间进化关
什么是系统发育树如何看系统发育树并确定哪些物种最相关1. 要点系统发育树是表示生物体之间进化关系的图表。系统发育树是假设的，而不是确定的事实。系统发育树中的分支模式反映了物种或其他群体如何从一系列共同祖先进化而来的关系。在树中，如果两个物种有一个更近的共
转载
2023-11-29 15:14:09
465阅读
进化树 一文读懂 Evolview基础 Evolview进阶 iTOL美化
之前讲了很多进化树的理论，但实战还是有困难。今天来一个树的实战。http://itol.embl.dea, 基于3837个高质量基因组中31个单拷贝基因的最大似然树。最外圈展示分类组，中圈展示其来源，内圈展示植物相关的根相关基因，还可以在线iTOL查看可交互的树(https://itol.embl.de/tree/1522
# 使用Python解析系统进化树
作为一名刚入行的小白，你可能会觉得解析系统进化树（Phylogenetic Tree）这个任务有些复杂，但其实我们可以通过简单的步骤来实现。本文将带你逐步理清思路，并提供相应的代码示例，帮助你了解如何使用Python解析系统进化树。
## 流程概述
在解析系统进化树之前，我们可以将整个过程分为几个步骤，具体流程如下：
| 步骤 | 描述 |
|-----
原创
2024-09-16 06:31:04
180阅读
