内部建模内部建模，即使用LAMMPS提供的命令建立模型。这种方法主要用于构建比较简单和标准的体系。相关命令主要有4个：lattice：定义晶格类型；region：定义模拟盒子的大小；create_box：创建模拟盒子；create_atoms：在模拟盒子中创建原子。当然，创建模型不仅限于这些命令，还有一些其他的命令，比如delete_atoms等。事实上，我看到有些大牛仅仅使用LAMMPS的内置命
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2024-03-15 15:28:22
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文章目录1.列举常用的lammps自带函数2.如何进行应力-应变的计算及绘制应力云图3.如何计算均方位移MSD4.如何计算径向分布函数g(r )以及fix ave/time命令5.在lammps流体模拟中如何计算温度6.如何计算单个原子的体积、位移和总能量7.如何计算原子组的相互作用8.如何绘制温度云图、速度云图 1.列举常用的lammps自带函数1.xcm() 计算原子组中心坐标xcm(gro
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2024-03-18 10:51:48
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文章目录lammps中的流程控制：循环与条件判断1. 循环1.1 `label`与`jump`脚本结果1.2 `variable loop` 与 `next`脚本结果2. 条件判断 lammps中的流程控制：循环与条件判断在lammps中，通过循环与条件判断，我们能够实现更复杂的分子模拟。1. 循环1.1 label与jump
label命令表示用指定的id对输入脚本的某一行进行标记# 语法
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2024-06-03 22:02:35
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【Lammps】lammps常用入门建模命令前言脚本总览1、units2、dimension3、boundary4、atom_style原子模型构建5、lattice6、region7、create_box8、creat_atoms1. 在盒子box内填充原子2.在指定区域（region）内填充原子3.生成单个原子4.随机生成原子9、mass10、velocity模拟参数的设置设置作用势10、p
fix命令为一组原子施加fix约束。使用语法fix ID group-ID style args ID = fix命令的ID group-ID = 该fix命令所作用的原子组的ID style = fix类型名（最下有列表） args = 特定类型fix命令所需要的参数使用举例 fix 1 all nve fix 3 all nvt temp 300.0 300.0 0.01 fix mine t
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2024-05-07 21:12:20
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javascript:void(0);01lammp常用命令1.units命令2.dimension命令3.boundary命令3.atom_style命令4.neighbor命令5.neigh_modify命令6.atom_style命令7.pair_style命令8.bond_style命令9.angle_style命令10.dihedral_style命令11.improper_style命
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2024-03-15 06:22:11
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虽然lammps模拟没有可视化的前处理和后处理程序，但lammps提供了两种方式输出模拟结果。thermo和thermo_style命令输出模拟过程中总体系的信息，如体系的温度、势能、动能、压力等结果，但是不能输出单个原子的信息。lammps提供了dump命令输出单个原子的信息，如原子坐标、受力、原子速度等。
原创
2022-04-29 15:15:37
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jvm指令jps 查看 java 进程概述jconsole 图形化查看内存线程等信息查看内存的信息
jstat -gcutil pid(进程号) interval(时间间隔的意思) ： 显示的时百分比jstat -gc pidjstat -gcnew pidjstat -gcold pidjsatck pid 分析线程jmap -dump:file=xxx pid 把信息d
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2023-07-15 10:52:21
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1.2.java获取内存dump的几种方式1、获取内存详情：jmap -dump:format=b,file=e.bin pid 这种方式可以用 jvisualvm.exe 进行内存分析，或者采用 Eclipse Memory Analysis Tools (MAT)这个工具2. 获取内存dump： jmap -histo:live pid 这种方式会先出发fullgc，所有如果不希望
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2024-01-09 13:45:39
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boundary命令设置box的边界条件，语法比较简单：boundary x y z参数xyz分别设置该维度的边界条件，最基本的边界条件有四种：p、f、s、m。lammps支持对同一方向的两个边界设置不同的边界条件，对y方向下表面设置f边界、上表面设置s边界，可以写为：boundary p fs p1.周期性边界：p参数p表示周期性边界条件
原创
2022-04-29 15:15:18
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lammps教程：group命令详解（1）配合region使用，把某一区域的原子归入到一个组中。（2）配合type命令，可以将多种类型的原子归为一组（3）配合原子id可将特定的原子归入到一组在lammps模拟过程中，group基本上是每次都会用到的一个命令。从命令关键字上也能猜出来，group就是对原子进行分组的意思。
原创
2022-04-29 15:17:46
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## Lammps调用Python的命令
在使用Lammps进行分子动力学模拟时，我们常常需要使用Python对模拟过程进行控制和分析。Lammps本身并不直接支持Python的调用，但我们可以通过一些方法实现Lammps调用Python的功能。本文将介绍如何在Lammps中调用Python，并给出一个简单的示例代码。
### Lammps调用Python的方法
要实现Lammps调用Pyt
原创
2024-03-14 03:18:19
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dump的方法很多，各有特点，都应该掌握。dump分为两种：用户进程dump、系统dump。先说用户进程的dump。最简单的是在Win7的任务管理器中右键点击进程，选择Create Dump File。完成之后会弹出对话框说明dump文件的位置。这对于死锁进程的调试有帮助。用WinDbg也很方便。WinDbg是绿色版，直接拷贝整个目录即可使用。可以Attach到任意的进程中，然后用命令.dump
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2023-07-18 17:17:22
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mysql有很多的导入数据库方法 ，然而，这些只是数据库传输中的一半，还有一半就是数据库的导出。因为，许多时候需要我们数据导出进行必要的备份。数据的造价是昂贵的，所以大家也要小心谨慎的处理他们，一般大家常用的是基于b/s模式管理的phpmyadmin,还有mysql-front,navicat mysql等工具，工具有很多，但是，掌握mysql自带的备份工具也是必须的，下面就是我来介绍mysqld
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2023-07-11 18:14:41
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mysqldump命令
mysql数据库导出要用到MySQL的mysqldump工具，基本用法是： shell> mysqldump [OPTIONS] database [tables] 如果你不给定任何表，整个数据库将被导出。通过执行mysqldump --help，你能得到你mysqldump的版本支持的选项表。 注
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2023-07-21 23:02:14
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1.key1.del key
该命令用于在 key 存在时删除 key
2.dump key
序列化给定 key ，并返回被序列化的值
3.exists key
检查给定 key 是否存在
4.expire key seconds
为给定 key 设置过期时间，以秒计
5.expireat key timestamp
expireat 的作用和 expire 类似，都用于为 key
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2023-06-14 19:12:36
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进行lammps模拟，如果初始模型不合理、原子间距离过近，容易导致体系能量过高，原子速度过快致使原子飞出box。前文介绍过“delete_atoms”命令可删除重叠或距离过近原子，但在大多数模型中，并不需要删除原子，有些模型也不允许删除原子，这时候就需要用到minimize命令。1. minimize命令minimize命令通过力的计算排开距离过近的原子，使体系的能量降到一个较低的水平，便于后
原创
2022-01-06 17:15:04
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在分子动力学模拟中，有时需要固定一部分原子，例如，使用velocity命令对体系进行拉伸时，固定底部原子，对顶部原子施加一定的速度实现拉伸。在纳米磨削中，也需要固定设置一个固定层，防止工件在磨削力的作用下移动。在lammps中固定原子的方式有多种，我比较常用的是fix setforce命令。
原创
2022-04-29 15:03:55
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JDK 监控和故障处理工具总结JDK 命令行工具这些命令在 JDK 安装目录下的 bin 目录下：jps (JVM Process Status): 类似 UNIX 的 ps 命令。用户查看所有 Java 进程的启动类、传入参数和 Java 虚拟机参数等信息；jstat( JVM Statistics Monitoring Tool): 用于收集 HotSpot 虚拟机各方面的
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2023-09-08 11:23:49
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./jmap -dump:format=b,file=stocks-sm.hprof 6 jmap -dump:live,format=b,file=m.hprof PID ...
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2021-10-14 17:49:00
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